Kompletní Sekvence Genomu, Clostridium innocuum Kmen ATCC 14501

OZNÁMENÍ

Máme zprávy, kompletní sekvence genomu, Clostridium innocuum kmen ATCC 14501, která byla identifikována v roce 1962 po izolaci z appendiceal absces (1). Byl charakterizován jako grampozitivní tyč s terminálními spory. Kolonie měly průměr 1,5 až 2,5 mm, lesklé, bílé, vyvýšené a nehemolytické. Intraperitoneální inokulace supernatantu kultury na myši byla nepatogenní. Od té doby je C. innocuum považován za benigní gastrointestinální mikroorganismus (1).

nyní se znovu zvažuje patogenní potenciál C. innocuum. V poslední době, Chia a kolegové uvádí, že C. innocuum je druhou nejčastější klostridií druhů způsobuje extraintestinálních infekcí (2) a je příčinou Clostridioides difficile-jako střevní infekce (3). Tyto izoláty byly rezistentní na vankomycin, cytotoxické vůči vero a HT-29 buňkám a enteropatogenní u myší (3). Při tomto přehodnocení patogenity C. innocuum je nutná kompletní genomová sekvence kmene ATCC 14501.

Genomické DNA (gDNA) pro oba Illumina a Nanopore knihovny byl extrahován pomocí BiOstic bakteriémie izolaci DNA kit (Qiagen, Germantown, MD) z noční kultury pěstovány anaerobně v tryptic soy bujónu při 37°C. Dlouhé-číst sekvenování knihoven byly připraveny z unsheared gDNA pomocí ligačního sekvenování kit SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, UK) a sekvenovány na MinION platformy pomocí FLO-MIN106 průtoku mobilní. Výchozí parametry byly použity pro veškerý software, pokud není uvedeno jinak. Guppy v3.4.5 byl použit pro základnu zavolat čte s R9.4.1 high-přesnost modelu a provést číst kvalitní filtrování založené na Q-skóre, demultiplexování, a čárový kód ořezávání. Přibližné pokrytí čtení bylo 98× z 19,646 čte celkem 460.0 Mbp. Hodnota čtení N50 byla 22 933 nukleotidů a hodnota L50 byla 7 784 čtení. Kvalita čtení Nanopore byla hodnocena pomocí pycoQC v2.5.0.21 (4).

Krátké čtení sekvenování knihoven byly připraveny z gDNA pomocí Nextera XT kit (Illumina, San Diego, CA) a sekvenovány na Illumina MiSeq platformy pomocí v3 průtoku mobilní výnos 482,327 dvojici 301-bp čte. Sekvenční adaptéry byly oříznuty ze čtení na přístroji, aby generovaly 196.3 Mbp sekvence, s přibližným pokrytím genomu 42×. Kvalita čtení Illumina byla hodnocena pomocí FastQC v0. 11. 2 (5). Aby se minimalizovalo volání falešně pozitivních variant v zarovnání, nebylo provedeno žádné kvalitní ořezávání čtení Illumina (6).

genom byl sestaven s nanopore čte procházející Q skóre filtrování pomocí Flye v2. 6 generovat jediný 4,30 Mb contig (7). Adaptér-zdobené Illumina čte byly vyrovnány do sestavy pomocí BWA v0.7.17 a montážní chyby byly opraveny pomocí Pilon v1.23 s-mindepth nastavení 0, 1 (8, 9). Sériové zarovnání čtení a korekce Pilonu byly provedeny třikrát, dokud nebyly generovány žádné další opravy sestavy. Vlastní software (Pilon Tools v0. 1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) byl použit k identifikaci, ručnímu posouzení a opravě zbytkových chyb montáže homopolymeru. Cirkulátor v1. 5.5 byl použit k zajištění cirkularizace chromozomu oříznutím překrývajících se konců a rotací na začátek genu dnaA (10). Konečná sestava je jediná chromozomální sekvence o délce 4 718 906 bp a obsahu GC 43,6%. Anotace byla provedena pomocí NCBI Prokaryotického Genomu Anotace Potrubí (PGAP) v4.11 (11, 12).