Výstupní formát
Na stránce s výsledky pro každý dotaz sekvence název, délku, a theneural sítě výstupní skóre, na kterém cTP/non-cTP úkol je basedwill být prezentovány. Čím vyšší je skóre, tím jistější je síťže tato sekvence obsahuje N-terminální chloroplastový tranzitní peptid (cTP).Bude také představena potenciální délka cTP, spolu s odpovídajícím skóre místa čištění. Vezměte prosím na vědomí, že predikce délky transitpeptidu se provádí, i když její přítomnost není předpovězena.Účelem je poskytnout maximální informace v hraničních případech.
je-li zvoleno” detailní výstup”, bude také prezentováno skóre neuronové sítě pro každý residue. Čím vyšší je toto skóre, tím jistějšísíť, že tento zbytek je součástí cTP. Je také prezentován derivát sítě. Toto skóre se používá k nalezení oblasti, ve které je hledáno místo čištění-konkrétně mezi 40 rezidua obklopující theresidue s nejvyšším derivačním skóre. Nakonec je pro každý zbytek uvedeno skóre místa štěpení(CS-skóre). Toto skóre je vypočteno z ascoring matrix odvozené z algoritmu automatického hledání motivů zvaného MEME. Skóre štěpení je definováno tak, že předpokládané místo štěpení je přímo určeno nejvyšším bodovým reziduem v rámci 40 reziduí. Tak, theremight existovat jeden nebo několik CS-skóre(s), že stát(y) větší než thescore navrhované cTP délku, ale protože jsou umístěny mimo 40residues kolem nejvyšší derivace skóre, představila cTP délka je stillwhat ChloroP považuje za nejvíce pravděpodobné, presequence délka (tj. odpovídá nejpravděpodobnějšímu místu štěpení).
