Capture de conformation chromosomique
INTRODUCTION
La capture de conformation chromosomique (3C) est une technique utilisée pour détecter l’organisation spatiale de l’ADN chromosomique dans les cellules fixes. Les séquences d’ADN à proximité spatiale dans le noyau ou engagées dans des interactions physiques (telles que celles entre gènes et éléments régulateurs) peuvent être évaluées quantitativement pour fournir une mesure qui reflète potentiellement leur fréquence d’association et / ou leur proximité. 3C peut être utilisé pour étudier les interactions à longue distance entre des séquences d’ADN sur le même chromosome (intrachromosomique) ou entre des chromosomes différents (interchromosomiques). Brièvement, les fragments de chromatine à proximité sont fixés avec du formaldéhyde, suivis d’une digestion avec des enzymes de restriction, d’une lyse nucléaire, d’une dilution des complexes réticulés et d’une ligature intramoléculaire. Les réticulations sont ensuite éliminées et l’ADN est purifié. La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est ensuite utilisée pour amplifier des fragments d’ADN contenant de nouvelles jonctions de ligature à l’aide d’amorces spécifiques à une paire de séquences d’ADN à l’étude. Nous décrivons ici un protocole 3C détaillé et des contrôles expérimentaux qui peuvent être appliqués pour étudier la juxtaposition nucléaire de deux régions génomiques quelconques, en cis ou en trans.
