Dr. Chittaranjan Das

hovedfokus for vores laboratorium er at forstå den funktionelle rolle, deubikvitinerende stoffer (deubikvitinaser eller DUBs) i cellulære veje, især dem, der er involveret i neurodegeneration (gradvist tab af neuroner), såsom Parkinsons sygdom (AD) og Parkinsons sygdom (PD). En lang række biologiske processer styres af den reversible, posttranslationelle modifikation af proteiner ved den kovalente binding af allestedsnærværende, et stærkt konserveret 76-rest eukaryot polypeptid. Allestedsnærværende kan betragtes som startbegivenheden for en signaleringskaskade (allestedsnærværende signalering), der til sidst afsluttes ved hydrolytisk fjernelse af allestedsnærværende tag af en DUB. En undersøgelse af humant genom afslører tilstedeværelsen af omkring 90 DUBs, hvilket tyder på deres involvering i en lang række biokemiske veje. Vores tilgang til at studere DUBs er baseret på den kombinerede anvendelse af en række værktøjer, der inkluderer kemisk syntese af små molekylprober, røntgenkrystallografi, og massespektrometri-baseret proteomik.

struktur af UCHL1 bestemt ved røntgenkrystallografi antyder, at det kan vedtage to tilstande, en inaktiv tilstand (hvor de katalytiske rester er forkert justeret, vist til venstre) og en formodet aktiv tilstand – hvor resterne bringes i justering ved interaktion mellem proteinet og ukendte cofaktorer. En foreslået metode til identifikation af cofaktorer af UCHL1 via aktivitetsbaseret oprensning fra helcelleekstrakter (højre).

i øjeblikket undersøger vi den normale funktion af neuronal Dub allestedsnærværende C-terminal hydrolase L1 (UCHL1)- et PD-associeret,neuronspecifikt protein med ukendt fysiologisk funktion. Vores indsats i denne retning er rettet mod at udvikle cellepermeable småmolekylehæmmere af UCHL1, der kan bruges til at undersøge dens funktion (både normal og sygdomsassocieret), bestemme dets bindingspartnere ved affinitetsbaseret oprensning fra helcelleekstrakter og definere molekylær basis for, hvordan en naturligt forekommende variant af dette f.eks. Ud over UCHL1 gennemfører vi også strukturelle og mekanistiske undersøgelser af andre relaterede stoffer, der menes at være involveret i grundlæggende biokemiske processer såsom DNA-reparation, histonmodifikation og endocytose af plasmamembranproteiner.

Uddannelse

• Ph. D., Indian Institute of Science, 2001
• Postdoc, Harvard Medical School og Brandeis University, 2006

anerkendelser

• Senior forskning stipendium, University Grants Commission, Indien , 1996

publikationer

Publikationsliste