Dr. Chittaranjan Das
hlavní zaměření naší laboratoře je porozumět funkční roli deubiquitinating enzymy (deubiquitinases nebo Dabuje) v buněčné dráhy, zejména ty zapletený v neurodegeneraci (postupná ztráta neuronů), jako je Alzheimerova choroba (AD) a Parkinsonovou chorobou (PD). Širokou škálu biologických procesů jsou řízeny reverzibilní, post-translační modifikace proteinů kovalentní uchycení ubiquitin, vysoce konzervovaným 76-zbytky eukaryotických polypeptid. Ubikvitinace, může být myšlenka jako výchozí případě signalizační kaskádu (ubiquitin signalizace), které je nakonec ukončeno hydrolytické odstranění ubiquitin tag tím, DUB. Průzkum lidského genomu odhaluje přítomnost asi 90 dubů, což naznačuje jejich zapojení do široké škály biochemických cest. Náš přístup ke studiu DUBs je založen na kombinované aplikaci řady nástrojů, které zahrnují chemickou syntézu sond s malými molekulami, rentgenovou krystalografii a proteomiku založenou na hmotnostní spektrometrii.
Struktura UCHL1 určeno X-ray krystalografie naznačuje, že enzym může přijmout dva státy, neaktivním stavu (ve kterém katalytické zbytky jsou nesprávně zarovnány, zobrazí na levé straně) a domnělého aktivního stavu – v níž jsou rezidua přinesl do vyrovnání tím, že interakce proteinů s neznámou kofaktorů. Navrhovaná metoda pro identifikaci kofaktorů UCHL1 pomocí čištění založené na aktivitě z celobuněčných extraktů (vpravo).
v Současné době vyšetřujeme normální funkci neuronů DUB ubiquitin C-terminální hydrolázy L1 (UCHL1)- PD-související,neuron-specifický protein neznámé fyziologické funkce. Naše úsilí v tomto směru jsou zaměřeny na rozvoj mobilní propustná pro malé molekuly inhibitory UCHL1, které lze použít k vyšetření jeho funkce (a to jak normální a onemocnění-spojená), určení jeho vazebných partnerů afinitní na čištění z celé buněčné extrakty, a definovat molekulární základ, jak přirozeně se vyskytující varianta tohoto enzymu – ve kterém Ser na pozici 18 je nahrazen Tyr (tzv. S18Y polymorf)-poskytuje ochranu před Parkinsonovou chorobou (PD). Kromě UCHL1, jsme také provádí strukturální a mechanické vyšetřování dalších souvisejících enzymů myšlenka být zapojen v základních biochemických procesů, jako jsou opravy DNA, modifikace histonů, a endocytóza membránových proteinů.
Vzdělání
- Ph.D., Indian Institute of Science, 2001
- Postdoctoral Fellow, Harvard Medical School a Brandeis University, 2006
Uznání
- Senior Research Fellowship, University Granty Komise, Indie , 1996
Publikace
Seznam publikací
