csbphd

Výpočetní a Biologie Systémů

oblasti výpočetní a biologie systémů představuje syntézu myšlenek a přístupů z oblasti přírodních věd, fyzikálních věd, počítačové vědy a inženýrství. Nedávné pokroky v biologii, včetně projektu lidského genomu a masivně paralelní přístupy zkoumání biologických vzorků, vytvořili nové příležitosti k pochopení biologické problémy z hlediska systémů. Modelování a návrh systémů jsou dobře zavedeny ve strojírenských oborech, ale jsou novější v biologii. Pokroky ve výpočetní a systémové biologii vyžadují multidisciplinární týmy s dovednostmi v aplikaci principů a nástrojů z inženýrství a informatiky k řešení problémů v biologii a medicíně. Poskytovat vzdělání v této nově vznikající oblasti, výpočetní a systémové biologie (CSB) program integruje mit světově proslulé disciplíny v biologii, inženýrství, matematiky a informatiky. Absolventi programu jsou jedinečně připraveni na nové objevy, vyvinout nové metody, a zavést nová paradigmata. Mají také dobrou pozici, aby převzali kritické vedoucí role v akademické sféře i v průmyslu, kde je tato oblast stále důležitější.

CSB na MIT

výpočetní a systémová biologie, jak je praktikována na MIT, je organizována kolem” 3 Ds ” popisu, destilace a designu. V mnoha výzkumných programech, systematický sběr dat se používá k vytvoření podrobných molekulárních-nebo popisy systému na buněčné úrovni v jednom nebo více definovaných stavech. Vzhledem ke složitosti biologických systémů a počet interagujících komponent a parametrů, modelování systému se často provádí s cílem destilační základní nebo nejdůležitější subsystémy, komponenty a parametry, a získání zjednodušené modely, které si zachovávají schopnost přesně předpovědět chování systému v širokém rozsahu podmínek. Destilace systém může zvýšit interpretovatelnost modelů ve vztahu k evoluční a technické principy, jako jsou robustnost, modularita a evolvability. Výsledné modely mohou také sloužit k usnadnění racionální design odchylky k testu porozumění systému nebo ke změně chování systému (např. pro terapeutické intervence), stejně jako úsilí, aby design související systémy nebo systémy složené z podobných biologických složek.

fakulta a výzkum CSB

více než 70 členové fakulty v ústavu se účastní iniciativy mit pro výpočetní a systémovou biologii (CSBi). Vyšetřovatelé rozpětí téměř všech oddělení Školní Vědy a School of Engineering, CSB poskytuje studentům možnost pokračovat práce výzkum v široké škále různých laboratořích. Je také možné, aby studenti uspořádat kolaborativní práce projekty se společným dohledem členů fakulty s různými oblastmi odbornosti. Oblastí aktivního výzkumu patří výpočetní biologie a bioinformatika, genové a proteinové sítě, regulační genomika, molekulární biofyzika, přístrojová technika, buněčné a tkáňové inženýrství, prediktivní toxikologie a metabolické inženýrství, zpracování obrázků a obrazových informatiky, nanobiologie a microsystems, biologický design a syntetická biologie, neurosystems biologie a biologie rakoviny.

CSB PhD Program

CSB PhD program je Institut-široký program, který byl společně vyvinut na Oddělení Biologie, Biologické Inženýrství a Elektrické Inženýrství a Počítačovou Vědu. Program integruje biologii, inženýrství, a výpočty k řešení složitých problémů v biologických systémech, a doktorandi CSB mají příležitost spolupracovat s Fakultou CSBi z celého Ústavu. Učební plán má silný důraz na základní materiál povzbudit studenty, aby se stali tvůrci budoucích nástrojů a technologií, spíše než pouze praktici současné přístupy. Žadatelé musí mít bakalářský titul v biologii (nebo příbuzný obor), bioinformatiky, chemie, počítačové vědy, matematiky, statistiky, fyziky, či inženýrské disciplíny, s dual-důraz stupňů podporovat.

CSB Graduate Education

všichni studenti sledují základní kurikulum, které zahrnuje kurzy biologie a výpočetní biologie, spolu s třídou výpočetní a systémové biologie založené na vědecké literatuře. Pokročilé volitelné předměty ve vědě a strojírenství zvyšují šíři i hloubku vzdělávání každého studenta. Během prvního roku, kromě kurzu, studenti provádět rotace ve více výzkumných skupin a získat širší vystavení práce na hranici této oblasti, a určit vhodnou laboratoř, ve které k provádění práce výzkum. Studenti CSB také slouží jako asistenti pedagoga během jednoho semestru ve druhém ročníku, aby dále rozvíjeli své výukové a komunikační dovednosti a usnadňovali jejich interakce napříč obory. Studenti se také účastní školení v odpovědném provádění výzkumu, aby je připravili na složitost a požadavky moderního vědeckého výzkumu. Celková délka programu, včetně práce ve třídě, kvalifikační zkoušky, výzkum práce, a příprava práce je zhruba pět let.

Kurikulum

kurikulum CSB má dvě složky. První je jádro, které poskytuje základní znalosti biologie i výpočetní biologie. Druhý je vlastní program volitelných, který je vybrán tím, že každý student po konzultaci s členy CSB graduate výboru. Cílem je umožnit studentům širokou volnost při definování jejich individuální oblasti zájmu, a zároveň poskytuje dohled a vedení, aby bylo zajištěno, že školení je přísné a důkladné.

základní kurikulum

základní kurikulum se skládá ze tří předmětů ve třídě plus sady tří výzkumných rotací v různých výzkumných skupinách. Předměty ve třídě spadají do tří níže popsaných oblastí.

moderní biologie (jeden předmět): termín moderní biologie na MIT posiluje biologickou základnu všech studentů v programu. Subjekty v biochemii, genetice, buněčné biologii, molekulární biologii nebo neurobiologii tento požadavek splňují. Konkrétní kurz absolvovaný každým studentem bude záviset na jeho pozadí a bude stanoven po konzultaci s členy postgraduální Komise.

Výpočetní Biologie (Jeden Předmět): termín z výpočetní biologie poskytuje studentům s pozadím v oblasti aplikace výpočetní biologie, včetně analýzy a modelování sekvence, strukturální a systémové údaje. Tento požadavek může být splněn 7.91 / 20.490 základy výpočetní a systémové biologie.

témata ve výpočetní a systémové biologii (jeden předmět): Všichni studenti prvního ročníku v programu účast v /7.89 Témata ve Výpočetní a Biologie Systémů, zkoumání problémů a přístupů v oblasti výpočetní a biologie systémů prostřednictvím in-hloubkové diskusi a kritickou analýzu vybraných základních výzkumných prací. Tento předmět je omezen na studenty prvního ročníku PhD v CSB nebo příbuzných oborech s cílem vybudovat silnou komunitu mezi třídou. Je to jediný předmět v programu s takovým omezením.

Rotace Výzkumných Skupin (Tři Rotace): Pomáhat studentům s výběrem laboratoře a poskytovat řadu výzkumných aktivit v oblasti výpočetní a systémové biologie, studenti se účastní tří výzkumných rotací v délce jednoho až dvou měsíců během prvního roku. Studenti se vyzývají, aby získali zkušenosti s experimentálními a výpočetními přístupy v různých oborech na MIT.

Pokročilé Volitelných

požadavek čtyři pokročilé volitelné předměty je navržen tak, aby rozvíjet šíři a hloubku. Volitelné předměty přispívají k základně diverzifikovaného jádra a přispívají k síle v oblastech souvisejících se zájmem studentů a směrem výzkumu. Rozvíjet hloubku, dva ze čtyř pokročilých volitelných předmětů musí být ve stejné výzkumné oblasti nebo oddělení. Pro rozvoj šířky musí být alespoň jeden z volitelných předmětů ve strojírenství a alespoň jeden ve vědě. Každý student navrhuje program pokročilých volitelných předmětů, který splňuje požadavky na distribuci a oblast po úzké konzultaci s členy postgraduálního výboru.

Další Předměty: Jak je typické pro studenty jiných doktorských programů na MIT, Doktorandi CSB mohou absolvovat kurzy nad rámec požadovaného diverzifikovaného jádra a pokročilých volitelných předmětů popsaných výše. Tyto další předměty mohou být použity k přidání šířky nebo hloubky navrhovaného učebního plánu, a může být užitečné prozkoumat pokročilá témata relevantní pro výzkum diplomové práce studenta v pozdějších letech. CSB Graduate Committee spolupracuje s každým postgraduálním studentem na vývoji cesty učebními osnovami vhodnými pro jeho pozadí a výzkumné zájmy.

školení v odpovědném provádění výzkumu: V průběhu programu, od studentů se očekává účast na workshopech a dalších aktivitách, které poskytují školení v etickém provádění výzkumu. To je zvláště důležité v interdisciplinárních oblastech, jako je výpočetní a systémová biologie, kde různé disciplíny mají často velmi odlišné filozofie a konvence. Do konce čtvrtého roku budou mít studenti asi 16 hodin školení v odpovědném provádění výzkumu.

Kvalifikační Zkoušky: Kromě práce v kurzu a výzkumné práce musí každý student na konci druhého roku nebo na začátku třetího roku složit písemnou a ústní kvalifikační zkoušku. Písemná zkouška zahrnuje přípravu výzkumného návrhu na základě výzkumu diplomové práce studenta a předložení návrhu zkušební komisi. Tento proces poskytuje pevný základ pro výzkum práce, začlenění nových výzkumných myšlenek a zdokonalení rozsahu výzkumného projektu. Ústní zkouška vychází z provedeného kurzu a z související publikované literatury. Kvalifikační zkoušky jsou navrženy tak, aby rozvíjet a prokázat hloubku ve vybrané oblasti (části disertační práce), jakož i šíři znalostí v oblasti výpočetní a biologie systémů.

disertační Práce: Výzkum bude proveden pod dohledem CSBi člen fakulty, kulminovat předložení písemné práce a její ústní obhajoba před společenství a obhajoba práce výboru. Do druhého roku student vytvoří poradní výbor pro diplomové práce, se kterým se bude každoročně scházet.