Hvad er forskellen mellem et stof og en forbindelse i PubChem?

PubChem-brugere spørger undertiden om forskellen mellem et stof og en forbindelse. Spørgsmålet er ikke overraskende, da navnene “stof” og “forbindelse” alene ikke i sig selv formidler forskellen. I PubChem terminologi, et stof er en kemisk prøvebeskrivelse leveret af en enkelt kilde, og en forbindelse er en normaliseret kemisk strukturrepræsentation, der findes i et eller flere bidrog stoffer. Sondringen er vigtig, da PubChem er organiseret i tre separate databaser: forbindelse, stof og BioAssay. Diagrammet nedenfor forklarer forskellen, men lad os undersøge dette yderligere.

for at forstå de forskellige databaser i PubChem er det nyttigt at vide, hvor informationen kommer fra. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) er et åbent arkiv med kemiske stoffer og information om deres biologiske aktiviteter. Data leveres af hundredvis af bidragydere (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/kilder/), herunder udgivere, forskere, Kemiske Leverandører, farmaceutiske virksomheder og en række vigtige kemiske biologiske ressourcer. Hver af disse datakilder bidrager med en beskrivelse af kemiske stofprøver, som de har oplysninger om.

PubChem kalder disse community-forudsat prøvebeskrivelser “stoffer.”Hver post, der findes i PubChem Stofdatabasen (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance), indeholder oplysninger fra en individuel bidragyder om et bestemt kemisk stof. Stofregistre er uafhængige af hinanden. To forskellige stofregistre (fra samme eller forskellige udbydere) kunne give forskellige oplysninger om den samme kemiske struktur. For eksempel kan en stofrekord give information om aspirins biologiske rolle, mens en anden kan give information om en forskningskvalitetsprøve af aspirin. Stofdatabasen opretholder oprindelsen af oplysninger om kemiske stoffer i PubChem. Det hjælper brugerne med at se, hvem der leverede hvad. Som resultat, der kan være mange stofregistre om et givet molekyle, præsentere et problem for brugere, der er interesseret i en samlet visning af information om molekylet. Det er her PubChem Compound database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound) kommer i spil.

Compound-databasen er afledt af indholdet af den kemiske struktur, der findes i Stofdatabasen. Hvert kemikalie undersøges beregningsmæssigt med en række validerings-og normaliseringstrin. Denne proces resulterer i en normaliseret repræsentation af den kemiske struktur for et stof rekord. Kemiske stoffer i Stofdatabasen, der ikke er fuldstændigt beskrevet, eller som mislykkes normaliseringsprocedurer, er ikke inkluderet i sammensat database. De stoffer i Stofdatabasen, der passerer procedurer for normalisering af kemisk struktur, er knyttet til en “sammensat” – post i sammensat database. Hvis to stoffer henviser til den samme kemiske struktur, peger de på den samme forbindelse. Dette gør det muligt at aggregere data fra forskellige Stofdataudbydere gennem en fælles sammensat registrering. Men også at have separate stofregistre er stadig værdifuldt for brugere, som for eksempel kan være interesseret i oprindelsen af et stof eller en bestemt tilstand af kemikaliet (f.eks. en anden tautomerisk form). I det væsentlige er et primært formål med PubChem Compound database at give et “ikke-overflødigt” billede af det deponeringsbidragede kemiske strukturindhold, der er gemt i PubChem Substance database.

så for at besvare det spørgsmål, der blev stillet i begyndelsen, hvad er forskellen mellem et stof og en forbindelse? Et stof er en bidraget kemisk stofprøvebeskrivelse fra en bestemt PubChem-dataleverandør. En forbindelse er en normaliseret kemisk struktur repræsentation findes i en eller flere bidraget stof beskrivelser.

for at læse mere om dette emne, kan du overveje at udforske disse links:

• PubChem hjælp (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ hjælp.html # Pubchem_oversigt)
• PubChem Stof/forbindelse Resume Side hjælp (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).