Čip-exo

Čip-exo je specializovaná verze Čip používá velmi konkrétně mapě protein zájmu (POI) vazebná místa v genomu. ChIP-exo přidává do ChIP-seq další krok trávení DNA. Když je protilátka navázána na komplex POI-chromatinu, použije se 3′ exonukleáza k trávení DNA vyčnívající z vazebného místa POI. To snižuje rozlišení ze stovek nukleotidů na pouhých jeden (Rhee a Pugh, 2012). 5 ‘ prameny zůstávají a používají se k detekci oblasti pomocí microarray, PCR nebo nejčastěji sekvenování.

hlavní výhodou této technologie je jednoznačně jeho zvýšení rozlišení, ale také snižuje hluk trávením kontaminující DNA, a proto méně sekvenování hloubka je potřeba (Rhee a Pugh, 2012). Vzhledem k této citlivosti byl ChIP-exo použit k mapování nových transkripčních iniciačních míst a dalších studií založených na objevech (Venters and Pugh, 2013). Jedinou skutečnou nevýhodou je, že všechny složité trojrozměrné interakce proteinu jsou ztraceny. Pokud například transkripční faktor současně váže dvě genomové oblasti, bude to čteno jako dvě odlišné vazebné události, nikoli jedna.

v poslední době byl ChIP-exo upraven pro použití společné sekvenční platformy Illumina. Tato adaptace akutně překonal ChIP – seq na Illumina ve všech metrikách, a je speciálně navržen pro efektivní lidských studií (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Další Čtení

Rhee, H. S., a Pugh, B. F. (2011). Komplexní genomové interakce Protein-DNA detekované při rozlišení jednoho nukleotidu. Cela 147, 1408-1419.

tento článek je ze skupiny, která vyvinula ChIP-exo a podrobně popisuje pracovní postup procesu. Autoři také používají technologii k charakterizaci dříve neznámých sties vázajících transkripční faktor.

Seznam

• Rhee, H. S., a Pugh, B. F. (2012). Metoda ChIP-exo pro identifikaci genomové polohy proteinů vázajících DNA s přesností na téměř jednonukleotidy. Curre. Protokol. Molo. Biol. Kapitola 21, Jednotka 21.24.
• Serandour, a. a., Brown, G. D. Cohen, J. D., a Carroll, J. S. (2013). Vývoj metody čipové exonukleázy založené na Illumině poskytuje vhled do vazebných vlastností FoxA1-DNA. Genom Biol. 14, R147.
• Venters, B. J., a Pugh, B. F. (2013). Genomická organizace komplexů iniciace lidské transkripce. Příroda 502, 53-58.