Genetické Analýzy Polioviru/Hepatitis C Virus (HCV) Chimera: Interakce mezi Polioviru Cloverleaf a Sekvence v HCV 5′ Nontranslated Regionu Výsledky v Replikace Fenotyp
ABSTRAKT
Vnitřní ribozomální vstupní stránky (IRESs) může fungovat v cizí virové genomy nebo v umělé dicistronic mRNAs. Popisujeme interakce mezi divokým typem viru hepatitidy C (HCV)-specifické sekvence a poliovirus (PV) 5′-koncové cloverleaf v PV/HCV chimerického viru (obsahující IRES HCV), což má za následek replikace fenotyp. Buď bodové mutace v nukleotidu (nt) 29 nebo smazání až nt 40 v HCV 5′ nontranslated regionu ulevilo, replikační blok, dávat PV/HCV variant replikace vysoké titry. Při konstrukci dicistronických expresních vektorů založených na IRES je třeba vzít v úvahu náhodné, ale ochromující interakce mezi IRES a okolní heterologní RNA.
Všechny pikornavirus genomy obsahují genetický prvek s názvem internal ribosomal entry site (IRES), která umožňuje překlad virové genomické mRNAs v 5 – cap-nezávislé způsobem (5, 12, 13, 16, 20, 25). Podobné genetické prvky byly také objeveny v genomu viru Hepatitidy C(HCV) (24), Hepacivirus, a Bovinní virová diarrhea virus (21), Pestivirus, theFlaviviridae rodiny. IRESs jsou umístěny v 5 ‘ – terminálním segmentu genomů, kde řídí zahájení syntézy polyproteinů. Některé hmyz RNA virů, např. Plautia staliintestine virus, nicméně, jsou výjimečné v tom, že jejich příbuzný IRES mapy několik tisíc nukleotidů po proudu od 5’ konci genomu, oddělující dvě cistrons kódování dvou různých polyproteinů (23). Je zajímavé, že jsme dříve vytvořili dicistronický poliovirus (PV) vložením Irů viru encefalomyokarditidy do kódující oblasti PV polyproteinu (16). Genetické organizaci tohoto dicistronic PV, který kóduje dva polyproteinů odděleny IRES prvkem, úzce se podobá P. stali střeva virus.
IRES prvky jsou definovány funkcí a ne nukleotidovou sekvencí. Opravdu, IRESs PV, pikornavirus, a HCV, flavivirus, mají jen málo, pokud některý sekvence společného, ale obě funkce jako navrhovatelé vnitřní ribozomální vstupní pro zahájení překladu. Tento jev je nejvíce patrný u chimérických virů PV/HCV, ve kterých byly příbuzné PV IRES vyměněny s HCV (15, 28). Neočekávaně, HCV IRES zahrnuje posloupnost navazujících AUG kodonu zahájení jeho polyproteinu (15, 22). Při konstrukci životaschopného chimérického viru PV/HCV byla pro získání životaschopného viru nezbytná část sekvence kódující jádro proteinu (obr.1, ΔCore) (15). Sekvence ΔCore vede k tvorbě polyproteinu fúze ΔCore/PV, který musí být zpracován štěpením virovou proteinázou 2Apro PV na křižovatce ΔCore*1A (obr. 1) (28). Nicméně, výroba z core sekvence kódované peptidy vzniklé překlad ΔCore sekvence není nutné pro funkci IRES HCV v P/H710-d17* (28). (V předchozích studiích byl P / H710-d17 označen jako P / H701-2A, protože chimérický genom obsahoval HCV specifickou sekvenci z nukleotidů 18 až 710 genomu HCV . Číslování nepřeložené oblasti HCV 5 ‘v tomto článku odpovídá číslování celé délky HCV 5’ NTR .)
