3.6. Gener med udskrifter og med identiske navne rapporteret som havende 0 tæller selv med kortlagt læser

hjem: Vigtige meddelelser, der kun påvirker versioner af produkter, der blev frigivet før juni 2017, og med identiske navne rapporteret som 0 tæller, selv med kortlagt læser

problemet

når du kører RNA-sek-værktøjet ved hjælp af sporbaserede referencer og

• ved hjælp af indstillingen “genomer kommenteret med gener og udskrifter” og
• to eller flere gener havde samme navn, og
• et transkript kunne tildeles hvert af disse gener fra mRNA-sporet

derefter værdien i kolonnen “udskrifter kommenteret” i GE-sporet og i TE-sporet var 0, og alle tællinger for sådanne gener blev rapporteret som nul, selv når der blev læst kortlægning til dem.

hvilke programmer og versioner er berørt?

dette problem påvirker:

hvilke programversioner er rettet?

dette problem er rettet i CLC Genomics arbejdsbord 9.0.1, Biomedical Genomics arbejdsbord 3.0.1 og CLC Genomics Server 8.0.1, udgivet den 9.juni 2016.

det er også blevet behandlet i den forrige udgivelseslinje: CLC Genomics arbejdsbord 8.5.3, Biomedical Genomics arbejdsbord 2.5.3 og CLC Genomics Server 7.5.3, udgivet 16. juni 2016.

udgivelsesbemærkningerne, der beskriver rettelsen af dette problem, findes på de seneste Forbedringssider for hvert produkt. Denne særlige rettelse er beskrevet som følger:

Rettet et problem med RNA-sek analyseværktøjet, der kunne opstå, når indstillingen” genomer kommenteret med gener og udskrifter “blev valgt: hvis to eller flere gener havde samme navn, og et transkript kunne tildeles hver fra mRNA-sporet, så var værdien i kolonnen” udskrifter kommenteret ” i GE-sporet og i TE-sporet 0. Desuden blev alle tællinger for sådanne gener rapporteret som nul, selv når der blev læst kortlægning til dem.

Hvordan kan jeg kontrollere, om min RNA-Sekv-analyse er blevet påvirket af problemet?

for at finde ud af, om din analyse er påvirket dig:

• Sorter TE track-tabellen i kolonnen: “udskrifter kommenteret”
• alle udskrifter, der har 0 i denne kolonne, påvirkes. Alle andre udskrifter påvirkes ikke af denne fejl.

fejlen var til stede på et meget sent tidspunkt i udførelsen af RNA-Sekv-algoritmen, da beregningsresultaterne blev indtastet i tabellen. De underliggende beregninger blev udført korrekt, men værdier for de duplikerede gennavne blev udelukket. De ikke-nulværdier, der kom ind i tabellen, er korrekte og ændres ikke med rettelsen.

mens udskrifter med 0 i kolonnen” udskrifter kommenteret ” (berørte udskrifter) ofte ses, når du bruger de berørte programversioner under de ovenfor beskrevne analysebetingelser, forventer vi ikke, at det vil være nødvendigt at køre analyser igen i de fleste tilfælde. Kun et meget lille antal gener / transkripter vil generelt blive påvirket, og disse er muligvis ikke gener af interesse for analysen. For eksempel fik gener i mange tilfælde samme navnekode for rRNA ‘er, snoRNA og andre diverse RNA’ er snarere end mRNA ‘ er.
hvis du ser berørte udskrifter forbundet med gener af potentiel interesse, anbefaler vi at køre analysen igen ved hjælp af en version af programmet, der indeholder en løsning på dette problem.