Matematika pro Real-Svět Systémy, Centrum pro Doktorské Školení

2019-2020 série
středa 11 – 12 hodin v D1.07

Docházka na tyto kurzy je povinná pro MSc studentů.

První termín 2. týden – 9. října 2019

Úvod do Vědecké výpočty Výzkumu Technologické Platformy část 1 – Profesor David Quigley

Snímky

První termín 3. týden – 16. října 2019

Úvod do Vědecké výpočty Výzkumu Technologické Platformy 2. část – Profesor David Quigley

Snímky

První termín 4. týden – 23. října 2019

Úvod do vývoje softwaru – Dr. Chris Brady a Dr. Heather Ratcliffe

mluvit na základě shrnutí těchto snímků

První termín týden 5 – 30. října 2019

Verze ovládání a software udržitelnosti – Dr. Chris Brady a Dr. Heather Ratcliffe

První termín 6. týden – 6. listopadu 2019

Úvod do bash skriptování -Dr. Paul Brown

Snímky

První termín 7. týden – 13. listopadu 2019

Tvorba webových stránek s interaktivním obsahem – Dr. Paul Brown

Snímky

První termín týden 8. – 20. listopadu 2019

seminář

První termín 9. týdne – 27. listopadu 2019

Pomocí Gpu v Warwick – Profesor David Quigley

notebook využívána k doručování tato diskuse, stejně jako mnohem podrobnější notebooky na Python programování GPU jsou na github.com/WarwickRSE/gpuschool2018

2018-2019 série

První termín 2. týden – 10. října 2018

Úvod do Vědecké výpočty Výzkumu Technologické Platformy

Dr David Quigley

University of Warwick provozuje osm Výzkumu Technologické Platformy (výnos hráče) které slouží univerzitní výzkumné komunity tím, že poskytuje rozsáhlé společné sociální zařízení mezi několika akademických oddělení. Představím vám zařízení dostupná prostřednictvím vědeckého výpočetního RTP, včetně našeho spravovaného desktopového prostředí Linux a vysoce výkonných výpočetních systémů (HPC). To bude zahrnovat mechanismy pro získání přístupu, efektivní práci v rámci spravovaného víceuživatelského prostředí Linuxu a způsob přístupu k podpoře a školení.

první termín 3. -17. října 2018

statistický závěr z genomických dat

Dr Jere Koskela

probíhá technologická revoluce v genetice. Sekvenování genomu je stále levnější a levnější a nakonec se stane běžnou součástí zdravotní péče. Bylo předpovězeno, že do 15 let bude sekvenována jedna miliarda lidských genomů. Tato data je vzrušující, protože vzory rozdíly v DNA mezi jednotlivci obsahovat informace o celé řadě biologických a demografických procesů, jako je například mutace, přírodní výběr, velikosti populace a migrace události. Takové obrovské množství dat však vyvolává řadu statistických a výpočetních výzev. Budu diskutovat o některé ze statistických technik, které byly použity k řešení těchto problémů, se zaměřením na metody Monte Carlo jako význam odběru vzorků, a Markov Chain Monte Carlo (MCMC). Představím také některé z populačních genetických modelů, které se používají ke studiu vývoje velkých, populace náhodného Páření, zvláštní využití oblasti známé jako koalescentní teorie.

První termín 4. týden – 24. října 2018

Data driven modelling – model chromozomu oscilace od dat k rozvětvení

Profesor Nigel Burroughs

Buněčné biologie je často uvedeno jako nové ‘fyzika’, bohaté oblasti, kde fyzikální teorie mohou být vyvinuty vysvětlit/předpovědět biologické procesy, analogické kvantové fyziky a teorie relativity úspěchy počátkem minulého století. Uskutečnění tohoto náročného cíle, se však ukazuje jako obtížné, zejména vzhledem k tomu, biologické procesy jsou mimo rovnováhu, jsou často velmi stochastické zahrnující malé množství molekul a jsou velmi složité, zobrazení rozsahu fenomenální sebe-organizování dynamiku. V této přednášce jsem se zkoumat, co to znamená ‘vysvětlit’ biologické procesy, a jak rozsah fyzické techniky stochastické simulace, dynamické systémy pro analýzu a výpočetní statistiky mohou být spojeny dohromady, aby řešit tyto složité otázky. Příklady budou čerpány z cytoskeletální mechaniky a buněčného dělení.

První termín 6. týden – 7. listopadu 2018

Pochopení lidského chování s data science

Profesor Tobias Preis

V této přednášce jsme se nastínit některé nedávné zdůrazňuje našeho výzkumu, řešit dvě otázky. Za prvé, mohou velké datové zdroje poskytnout vhled do krizí na finančních trzích? Analýzou objemů dotazů Google pro vyhledávací dotazy týkající se financí a zobrazení článků na Wikipedii, najdeme vzorce, které lze interpretovat jako včasné varovné signály pohybů na akciovém trhu. Za druhé, můžeme poskytnout pohled na mezinárodní rozdíly v ekonomickém blahobytu porovnáním vzorců interakce s internetem? Odpovědět na tuto otázku, představujeme index orientace na budoucnost, který kvantifikuje míru, do jaké uživatelé internetu hledají více informací o letech v budoucnosti než o letech v minulosti. Analyzujeme protokoly Google a nacházíme výraznou korelaci mezi HDP země a predispozicí jejích obyvatel těšit se. Naše výsledky ilustrují potenciál, který kombinace rozsáhlých sad behaviorálních dat nabízí pro lepší pochopení rozsáhlého lidského ekonomického chování.

První termín 7. týden – 14. listopadu 2018

Statistické inference pomocí Markov chain Monte Carlo

Dr Jake Carson

V této přednášce představím některé techniky pro model montáž do Bayesovský rámec, a ilustrovat je s některé jednoduché příklady. Zejména se zaměřím na Markovův řetězec Monte Carlo a související metody. Pokusím se vysvětlit, jak to funguje, proč se tak běžně používá, a poskytnout praktické pokyny k jeho implementaci.

první termín 8. – 21. Listopadu 2018

obrazové modelování buněčné dynamiky

Dr. Sharon Collier

moderní fluorescenční mikroskopie živých buněk nám umožňuje vizualizovat dynamické buněčné procesy v nebývalých detailech. Budu současnosti probíhající výzkumné projekty, které se zabývají sdružující i) analýza obrazu metody pro sledování buněk a jejich pohyby, a kvantifikovat časoprostorových vzorců fluorescenčně značených buněčných složek, a ii) matematické modely, aby prošetřila regulačních mechanismů buněčné biochemie a mechaniky.

První termín týden 9 – 28. listopadu 2018

Vývoj Software pro Akademiky

Dr. Heather Ratcliffe

vývoj Software je mnohem více, než psaní kódu – je to o produkci profesionální, udržovatelný, srozumitelný software. Plánování a styl, dokumentace, Správa verzí, balení, licencování a další. Tato diskuse si klade za cíl představit některé důležité nástroje, které byste měli vědět o tom, jak vědci-kteří-psát kód, tak, že vaše jsou dobře vybaveny tak, aby číst a učit se další a používat je. Budeme diskutovat o řízení verzí v podobě Git, trochu o licencování softwaru, nějaké pěkné balíčky pro dokumentování kódu, a stručně zmínit několik dalších věcí, které by měl vědět každý, ale nikdo si myslí, nemluvě.

2017-2018 série

První termín 2. týden – 11. října 2017

Řešení složitosti a samoorganizace v biologických systémech

Profesor Nigel Burroughs

Buněčné biologie je často uvedeno jako nové ‘fyzika’, bohaté oblasti, kde fyzikální teorie mohou být vyvinuty vysvětlit/předpovědět biologické procesy, analogické kvantové fyziky a teorie relativity úspěchy počátkem minulého století. Uskutečnění tohoto náročného cíle, se však ukazuje jako obtížné, zejména vzhledem k tomu, biologické procesy jsou mimo rovnováhu, jsou často velmi stochastické zahrnující malé množství molekul a jsou velmi složité, zobrazení rozsahu fenomenální sebe-organizování dynamiku. V této přednášce jsem se zkoumat, co to znamená ‘vysvětlit’ biologické procesy, a jak rozsah fyzické techniky stochastické simulace, dynamické systémy pro analýzu a výpočetní statistiky mohou být spojeny dohromady, aby řešit tyto složité otázky. Příklady budou čerpány z cytoskeletální mechaniky a buněčného dělení.

První termín 3. týden – 18. října 2017

Statistické inference pomocí Markov chain Monte Carlo

Dr. Simon Spencer
V této přednášce představím některé techniky pro model montáž do Bayesovský rámec, a ilustrovat je s některé jednoduché příklady. Zejména se zaměřím na Markovův řetězec Monte Carlo a související metody. Pokusím se vysvětlit, jak to funguje, proč se tak běžně používá, a poskytnout praktické pokyny k jeho implementaci.

První termín 4. týden – 25. října 2017

Pochopení lidského chování s data science
Profesor Tobias Preis
V této přednášce jsme se nastínit některé nedávné zdůrazňuje našeho výzkumu, řešit dvě otázky. Za prvé, mohou velké datové zdroje poskytnout vhled do krizí na finančních trzích? Analýzou objemů dotazů Google pro vyhledávací dotazy týkající se financí a zobrazení článků na Wikipedii, najdeme vzorce, které lze interpretovat jako včasné varovné signály pohybů na akciovém trhu. Za druhé, můžeme poskytnout pohled na mezinárodní rozdíly v ekonomickém blahobytu porovnáním vzorců interakce s internetem? Odpovědět na tuto otázku, představujeme index orientace na budoucnost, který kvantifikuje míru, do jaké uživatelé internetu hledají více informací o letech v budoucnosti než o letech v minulosti. Analyzujeme protokoly Google a nacházíme výraznou korelaci mezi HDP země a predispozicí jejích obyvatel těšit se. Naše výsledky ilustrují potenciál, který kombinace rozsáhlých sad behaviorálních dat nabízí pro lepší pochopení rozsáhlého lidského ekonomického chování.

první termín týden 6. – 8. Listopadu 2017

vědecké výpočty s Julií
Profesor Christoph Ortner
část 1: Úvod do Julie. Stručně představím jazyk Julia a některé jeho nástroje a ukážu, jak interpoluje Matlab, Python a Lisp do programovacího prostředí, které je dokonale vhodné pro numericky náročné výpočty, rychlé prototypování i HPC.
část 2: Ukážu několik příkladů z mého vlastního výzkumu modelování materiálů ve více měřítcích.

První termín 7. týden – 15. listopadu 2017
Stochastické Simulace
Profesor Matthew Keeling
V této přednášce se budeme nejprve diskutovat o významu stochasticity v pochopení skutečné světové problémy. Stochasticity mohou být začleněny v mnoha způsoby, ale zaměříme se na individuální bázi, událost-drive stochasticity a bude diskutovat o metody simulující takové dynamiky. Bezostyšně vezmeme příklady výhradně z ekologie a epidemiologie, budeme zvažovat jak Gillespieho metody, tak Ensemble/Master rovnice. Budeme diskutovat o tom, co se stane, když se velikost jejich populace se velké — a aproximace, které dělají problém výpočetně povolný. Nakonec se podíváme na plně individuální prostorové simulace a diskutujeme o metodách, které mohou poskytnout obrovskou výpočetní úsporu.

první termín týden 8. – 22. Listopadu 2017

obrazové modelování buněčné dynamiky
Profesor Till Bretschneider

moderní fluorescenční mikroskopie živých buněk nám umožňuje vizualizovat dynamické buněčné procesy v nebývalých detailech. Budu současnosti probíhající výzkumné projekty, které se zabývají sdružující i) analýza obrazu metody pro sledování buněk a jejich pohyby, a kvantifikovat časoprostorových vzorců fluorescenčně značených buněčných složek, a ii) matematické modely, aby prošetřila regulačních mechanismů buněčné biochemie a mechaniky.

první termín týden 9. – 29. Listopadu 2017

statistický závěr z genomických dat

Dr. Paul Jenkins

probíhá technologická revoluce v genetice. Sekvenování genomu je stále levnější a levnější a nakonec se stane běžnou součástí zdravotní péče. Bylo předpovězeno, že do 15 let bude sekvenována jedna miliarda lidských genomů. Tato data je vzrušující, protože vzory rozdíly v DNA mezi jednotlivci obsahovat informace o celé řadě biologických a demografických procesů, jako je například mutace, přírodní výběr, velikosti populace a migrace události. Takové obrovské množství dat však vyvolává řadu statistických a výpočetních výzev. Budu diskutovat o některé ze statistických technik, které byly použity k řešení těchto problémů, se zaměřením na metody Monte Carlo jako význam vzorkování, Markov Chain Monte Carlo (MCMC), a Přibližné Bayesovské Výpočty (ABC). Představím také některé z populačních genetických modelů, které se používají ke studiu vývoje velkých, populace náhodného Páření, zvláštní využití oblasti známé jako koalescentní teorie.

2016-2017 série
tento kurz se koná ve středu 11am-12noon v místnosti D1.07.

První termín 2. týden – 12. října 2016

Pochopení lidského chování s data science
Dr. Tobias Preis
V této přednášce jsme se nastínit některé nedávné zdůrazňuje našeho výzkumu, řešit dvě otázky. Za prvé, mohou velké datové zdroje poskytnout vhled do krizí na finančních trzích? Analýzou objemů dotazů Google pro vyhledávací dotazy týkající se financí a zobrazení článků na Wikipedii, najdeme vzorce, které lze interpretovat jako včasné varovné signály pohybů na akciovém trhu. Za druhé, můžeme poskytnout pohled na mezinárodní rozdíly v ekonomickém blahobytu porovnáním vzorců interakce s internetem? Odpovědět na tuto otázku, představujeme index orientace na budoucnost, který kvantifikuje míru, do jaké uživatelé internetu hledají více informací o letech v budoucnosti než o letech v minulosti. Analyzujeme protokoly Google a nacházíme výraznou korelaci mezi HDP země a predispozicí jejích obyvatel těšit se. Naše výsledky ilustrují potenciál, který kombinace rozsáhlých sad behaviorálních dat nabízí pro lepší pochopení rozsáhlého lidského ekonomického chování.

První termín 3. týden – 19. října 2016

Stochastické Simulace
Profesor Matthew Keeling
V této přednášce se budeme nejprve diskutovat o významu stochasticity v pochopení skutečné světové problémy. Stochasticity mohou být začleněny v mnoha způsoby, ale zaměříme se na individuální bázi, událost-drive stochasticity a bude diskutovat o metody simulující takové dynamiky. Bezostyšně vezmeme příklady výhradně z ekologie a epidemiologie, budeme zvažovat jak Gillespieho metody, tak Ensemble/Master rovnice. Budeme diskutovat o tom, co se stane, když se velikost jejich populace se velké — a aproximace, které dělají problém výpočetně povolný. Nakonec se podíváme na plně individuální prostorové simulace a diskutujeme o metodách, které mohou poskytnout obrovskou výpočetní úsporu.

první termín týden 4. – 26. října 2016

velká data a bioinformatika
Dr. Richard Savage
medicína a biologie procházejí datovou revolucí. Z celého genomu sekvenování na digitální zobrazovací a elektronické zdravotní záznamy, nové zdroje dat jsou slibuje revoluci, jak léčíme nemoci a chování našeho biomedicínského výzkumu. S těmito příležitostmi však přicházejí významné výzvy. Data jsou často vysoce dimenzionální, hlučná, se složitou základní strukturou. A možná budeme chtít kombinovat více datových typů z velmi odlišných zdrojů. Dám prohlídku některé z této otázky, se zaměřením na některé reálném světě projekty, které mají potenciál změnit způsob, jakým děláme výzkum v těchto oblastech. Budu také mluvit o tom, jak to souvisí s Warwickovým zapojením do rozsáhlých projektů, jako je projekt 100,000 Genomes a Alan Turing Institute.

První termín 5. týden – 2. listopadu 2016

Výpočetní techniky v matematické biologii
Dr. Nabil-Fareed Alikhan, Dr Až Bretschneider a Dr. Giorgos Minas

První termín 6. týden – 9. listopadu 2016

Žádný seminář tento týden

První termín 7. týden – 16. listopadu 2016

Statistické inference pomocí Markov chain Monte Carlo
Dr. Simon Spencer
V této přednášce představím některé techniky pro model montáž do Bayesovský rámec, a ilustrovat je s některé jednoduché příklady. Zejména se zaměřím na Markovův řetězec Monte Carlo a související metody. Pokusím se vysvětlit, jak to funguje, proč se tak běžně používá, a poskytnout praktické pokyny k jeho implementaci.

první termín týden 8. – 23. Listopadu 2016

vědecké výpočty s Julií
Profesor Christoph Ortner
část 1: Úvod do Julie. Stručně představím jazyk Julia a některé jeho nástroje a ukážu, jak interpoluje Matlab, Python a Lisp do programovacího prostředí, které je dokonale vhodné pro numericky náročné výpočty, rychlé prototypování i HPC.
část 2: ukážu několik příkladů z mého vlastního výzkumu modelování materiálů ve více měřítcích.

první termín týden 9. – 30. Listopadu 2016

Inference a montáž prostorových dynamických systémů v buněčné biologii.
Profesor Nigel Burroughs
Buněčné biologie je často uvedeno jako nové ‘fyzika’, bohaté oblasti, kde fyzikální teorie mohou být vyvinuty vysvětlit/předpovědět biologické procesy, analogické kvantové fyziky a teorie relativity úspěchy počátkem minulého století. Uskutečnění tohoto náročného cíle, se však ukazuje jako obtížné, zejména vzhledem k tomu, biologické procesy jsou mimo rovnováhu, jsou často velmi stochastické zahrnující malé množství molekul a jsou velmi složité, zobrazení rozsahu fenomenální sebe-organizování dynamiku. V této přednášce jsem se zkoumat, co to znamená ‘vysvětlit’ biologické procesy, včetně diskuse o typy, modely/modelářství, a když jsou užitečné, srovnání těchto modelů na data (reverzní inženýrství) a ověřování těchto modelů. Příklady budou čerpány z cytoskeletálních procesů a buněčného dělení.

2015-2016 série
Tento kurz se koná ve středu 11-12noon v Složitosti přednáškové místnosti.

První termín 2. týden – 14. října 2015

Stochastické simulace
Profesor Matthew Keeling
V této přednášce se budeme nejprve diskutovat o významu stochasticity v pochopení skutečné světové problémy. Stochasticity mohou být začleněny v mnoha způsoby, ale zaměříme se na individuální bázi, událost-drive stochasticity a bude diskutovat o metody simulující takové dynamiky. Bezostyšně vezmeme příklady výhradně z ekologie a epidemiologie, budeme zvažovat jak Gillespieho metody, tak Ensemble/Master rovnice. Budeme diskutovat o tom, co se stane, když se velikost jejich populace se velké — a aproximace, které dělají problém výpočetně povolný. Nakonec se podíváme na plně individuální prostorové simulace a diskutujeme o metodách, které mohou poskytnout obrovskou výpočetní úsporu.

první termín týden 3-21st Říjen 2015

vědecké výpočty ve Warwicku: dvojitá perspektiva chemika/ředitele
profesor Mark Rodger
tato přednáška se podívá na vědecké výpočty ve Warwicku z obecné i osobní perspektivy. Z obecného hlediska jsem se snaží dát přehled o rozsahu činností, které jdou na v Warwick, role Centra pro Vědecké výpočty v podpoře těch činností, a některé z hardware a software, který je snadno k dispozici na pomoc výzkumu v oblasti Vědeckých výpočtů. Poskytovat více osobní pohled, já půjdu dál popsat některé z výzkumu, který jsem udělal v oblasti klasické statistické mechaniky a molekulové modelování, zejména popisu některých adaptivní molekulární dynamiky metody, které byly vyvinuty v posledních letech ke zlepšení fáze průzkumu vesmíru, charakterizace volné energie krajiny a simulace vzácné události pro aplikace na materiály vědy.

první termín 4. – 28. října 2015

Inference a montáž prostorových dynamických systémů v buněčné biologii.
Profesor Nigel Burroughs
Buněčné biologie je často uvedeno jako nové ‘fyzika’, bohaté oblasti, kde fyzikální teorie mohou být vyvinuty vysvětlit/předpovědět biologické procesy, analogické kvantové fyziky a teorie relativity úspěchy počátkem minulého století. Uskutečnění tohoto náročného cíle, se však ukazuje jako obtížné, zejména vzhledem k tomu, biologické procesy jsou mimo rovnováhu, jsou často velmi stochastické zahrnující malé množství molekul a jsou velmi složité, zobrazení rozsahu fenomenální sebe-organizování dynamiku. V této přednášce jsem se zkoumat, co to znamená ‘vysvětlit’ biologické procesy, včetně diskuse o typy, modely/modelářství, a když jsou užitečné, srovnání těchto modelů na data (reverzní inženýrství) a ověřování těchto modelů. Příklady budou čerpány z cytoskeletálních procesů a buněčného dělení.

První termín týden 5. – 4. listopadu 2015

Hmotnost Jednorozměrné a Vícerozměrné Přístupy k Porozumění Genetické Variace v Mozku
Profesor Thomas Nichols
Tam byl velký zájem v objevování a pochopení role genetické variability v mozku zobrazovací data. Typické studie “zobrazovací genetiky” používají malý počet kandidátských genů, malý počet oblastí mozku nebo obojí. V této přednášce se budu zabývat metodami vyhledávání asociací Gen-mozek v celém genomu a ve všech oblastech mozku. Takový přístup představuje obrovské výpočetní a statistické výzvy. Budu diskutovat o dvou přístupech, masově jednorozměrný přístup a vícerozměrný přístup. Na mass-univariate model je standardní nástroj v neuroimaging analysis, ale měřítka to pro 100 000 Snp vyžaduje řadu výpočetních a statistických novinek. S naší metodou aplikovanou na tenzorová Morfometrická data z projektu ADNI, hlásíme první asociaci Gen-mozek, která přežila celý genom, korekce chyb v celé rodině mozku. Naše vícerozměrné přístup používá Řídké Snížena Hodnost Regresní (sRRR), aby společně a parsimoniously vysvětlit gen-mozek sdružení. Podrobné podrobné analýzy výkonu ukazují, že vícerozměrný přístup by měl mít ještě větší sílu než jednorozměrný přístup.

První termín 6. týden – 11. listopadu 2015

Statistické inference pomocí Markov chain Monte Carlo
Dr. Simon Spencer
V této přednášce představím některé techniky pro model montáž do Bayesovský rámec, a ilustrovat je s některé jednoduché příklady. Zejména se zaměřím na Markovův řetězec Monte Carlo a související metody. Pokusím se vysvětlit, jak to funguje, proč se tak běžně používá, a poskytnout praktické pokyny k jeho implementaci.

první termín týden 7-18th listopad 2015

velká data a bioinformatika
Dr. Richard Savage
medicína a biologie procházejí datovou revolucí. Z celého genomu sekvenování na digitální zobrazovací a elektronické zdravotní záznamy, nové zdroje dat jsou slibuje revoluci, jak léčíme nemoci a chování našeho biomedicínského výzkumu. S těmito příležitostmi však přicházejí významné výzvy. Data jsou často vysoce dimenzionální, hlučná, se složitou základní strukturou. A možná budeme chtít kombinovat více datových typů z velmi odlišných zdrojů. Dám prohlídku některé z této otázky, se zaměřením na některé reálném světě projekty, které mají potenciál změnit způsob, jakým děláme výzkum v těchto oblastech. Budu také mluvit o tom, jak to souvisí s Warwickovým zapojením do rozsáhlých projektů, jako je projekt 100,000 Genomes a Alan Turing Institute.

První termín týden 8 – 25 prosince 2015

Ne mluvit tento týden

První termín týden 9 – 2. prosince 2015

Pochopení lidského chování s data science
Dr. Tobias Preis
V této přednášce jsme se nastínit některé nedávné zdůrazňuje našeho výzkumu, řešit dvě otázky. Za prvé, mohou velké datové zdroje poskytnout vhled do krizí na finančních trzích? Analýzou objemů dotazů Google pro vyhledávací dotazy týkající se financí a zobrazení článků na Wikipedii, najdeme vzorce, které lze interpretovat jako včasné varovné signály pohybů na akciovém trhu. Za druhé, můžeme poskytnout pohled na mezinárodní rozdíly v ekonomickém blahobytu porovnáním vzorců interakce s internetem? Odpovědět na tuto otázku, představujeme index orientace na budoucnost, který kvantifikuje míru, do jaké uživatelé internetu hledají více informací o letech v budoucnosti než o letech v minulosti. Analyzujeme protokoly Google a nacházíme výraznou korelaci mezi HDP země a predispozicí jejích obyvatel těšit se. Naše výsledky ilustrují potenciál, který kombinace rozsáhlých sad behaviorálních dat nabízí pro lepší pochopení rozsáhlého lidského ekonomického chování.