3.6. Geny s transkripty a se stejnými názvy, u nichž se uvádí, že mají 0 počtů i při mapovaných čteních
domů →CLC software: Důležité oznámení →Otázky, které ovlivňují pouze verze produkty vydané do června 2017 →Geny s přepisy a s identickými názvy hlášeno, že 0 se počítá i s mapované čte
otázka
Při spuštění RNA-Seq nástroj, pomocí sledovat na základě referencí a
- pomocí volby “Genomy komentovaný s geny a přepisy”, a
- dva, nebo více genů měl stejné jméno. a
- přepis by mohl být přiřazen ke každé z těchto genů z mRNA sledovat
pak hodnota v “Přepisy komentovaný” sloupec v GE stopa a ve stopě TE byla 0, a všechny počty takových genů byly hlášeny jako nula, i když k nim došlo k mapování čtení.
který software a verze jsou ovlivněny?
tento problém se týká:
které verze softwaru jsou opraveny?
tento problém je opraven v CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 a CLC Genomics Server 8.0.1, vydané 9. Června 2016.
bylo také řešeno v předchozím řádku vydání: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 a CLC Genomics Server 7.5.3, vydáno 16. června 2016.
poznámky k vydání popisující opravu tohoto problému naleznete na stránkách nejnovějších vylepšení pro každý produkt. Tato konkrétní oprava je popsána takto:
Opraven problém s RNA-Seq Analýza nástroj, který by mohl vzniknout, když “Genomy komentovaný s geny a přepisy” možnost byla zvolena: Pokud dva nebo více geny měly stejný název, a přepis by mohl být přiřazen ke každé z mRNA sledovat, pak je hodnota v “Přepisy komentovaný” sloupec v GE sledovat a v TE trati byl 0. Kromě toho byly všechny počty takových genů hlášeny jako nulové, i když k nim došlo k mapování čtení.
Jak mohu zkontrolovat, zda byla moje analýza RNA-Seq ovlivněna problémem?
jak zjistit, zda vaše analýza je na vás vliv:
- Seřadit TE sledovat tabulku o sloupec: “Přepisy komentovaný”
- přepisy, které mají 0 v tomto sloupci jsou ovlivněny. Všechny ostatní přepisy nejsou touto chybou ovlivněny.
chyba byla přítomna ve velmi pozdním stádiu provádění algoritmu RNA-Seq, kdy byly výsledky výpočtu zadány do tabulky. Základní výpočty byly provedeny správně, ale hodnoty pro duplikované názvy genů byly vyloučeny. Nenulové hodnoty, které se dostaly do tabulky, jsou správné a s opravou se nezmění.
Zatímco přepisy s 0 v “Přepisy komentovaný” sloupec (vliv přepisy), bude často být viděn při použití postižených verzí softwaru v rámci analýzy podmínek, jak je popsáno výše, neočekáváme, že bude nutné znovu spustit analýz, ve většině případů. Obecně by byl ovlivněn pouze velmi malý počet genů / transkriptů,které nemusí být pro analýzu zajímavé. Například, v mnoha případech, geny dal stejný název kód pro rRNAs, snoRNA, a další různé Rna, spíše než mRNAs.
pokud vidíte ovlivněné přepisy spojené s geny potenciálního zájmu, doporučujeme znovu spustit analýzu pomocí verze softwaru, která obsahuje opravu tohoto problému.
