Colony PCR

Colony PCR je vhodnou vysokou propustností metoda pro stanovení přítomnosti nebo nepřítomnosti-li vložit DNA v plazmidových konstruktů. Jednotlivé transformanty může být buď lyžují ve vodě s krátkým topení krok, nebo se přidává přímo do PCR reakce a roztrhli během počáteční topení krok. Tento počáteční krok zahřívání způsobuje uvolnění plazmidové DNA z buňky, takže může sloužit jako šablona pro amplifikační reakci. Primery určené ke specifickému zacílení na vloženou DNA lze použít k určení, zda konstrukt obsahuje zajímavý fragment DNA. Alternativně mohou být primery zaměřené na vektorovou DNA lemující vložku použity k určení, zda má vložka správnou molekulární velikost. Vložit specifické primery mohou poskytnout informace o obou specifičnost a velikost vložky DNA při použití vektorové specifické primery umožňuje promítání více konstruktů současně. Kolonie PCR lze také použít k určení orientace vložky. PCR amplifikace plasmidu pomocí vložit konkrétní primer spárován s vektor specifických primerů může být navržen tak, aby produkovat amplikon o specifické velikosti pouze v případě, vložte je ve správné orientaci. Ve všech experimentálních provedeních se přítomnost nebo nepřítomnost amplikonu PCR a velikost produktu určují elektroforézou vedle markeru velikosti DNA na agarózovém gelu.