Chromozom Konformaci Zachytit

ÚVOD

Chromozom konformaci capture (3C) je technika sloužící k detekci prostorové organizace chromozomální DNA v pevných buněk. Sekvence DNA v prostorové blízkosti v jádře, nebo se zabývá fyzikální interakce (jako např. ty, mezi geny a regulační prvky) může být hodnocena kvantitativně stanovit opatření, které potenciálně odráží jejich frekvence sdružení a/nebo jejich blízkosti. 3C lze použít ke studiu interakcí s dlouhým dosahem mezi sekvencemi DNA na stejném chromozomu (intrachromozomální) nebo mezi různými chromozomy (interchromozomální). Stručně řečeno, fragmenty chromatinu v blízkosti jsou fixovány formaldehydem, následované trávením restrikčními enzymy, jadernou lýzou, zředěním zesítěných komplexů a intramolekulární ligací. Křížové vazby jsou následně odstraněny a DNA je vyčištěna. Polymerázová řetězová reakce (PCR) se pak používá k amplifikaci fragmentů DNA obsahujících nové ligační spoje pomocí primerů specifických pro dvojici zkoumaných sekvencí DNA. Zde popisujeme podrobný protokol 3C a experimentální kontroly, které lze použít ke zkoumání jaderné juxtapozice jakýchkoli dvou genomických oblastí, v cis nebo trans.