Kompletní Sekvence Genomu, o Collinsella aerofaciens Izolované ze Střeva Zdravé Indické Téma | Jiotower

GENOMU OZNÁMENÍ

bakterie Collinsella aerofaciens je dobře známý pro svou schopnost fermentovat řadu rostlinného a živočišného původu, sacharidů a pro výrobu H2, ethanol, mastné kyseliny s krátkým řetězcem a laktát v lidské tlustého střeva (1). C.aerofaciens je hlavní využití laktózy v lidském tlustém střevě. Několik studií prokázalo, že Collinsella a Bifidobacterium můžete upravit hostitele žlučových kyselin, které modulují virulence a patogenity střevními patogeny (2). Nedávno bylo hlášeno, že změněné množství Collinsella může také ovlivnit hladinu cholesterolu v plazmě hostitele (3). Pochopit význam C. aerofaciens ve zdraví a nemoci, je důležité prozkoumat jeho genomické repertoár a identifikovat funkce, které potenciálně ovlivňují fyziologii hostitele.

v této studii, C. aerofaciens kmen indica byl izolován z fekálního vzorku zdravého dospělého Indického subjektu. Přibližně 500 mg fekální vzorku byly resuspendovány v 1 ml fosfátem pufrovaného fyziologického roztoku (PBS), zředěný sériově ve stejném pufru a naneseny na prereduced tryptikázov agarem (pH 7.3) doplněná o 5% (obj./obj.) infikovaná ovčí krev. Bakteriální buňky byly rozloženy po povrchu desek pomocí čtyř nebo pěti skleněných kuliček (3,00 mm). Desky byly inkubovány po dobu 48 hodin při 37°C v anaerobní pracovní stanici (Whitley DG250) naplněné 80% N2, 10% CO2 a 10% H2. Jediná kolonie C. aerofaciens byl pěstován v 5 ml tryptického sójového vývaru (TSB) po dobu 48 hodin. růst buněk v TSB byl sledován spektrofotometrem. C. aerofaciens buňky byly sklizeny z 2 ml kultury odstředěním (8,000 x g po dobu 3 min), a genomová DNA byla extrahována THSTI metoda (4).

celý-sekvenování genomu C. aerofaciens bylo provedeno s využitím 2 různé DNA sekvenování platformy, ty z Illumina (HiSeq 2500 systém) a Oxford Nanopore Technologies (MinION). SPAdes nástroj byl použit k sestavení chyb-opraven dlouho Nanopore čte a Illumina zní, který vyvolal jeden contig. Sestavená kompletní genomová sekvence C. aerofaciens byla hodnocena sangerovým sekvenováním. Kompletní genom kmene C. aerofaciens indica má délku 2 306 349 bp s obsahem 60,1% GC.

analýza 2.30 Mb sekvence genomu C. aerofaciens identifikovány 1,995 genů, včetně 75 RNA-kódující geny. Genom má 276 subsystémy a je obohacen o protein (231 open reading frames ), sacharidů (226 Orf), aminokyselin (200 Orf), kofaktor, a vitamin (102 Orf) metabolické funkce. Genom C. aerofaciens je také obohacen metabolickými funkcemi mastných kyselin, lipidů a isoprenoidů (56 ORFs). Nicméně, C. aerofaciens genomu má několik geny antibiotické rezistence, jako jsou β-laktamázy, tetracyklin odpor a ribosomů funkce ochrany, a multidrug rezistence efluxní pumpy, ale ne genu byla detekována u podkategorie virulence, patogenita a rozvoj nemocí. Kompletní sekvence genomu C. aerofaciens kmen indica přispěje k lepšímu pochopení biologie komenzální a molekulární základ jeho dominance ve střevech Indiánských předmětů.