identifikation og karakterisering af citrus gul vene clearing virus, et formodet nyt medlem af slægten Mandarivirus

molekylære træk og genomisk organisation blev bestemt for Citrus gul vene clearing virus (CYVCV), den formodede virale årsagsmiddel for gul vene clearing sygdom af citrontræer, rapporteret i Pakistan, Indien og for nylig i Tyrkiet og Kina. CYVCV isolat Y1 fra Adana, Tyrkiet, blev brugt til dyb sekventeringsanalyse af de virusinducerede små RNA-fraktioner og til mekanisk podning og graft af urteagtige og citrusindikatorplanter. Et polyklonalt antiserum blev udviklet fra CYVCV-Y1 oprenset fra Phaseolus vulgaris og anvendt i vestlige blot-analyser til at karakterisere coat-proteinet fra CYVCV-Y1 og bestemme dets serologiske forhold til beslægtede vira. Contigs samlet fra Illumina sekventerede korte læsninger blev brugt til at konstruere hele genomet af Citrus gul vene clearing virus (CYVCV), bestående af en positiv-sense RNA af 7.529 nukleotider og indeholdende seks forudsagte åbne læserammer. CYVCV-genomets organisation og størrelse lignede fleksivirussernes, og søgning efter sekvenshomologier afslørede, at Indisk citrus ringspot virus (ICRSV) (Mandarivirus, Alfafleksiviridae) er den mest nært beslægtede virus. CYVCV havde imidlertid en samlet nukleotidsekvensidentitet på 74% med ICRSV. Selvom de to vira var ens med hensyn til genomorganisation, virale partikler, og urteagtig værtsområde, cyvcv forårsagede forskellige symptomer i citrus og var serologisk forskellig fra ICRSV. Primerpar blev designet og brugt til at detektere virussen ved konventionel og kvantitativ omvendt transkriptions-polymerasekædereaktion på gul vene, der rydder symptomatiske felttræer såvel som graft – og mekanisk inokulerede værtsplanter. Samlet antyder disse data, at CYVCV er årsagsmidlet til gul vene-clearing sygdom og repræsenterer en ny art i slægten Mandarivirus.