Kromosomkonformationsfangst

introduktion

Kromosomkonformationsfangst (3C) er en teknik, der bruges til at detektere den rumlige organisering af kromosomalt DNA i faste celler. DNA-sekvenser i rumlig nærhed i kernen eller involveret i fysiske interaktioner (såsom dem mellem gener og regulatoriske elementer) kan vurderes kvantitativt for at tilvejebringe et mål, der potentielt afspejler deres associeringsfrekvens og/eller deres nærhed. 3C kan bruges til at studere langtrækkende interaktioner mellem DNA-sekvenser på det samme kromosom (intrachromosomal) eller mellem forskellige kromosomer (interchromosomal). Kort sagt er kromatinfragmenter i nærheden fikseret med formaldehyd efterfulgt af fordøjelse med restriktion, nuklear lysis, fortynding af de tværbundne komplekser og intramolekylær ligering. Tværbindingerne fjernes efterfølgende, og DNA ‘ et renses. Polymerasekædereaktion (PCR) bruges derefter til at amplificere DNA-fragmenter indeholdende nye ligeringskryds ved hjælp af primere, der er specifikke for et par DNA-sekvenser, der undersøges. Her beskriver vi en detaljeret 3C-protokol og eksperimentelle kontroller, der kan anvendes til at undersøge den nukleare sammenstilling af to genomiske regioner, i cis eller trans.