Colony PCR
Colony PCR er en bekvem metode med høj kapacitet til bestemmelse af tilstedeværelsen eller fraværet af indsat DNA i plasmidkonstruktioner. Individuelle transformanter kan enten lyseres i vand med et kort opvarmningstrin eller tilsættes direkte til PCR-reaktionen og lyseres under det indledende opvarmningstrin. Dette indledende opvarmningstrin forårsager frigivelse af plasmid-DNA ‘ et fra cellen, så det kan tjene som skabelon til amplifikationsreaktionen. Primere designet til specifikt at målrette indsatsens DNA kan bruges til at bestemme, om konstruktionen indeholder DNA-fragmentet af interesse. Alternativt kan primere, der er målrettet mod vektor-DNA, der flankerer indsatsen, bruges til at bestemme, om indsatsen er den korrekte molekylære størrelse eller ej. Indsæt specifikke primere kan give information om både specificiteten og størrelsen af Indsæt DNA, mens brugen af vektorspecifikke primere tillader screening af flere konstruktioner samtidigt. Colony PCR kan også bruges til at bestemme indsatsorientering. PCR-amplifikation af plasmidet ved anvendelse af en indsatsspecifik primer parret med en vektorspecifik primer kan kun designes til at producere et amplikon af en bestemt størrelse, hvis indsatsen er i den rigtige retning. I alle eksperimentelle designs bestemmes tilstedeværelse eller fravær af et PCR-amplikon og produktets størrelse ved elektroforese sammen med en DNA-størrelsesmarkør på en agarosegel.
