ChIP –

ChIP er en specialiseret version af ChIP, der bruges til meget specifikt at kortlægge protein af interesse (POI) bindingssteder i genomet. ChIP-ekso tilføjer et ekstra DNA-fordøjelsestrin til ChIP-sek. Når antistoffet er bundet til POI-kromatinkomplekset, anvendes en 3′ eksonuklease til at fordøje DNA ‘ et, der stikker ud fra POI-bindingsstedet. Dette reducerer opløsningen fra hundredvis af nukleotider til så lidt som en (Rhee og Pugh, 2012). 5 ‘ – strengene forbliver og bruges til at detektere regionen ved mikroarray, PCR eller mest almindeligt sekventering.

den største fordel ved denne teknologi er klart dens stigning i opløsning, men det reducerer også støj ved at fordøje forurenende DNA, derfor er der behov for mindre sekventeringsdybde (Rhee and Pugh, 2012). På grund af denne følsomhed er ChIP-ekso blevet brugt til at kortlægge nye transkriptionelle initieringssteder og andre opdagelsesbaserede undersøgelser (Venters and Pugh, 2013). Den eneste reelle ulempe er, at eventuelle komplekse tredimensionelle interaktioner af proteinet går tabt. For eksempel, hvis en transkriptionsfaktor samtidig binder to genomiske regioner, læses dette som to forskellige bindingshændelser, ikke en.

for nylig er ChIP-ekso blevet tilpasset til at bruge den fælles Illumina-sekventeringsplatform. Denne tilpasning overgik nøjagtigt Chipseks på Illumina i alle målinger og er specielt designet til effektive menneskelige studier (Serandour et al., 2013).

ChIP-ekstra læsning

Rhee, H. S. og Pugh, B. F. (2011). Omfattende genom-dækkende Protein-DNA-interaktioner detekteret ved Enkeltnukleotidopløsning. Celle 147, 1408-1419.

dette papir er fra gruppen, der udviklede ChIP-ekso og beskriver arbejdsgangen i processen i detaljer. Forfatterne anvender også teknologien til at karakterisere tidligere ukendte transkriptionsfaktorbindingsstier.

referenceliste

• Rhee, H. S. og Pugh, B. F. (2012). ChIP-ekso-metode til identifikation af genomisk placering af DNA-bindende proteiner med næsten enkelt-nukleotidnøjagtighed. Curr. Protoco. Mol. Biol. Kapitel 21, Enhed 21.24.
• Serandour, A. A., brun, G. D., Cohen, J. D. og Carroll, J. S. (2013). Udvikling af en Illumina-baseret ChIP-eksonukleasemetode giver indsigt i Ræv1-DNA-bindingsegenskaber. Genom Biol. 14, R147.
• Venters, B. J. og Pugh, B. F. (2013). Genomisk organisation af humane transkriptionsinitieringskomplekser. Natur 502, 53-58.