jaký je rozdíl mezi látkou a sloučeninou v PubChem?

Uživatelé PubChem se někdy ptají na rozdíl mezi látkou a sloučeninou. Otázka není překvapující, protože názvy “látka ” a” sloučenina ” samy o sobě neodmyslitelně nesdělují rozdíl. V PubChem terminologie, látka je chemický popis vzorku poskytována jediného zdroje, a sloučenina je normalizované chemické struktury zastoupení se nacházejí v jedné nebo více přispěl látek. Rozdíl je důležitý, protože PubChem je organizován ve třech samostatných databázích: sloučenina, látka, a biologická zkouška. Níže uvedený diagram vysvětluje rozdíl, ale pojďme to dále prozkoumat.

pochopit různé databáze v PubChem, je užitečné vědět, odkud informace pochází. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) je otevřený archiv chemických látek a informací o jejich biologických aktivitách. Data jsou poskytována stovky přispěvatelů (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/zdroje/), včetně nakladatelů, vědců, chemických prodejci farmaceutických firem, a řadu důležitých chemické biologie zdrojů. Každý z těchto zdrojů údajů přispívá popisem vzorků chemických látek, pro které mají informace.

PubChem nazývá tyto komunitní popisy vzorků ” látky.”Každý záznam nalezený v databázi látek PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) obsahuje informace poskytnuté jednotlivým přispěvatelem o konkrétní chemické látce. Záznamy o látkách jsou na sobě nezávislé. Dva různé záznamy o látkách (od stejných nebo různých poskytovatelů) by mohly poskytnout různé informace o stejné chemické struktuře. Například jeden záznam látky může poskytnout informace o biologické úloze aspirinu, zatímco jiný může poskytnout informace o vzorku aspirinu ve výzkumném stupni. Databáze látek udržuje provenience informací o chemických látkách v PubChem. Pomáhá uživatelům zjistit, kdo co poskytl. V důsledku toho může existovat mnoho záznamů o látce o dané molekule, což představuje problém pro uživatele, kteří mají zájem o souhrnný pohled na informace o molekule. Zde přichází do hry složená databáze PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound).

Sloučenina databáze je odvozen z chemické struktury obsah našel v Látce databáze. Každá chemická látka je výpočetně zkoumána řadou validačních a normalizačních kroků. Výsledkem tohoto procesu je normalizovaná reprezentace chemické struktury pro záznam látky. Chemické látky v databázi látek, které nejsou zcela popsány nebo selhávají normalizační postupy, nejsou zahrnuty do databáze sloučenin. Tyto látky v databázi látek, které procházejí postupy normalizace chemické struktury, jsou spojeny se záznamem “sloučeniny” v databázi sloučenin. Pokud dvě látky odkazují na stejnou chemickou strukturu, poukazují na stejnou sloučeninu. To umožňuje, aby data od různých poskytovatelů údajů o látkách byla agregována prostřednictvím společného složeného záznamu. Však také mají samostatné látky záznamy je stále cenné pro uživatele, kteří, například, by mohl být zájem o původ látky nebo zvláštní stav látky (např. různé tautomeric form). V podstatě primární účel PubChem Compound database je poskytnout “non-redundantní” zobrazit vkladatele-přispěl chemická struktura obsah uložený v PubChem Substance database.

Chcete-li odpovědět na otázku položenou na začátku, jaký je rozdíl mezi látkou a sloučeninou? Látka je příspěvkem popis vzorku chemické látky od konkrétního poskytovatele údajů PubChem. Sloučenina je normalizovaná reprezentace chemické struktury nalezená v jednom nebo více popisech látek.

Chcete-li si přečíst více o tomto tématu, zvažte prosím prozkoumání těchto odkazů:

• PubChem Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/help.html # PubChem_Overview)
• PubChem Substance / Compound Summary Page Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs / subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).