Identifikace a charakterizace citrus yellow vein zúčtování virus, domnělý nový člen rodu Mandarivirus

Molekulární vlastnosti a genomické organizaci byly stanoveny pro Citrus yellow vein zúčtování virus (CYVCV), domnělé virové kauzální agent yellow vein zúčtování onemocnění citronu stromů, uvádí se v Pákistán, Indie, a více nedávno v Turecku a Číně. CYVCV izolát Y1 z Adany, krocan, byl použit pro hloubkovou sekvenační analýzu malých frakcí RNA indukovaných virem a pro mechanickou a štěpovou inokulaci bylinných a citrusových indikátorových rostlin. Polyklonální antisérum byl vyvinut z CYVCV-Y1 čistí od Phaseolus vulgaris a použit na western blot testy charakterizovat kabát protein CYVCV-Y1 a určit jeho sérologické vztah s příbuznými viry. Contigs sestaven z Illumina sekvenován krátké čte byly použity ke konstrukci celého genomu Citrus yellow vein zúčtování virus (CYVCV), spočívající v pozitivní-sense RNA 7,529 nukleotidů a obsahuje šest předpověděl, open reading frames. Na CYVCV uspořádání v genomu a velikostí připomínal flexiviruses, a hledat sekvenci homologies ukázal, že Indické citrusové ringspot virus (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) je nejvíce úzce související virus. Nicméně, CYVCV měl celkovou nukleotidovou sekvenční identitu ≈74% s ICRSV. Ačkoli tyto dva viry byly podobné, pokud jde o organizaci genomu, virové částice, a rozsah bylinných hostitelů, CYVCV způsobil různé příznaky v citrusech a byl sérologicky odlišný od ICRSV. Páry primerů byly navrženy a použity k detekci viru konvenční a kvantitativní reverzní transkripce-polymerázové řetězové reakce na žluté žíly zúčtování symptomatické pole, stromy, stejně jako štěp – a mechanicky inokulovaných hostitelských rostlin. Souhrnně tyto údaje naznačují, že CYVCV je původcem onemocnění clearingu žlutých žil a představuje nový druh rodu Mandarivirus.