genetisk analyse af en Poliovirus/Hepatitis C-Virus (HCV) kimær: interaktion mellem Poliovirus kløverbladet og en sekvens i HCV 5′ ikke-oversat Region resulterer i en Replikationsfænotype
abstrakt
interne ribosomale indgangssteder (IRESS) kan fungere i fremmede virale genomer eller i kunstige DICISTRONISKE mRNA ‘ er. Vi beskriver en interaktion mellem vildtype hepatitis C-virus (HCV)-specifik sekvens og poliovirus (PV) 5′ – terminal kløverblad i en PV/HCV kimærvirus (indeholdende HCV IRES), hvilket resulterer i en replikationsfænotype. Enten en punktmutation ved nukleotid (nt) 29 eller en deletion op til nt 40 i det HCV 5’ ikke-oversatte område lettede replikationsblokken, hvilket gav PV/HCV-varianter, der replikerede til høje titere. Tilfældige, men lammende interaktioner mellem en IRES og omgivende heterolog RNA skal overvejes, når IRES-baserede dicistroniske ekspressionsvektorer konstrueres.
alle picornavirus-genomer indeholder et genetisk element ved navn det interne ribosomale indgangssted (IRES), der tillader oversættelse af virale genomiske mRNA ‘er på en 5’- og cap-uafhængig måde (5, 12, 13, 16, 20, 25). Lignende genetiske elementer er også blevet opdaget i genomer af Hepatitis C-virus (HCV) (24), et Hepacivirus og bovin viral diarrevirus (21), Et Pestivirus, af familien Flaviviridae. IRESs er placeret i det 5 ‘ – terminale segment af genomerne, hvor de styrer initiering af polyproteinsyntese. Visse insekt-RNA-vira, f.eks. Plautia stalitarme-virus, er imidlertid usædvanlige, idet deres beslægtede IRES kortlægger flere tusinde nukleotider nedstrøms for 5’ – enden af genomet og adskiller to cistroner, der koder for to forskellige polyproteiner (23). Det er af interesse, at vi tidligere har konstrueret et dicistronisk poliovirus (PV) ved at indsætte IRES af encephalomyocarditis-virus i det kodende område af PV-polyproteinet (16). Den genetiske organisering af denne dicistroniske PV, der koder for to polyproteiner adskilt af et IRES-element, ligner meget P. stali-tarmvirus.
IRES-elementer er defineret af funktion og ikke af nukleotidsekvens. Ja, IRESs af PV, en picornavirus, og HCV, en flavivirus, har ringe, hvis nogen sekvens til fælles, men begge fungerer som promotorer af intern ribosomal indgang til initiering af oversættelse. Dette fænomen er mest tydeligt i kimære PV / HCV-vira, hvor de beslægtede PV IRES er blevet udvekslet med HCV (15, 28). Uventet inkluderer HCV IRES en sekvens nedstrøms for AUG-kodonet, der initierer dets polyprotein (15, 22). Ved konstruktion af en levedygtig PV / HCV-kimærvirus var en del af kerneproteinkodningssekvensen nødvendig for at opnå en levedygtig virus (Fig.1, Luscore) (15). Det Priscore sekvens fører til dannelsen af et Priscore/PV fusion polyprotein, som skal behandles gennem spaltning af PV viral proteinase 2apro ved krydset af Priscore*1a (Fig. 1) (28). Imidlertid er produktionen af kernesekvenskodede peptider, der er resultatet af translation af Kurstcore-sekvensen, ikke nødvendig for funktionen af HCV-irerne i P/H710-d17* (28). (I tidligere undersøgelser blev P/H710-d17 betegnet P/H701-2a, fordi det kimære genom indeholdt den HCV-specifikke sekvens fra nukleotider 18 til 710 af HCV-genomet . Nummereringen af HCV 5 ‘ikke-oversat region i dette papir er i overensstemmelse med nummereringen af HCV 5’ NTR i fuld længde .)
