Secuencia completa del genoma de Collinsella aerofaciens Aislada del Intestino de un Sujeto indio Sano | Jiotower

ANUNCIO DEL genoma

La bacteria Collinsella aerofaciens es bien conocida por su capacidad para fermentar una variedad de carbohidratos de origen vegetal y animal y para producir H2, etanol, ácidos grasos de cadena corta y lactato en el colon humano (1). C. aerofaciens es el principal utilizador de lactosa en el colon humano. Varios estudios demostraron que Collinsella y Bifidobacterium pueden modificar los ácidos biliares del huésped para modular la virulencia y la patogenicidad de los patógenos entéricos (2). Recientemente, se informó que una abundancia alterada de Collinsella también puede influir en los niveles de colesterol plasmático del huésped (3). Para comprender la importancia de C. aerofaciens en la salud y la enfermedad, es importante explorar su repertorio genómico e identificar las funciones que potencialmente influyen en la fisiología del huésped.

En el presente estudio, C. la cepa indica de aerofaciens se aisló de una muestra fecal de un sujeto indio adulto sano. Se resuspendió una muestra fecal de aproximadamente 500 mg en 1 ml de solución salina tamponada con fosfato (PBS), se diluyó en serie en el mismo tampón y se plateó en una placa de agar de soja tripticasa previa a la reducción (pH 7,3) complementada con sangre desfibrinada de oveja al 5% (vol/vol). Las células bacterianas se extendieron sobre la superficie de las placas utilizando cuatro o cinco perlas de vidrio (3,00 mm). Las placas se incubaron durante 48 h a 37°C en una estación de trabajo anaeróbica (Whitley DG250) llena de 80% de N2, 10% de CO2 y 10% de H2. Una sola colonia de C. aerofaciens se cultivó en 5 ml de caldo de soja triptico (TSB) durante 48 h. El crecimiento de las células en TSB se monitoreó mediante espectrofotómetro. Se recolectaron células C. aerofaciens de 2 ml de cultivo por centrifugación (8.000 × g durante 3 min) y se extrajo el ADN genómico por el método THSTI (4).

La secuenciación del genoma completo de C. aerofaciens se llevó a cabo utilizando 2 plataformas de secuenciación de ADN diferentes, las de Illumina (sistema HiSeq 2500) y Oxford Nanopore Technologies (MinION). La herramienta SPAdes se utilizó para ensamblar lecturas de nanoporos largos corregidas por error y lecturas de Illumina, lo que generó un solo contig. La secuencia completa del genoma ensamblada de C. aerofaciens se evaluó mediante secuenciación de Sanger. El genoma completo de la cepa indica de C. aerofaciens tiene una longitud de 2.306.349 pb, con un contenido de GC del 60,1%.

El análisis de la secuencia genómica de 2,30 Mb de C. aerofaciens identificó 1.995 genes, incluidos 75 genes codificadores de ARN. El genoma tiene 276 subsistemas y está enriquecido con funciones metabólicas de proteínas (231 marcos de lectura abiertos ), carbohidratos (226 ORF), aminoácidos (200 ORF), cofactores y vitaminas (102 ORF). El genoma de C. aerofaciens también está enriquecido con funciones metabólicas de ácidos grasos, lípidos e isoprenoides (56 ORF). Sin embargo, el genoma de C. aerofaciens tiene varios genes de resistencia a antibióticos, como β-lactamasa, resistencia a tetraciclinas y funciones de protección de ribosomas, y bombas de flujo de resistencia a múltiples fármacos, pero no se detectó ningún gen para la subcategoría de virulencia, patogenicidad y desarrollo de enfermedades. La secuencia completa del genoma de la cepa indica de C. aerofaciens contribuirá a una mejor comprensión de la biología del comensal y la base molecular de su dominio en el intestino de sujetos indios.