Changement de conformation

De nombreuses techniques biophysiques telles que la cristallographie, la RMN, la résonance paramagnétique électronique (RPE) utilisant des techniques d’étiquette de spin, le dichroïsme circulaire (CD), l’échange d’hydrogène et le FRET peuvent être utilisées pour étudier le changement de conformation macromoléculaire. L’interférométrie à double polarisation est une technique de paillasse capable de mesurer les changements conformationnels des biomolécules en temps réel à très haute résolution.

Une technique optique non linéaire spécifique appelée génération de second harmonique (SHG) a récemment été appliquée à l’étude du changement conformationnel des protéines. Dans ce procédé, une sonde active de deuxième harmonique est placée sur un site qui subit un mouvement dans la protéine par mutagenèse ou fixation non spécifique au site, et la protéine est adsorbée ou spécifiquement immobilisée sur une surface. Un changement de conformation protéique produit un changement de l’orientation nette du colorant par rapport au plan de surface et donc de l’intensité du second faisceau harmonique. Dans un échantillon de protéine avec une orientation bien définie, l’angle d’inclinaison de la sonde peut être déterminé quantitativement, dans l’espace réel et en temps réel. Les acides aminés non naturels actifs de seconde harmonique peuvent également être utilisés comme sondes.

Une autre méthode applique des biosurfaces électrocommutables où des protéines sont placées au-dessus de molécules d’ADN courtes qui sont ensuite traînées dans une solution tampon par application de potentiels électriques alternatifs. En mesurant leur vitesse qui dépend finalement de leur frottement hydrodynamique, les changements conformationnels peuvent être visualisés.