Klonální Diverzita a Myelom Nádor: Z Generace Buněk na Léčbu Důsledky
koncepce klonální diverzita je stále dobře přijímán jako charakteristickým znakem rakoviny. Jak nádor roste a postupuje, může se změnit genetická Krajina buněčné populace. Tyto změny jsou z velké části způsobeny náhodnými chybami vyskytujícími se během každého buněčného dělení nebo mutačními událostmi stimulovanými různými expozicemi. Když se jedna z těchto náhodných událostí vyskytne ve správném lokusu, bude to mít za následek výhodu přežití pro všechny následné potomky této počáteční buňky. Pochopení základy klonální diverzita se může ukázat být nezbytnou součástí léčebného plánu pro pacienty, pomáhá průvodce výběr léku a zjistit procentní podíl klonů, které může být citlivý/rezistentní na konkrétní ošetření. Navíc mnoho terapií používaných k léčbě myelomu pravděpodobně vyvolá mutace prostřednictvím jejich mechanismů působení nebo neočekávanými sekundárními účinky. Pochopení účinků jednotlivých terapií a konkrétní kombinace na základní mutace sazby, které řídit rozmanitost nádor populace pomůže identifikovat režimy, které zvyšují základní mutace ky a dal pacienta na zvýšené riziko vzniku agresivní klon. Tyto změny lze identifikovat sekvenováním nové generace populace hromadného nádoru ve srovnání s jednobuněčnými klony, které byly vybrány z této populace. Aby bylo možné určit rozmanitost mutací nalezených v hromadných nádorové populace, navrhujeme, aby jediné buňky klonování mateřské populace, a pak sekvenování a porovnávání napříč několika jednotlivých klonů dá lepší představu o náhodný různých mutací přítomných v jednotlivých buňkách, které pocházejí ze stejné mateřské populace.
pro identifikaci rozmanitosti přítomné v náhodné populaci myelomových buněk jsme vybrali buněčnou linii lidského myelomu KMS-18 jako modelový systém. Třídili jsme jednotlivé buňky z rodičovské populace KMS-18 podle FACS s výběrovými kritérii založenými výhradně na životaschopných jednotlivých buňkách. Tyto individuálně seřazené buňky rozšířen po dobu týdnů až obyvatelstva byla dost velká, aby být shromažďovány pro analýzu (cíl přibližně 5E6 buňky). Pro analýzu byly vybrány čtyři z těchto jednobuněčných klonů (SCC_04, SCC_10, SCC_16, SCC_18). Připravili jsme celé genomové knihovny a zachytili oblast 3,2 Mb pomocí Agilent SureSelect kinome capture kit. Konečné zachytit knihovny byly sekvenovány na Illumina MiSeq platformy na průměrnou cílovou oblast hloubka 200X.
Výsledky byly filtrovány, aby určit počet mutací přítomných výhradně v jeden subklon ve srovnání s jinou. Takové události buď existovaly v původní jediné buňce, nebo se vyskytly brzy v expanzi klonu jedné buňky. Abychom omezili analýzu na události přítomné v původní jediné buňce nebo velmi brzy v procesu zdvojnásobení, identifikovali jsme varianty, které byly nalezeny s frekvencí >20%. Mnohé z těchto událostí byly přítomny ve více jednotlivých buněk klony, které by mohly definovat klonální vztah každé původní buňky, nicméně, 10% z těchto variant byly jedinečné pro jeden subklon. V průměru jsme pozorovali 1,6 mutací na Mb cílové oblasti. Pokud tato stejná míra mutace platí v celém genomu, očekávali bychom, že uvidíme více než 5000 jedinečných mutací mezi libovolnými dvěma náhodnými buňkami odebranými ze vzorku hromadného nádoru.
v současné době probíhají studie zaměřené na zkoumání klonální rozmanitosti mezi generacemi subklonů. Probíhají také další studie zaměřené na změny v klonální rozmanitosti mezi různými podtypy myelomu, s hypotézou, že agresivnější podtypy jako t (4; 14) a MAF mohou vést k rozmanitější klonální populaci. Pokud rozmanitější klonální populace koreluje s agresivnější podtyp nádoru, pak se to vrací kruh na otázku vhodné terapie, a pokud některé terapie skutečně může zvýšit rozmanitost v nádorové populace a v důsledku agresivnější relapsu onemocnění.
žádné relevantní střety zájmů vyhlásit.
