Chromobacterium violaceum Septicémie et infection des voies urinaires: Rapports de cas d’un hôpital de soins tertiaires du Sud de l’Inde

Résumé

Chromobacterium violaceum est un bacille à gram négatif oxydase positif qui provoque rarement des infections humaines. C’est un habitant normal du sol et de l’eau stagnante des zones tropicales et subtropicales. Chez l’homme, il peut provoquer des infections allant de la septicémie mortelle avec abcès métastatiques aux infections cutanées et aux infections des voies urinaires. L’organisme est notoirement résistant à la plupart des céphalosporines et à l’ampicilline. Les fluoroquinolones et les aminoglycosides présentent une bonne sensibilité in vitro. Les taux de mortalité élevés associés à ces infections nécessitent un diagnostic rapide et un traitement antimicrobien approprié. Nous présentons ici trois cas d’infection à Chromobacterium violaceum du Collège médical gouvernemental de Kozhikode, au Kerala.

1. Introduction

Chromobacterium violaceum est un bacille à gram négatif, mobile et oxydase positive qui est sensible à la température et largement distribué dans les milieux aquatiques naturels. Il pousse facilement sur des milieux ordinaires comme la gélose au sang, la gélose MacConkey et la gélose nutritive produisant un pigment antioxydant violet connu sous le nom de violacéine. Les infections humaines par cet organisme, bien que rares, peuvent entraîner une infection systémique sévère en pénétrant dans la circulation sanguine via une plaie ouverte. La progression rapide vers la septicémie avec abcès métastatiques et la multirésistance aux médicaments sont des caractéristiques frappantes des infections à Chromobacterium violaceum. Le microorganisme, que l’on pensait auparavant confiné à la zone géographique située entre les latitudes 35 ° N et 35 ° S, pourrait étendre son habitat au-delà de cette aire de répartition en raison des effets du réchauffement climatique. Fait intéressant, le monobactam Aztréonam a d’abord été décrit comme un produit métabolique naturel de cette bactérie.

2. Cas 1 (Septicémie)

Un enfant de sexe masculin de 11 mois a été référé à notre hôpital avec des plaintes de fièvre de haut grade d’une durée de 5 jours, de selles molles et de détresse respiratoire. La fièvre a été précédée d’une cellulite de la joue droite et d’une adénite cervicale et préauriculaire. On lui a injecté du Céfotaxime au moment du renvoi. À l’admission, l’enfant était fébrile avec pâleur, hypertrophie des ganglions lymphatiques cervicaux et hépatosplénomégalie. Une analyse de sang (tableau 1) a révélé une anémie. Un frottis périphérique a révélé une anémie hypochrome microcytaire sévère avec neutropénie. Le frottis pour l’examen du parasite du paludisme était négatif. L’examen aux rayons X a montré de multiples opacités inégales dans les poumons. Un diagnostic provisoire de bronchopneumonie avec malignité lymphoréticulaire a été posé et l’enfant a été soumis empiriquement à une injection de Céfotaxime de 350 mg IV Q8H, à une injection d’ampicilline de 350 mg IV Q6H, à une injection de vancomycine de 140 mg IV Q18H et à une injection d’Oseltamivir de 30 mg BD par voie orale avec d’autres mesures de soutien. Le deuxième jour après l’admission, l’état du patient s’est aggravé et il a reçu des transfusions de plasma frais congelé et de cellules emballées. Malgré un traitement intensif, le patient a succombé à la mort 48 heures après son admission.

Une hémoculture a été envoyée à l’admission dans un bouillon d’infusion du cœur cérébral qui a été incubé à 37 °C. Des sous-cultures ont été faites sur gélose sanguine, sur gélose MacConkey, puis sur gélose nutritive qui ont montré de nombreuses colonies avec une pigmentation violet foncé (Figure 1). L’organisme était gram négatif, motile, catalase positive et oxydase positive. L’essai de la réaction d’oxydase par la méthode populaire de Kovacs où la croissance bactérienne est étalée sur un papier filtre imprégné d’une solution aqueuse à 1% de dichlorhydrate de tétra méthyle p-phénylène diamine présentait un problème car l’organisme avait une pigmentation violette. Par conséquent, la réaction d’oxydase a été testée par la méthode décrite par Dhar et Johnson. L’organisme a été identifié comme Chromobacterium violaceum sur la base de caractéristiques biochimiques et de la production de pigments. Il a également été confirmé par la version du système Vitek-2: 07.01 (bioMérieux, France) en utilisant une carte à gram négatif. L’antibiogramme a été réalisé par la technique de test de sensibilité à la diffusion de disques de Kirby Bauer (figures 2 et 3) et la méthode de concentration minimale inhibitrice (CIM). Les résultats ont été interprétés conformément aux lignes directrices du Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) pour les autres non entérobactéries. Comme l’isolat était résistant à l’ampicilline et intermédiaire sensible au Céfotaxime (tableau 2), avant de recevoir le traitement antibiotique approprié, l’état du patient s’est détérioré et a développé une septicémie mortelle.

Figure 1

colonies β-hémolytiques sur gélose sanguine.

Figure 2

Méthode de diffusion du disque de Kirby Bauer.

Figure 3

Méthode de diffusion du disque de Kirby Bauer.

3. Cas 2

Un enfant de sexe masculin de 2,5 ans présentait un gonflement douloureux du cuir chevelu et une fièvre d’une durée de 1 semaine. Il avait la maladie de Kawasaki à l’âge de 7 mois, la rougeole à l’âge de 1,5 ans et des épisodes récurrents de selles molles au cours du dernier mois. L’examen échographique du gonflement du cuir chevelu l’a signalé comme “un abcès pyémique sur le cuir chevelu avec invasion sous-jacente des deux os pariétaux s’étendant jusqu’à l’espace extradural à travers la fontanelle antérieure.”Le patient a d’abord été traité par amoxicilline orale + acide clavulanique et a ensuite été remplacé par une injection d’ampicilline et une injection de cloxacilline.

Un échantillon d’hémoculture a été envoyé dans un bouillon de perfusion cardiaque cérébral au laboratoire qui a été incubé à 37 °C. Puis par sous-culture sur gélose sanguine, sur gélose MacConkey, puis sur gélose nutritive, des colonies de couleur violet foncé ont été cultivées sur les trois plaques après une incubation d’une nuit à 37 ° C. L’organisme a été identifié biochimiquement comme Chromobacterium violaceum. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens ont montré une résistance à l’ampicilline et une sensibilité aux fluoroquinolones et aux aminoglycosides. La culture du liquide céphalo-rachidien n’a donné aucune croissance.

Le patient a évolué vers une détresse respiratoire, une hypotension et un choc et a finalement expiré dans les 48 heures suivant son admission avant que les résultats des tests de sensibilité aux antibiotiques ne soient connus.

4. Cas 3

Une écolière de 12 ans s’est présentée au service de consultation externe avec des antécédents de dysurie intermittente avec fièvre et frissons d’une durée de 1 semaine. Il n’y avait aucun antécédent d’autre maladie concomitante. Le patient a donné des antécédents de baignade dans un étang à l’occasion. Au cours des trois dernières années, elle a eu des épisodes récurrents d’infection des voies urinaires. Un examen urinaire de routine a montré 10 à 12 cellules de pus par champ de puissance élevée ainsi que des bactéries. L’échographie de l’abdomen a révélé un léger épaississement de la paroi de la vessie avec des échos internes. L’examen sanguin de routine était dans les limites normales.

Un échantillon d’urine à mi-parcours a été obtenu pour la culture en bouteille stérile après avoir suivi les précautions standard et a été inoculé sur gélose sanguine et gélose MacConkey. Après une incubation aérobie nocturne à 37°C, des colonies de couleur violet foncé ont été observées sur gélose au sang. Les caractéristiques des tests biochimiques concordaient avec l’identification de Chromobacterium violaceum. L’isolat était résistant à l’ampicilline et aux céphalosporines et sensible aux fluoroquinolones et aux aminoglycosides.

Le patient a commencé empiriquement à prendre du céfixime oral à 200 mg BD. Nous avons reçu un autre échantillon d’urine pour la culture après 5 jours au moment de l’examen, ce qui a donné le même organisme avec un profil de sensibilité aux antibiotiques similaire. Le résultat a de nouveau été informé au clinicien et l’importance de changer l’antibiotique en fluoroquinolone a été soulignée. Par la suite, le patient a reçu de la Ciprofloxacine orale de 500 mg de BD pendant 7 jours. Une troisième culture d’urine réalisée lors de la prochaine visite à l’hôpital une semaine plus tard n’a détecté aucune bactériurie.

5. Discussion

La rareté des rapports d’infections humaines par Chromobacterium violaceum est étonnante étant donné la facilité décrite avec laquelle la bactérie est récupérée dans le sol et les plans d’eau stagnants des régions tropicales et subtropicales. L’organisme a une préférence de croissance pour des températures comprises entre 20 °C et 37°C. Le sol humide et l’eau stagnante ou à écoulement lent ont été les sources d’infection les plus fréquemment rapportées, en particulier chez les patients ayant subi des blessures ou des traumatismes cutanés, ce qui constitue vraisemblablement une porte d’entrée pour cet agent pathogène. Il n’y a aucune prédilection pour l’âge ou le sexe rapportée dans la littérature et le seul processus de maladie prédisposante établi a été la maladie granulomateuse chronique. L’identification de cet organisme dépend principalement des caractéristiques biochimiques. Une méthode de détection utilisant la réaction en chaîne de la polymérase multiplex a été décrite par Scholz et ses collègues qui est encore largement confinée au domaine de la recherche et n’est pas disponible dans le commerce.

Les manifestations cliniques des infections à C. violaceum sont protéiformes. Elle a été associée à une pneumonie, des infections du tractus gastro-intestinal, des infections des voies urinaires, des lésions cutanées localisées, des abcès localisés ou métastatiques, une ostéomyélite, une méningite, une péritonite, un abcès cérébral, une endocardite, un syndrome hémophagocytaire, un syndrome de détresse respiratoire et une septicémie fulminante. Le génome de cette bactérie a récemment été entièrement séquencé, fournissant une plate-forme pour des études détaillées de ses activités antivirales et bactéricides, de sa cytotoxicité et de ses mécanismes de résistance aux médicaments. Les souches virulentes de C. violaceum ont des niveaux élevés de superoxyde dismutase et de catalase qui peuvent protéger le microorganisme contre les attaques phagocytaires chez l’homme. Cela pourrait expliquer sa pathogénicité et sa fatalité dans les infections humaines. La production de pigments n’est pas un marqueur de pathogénicité, car des souches non pigmentées ont également été signalées pour causer des infections.

Les données sur les profils de sensibilité aux antimicrobiens de Chromobacterium violaceum sont très limitées en raison de la rareté de l’isolement des échantillons cliniques. La plupart des souches présentent une résistance aux pénicillines et autres antibiotiques bêta-lactamines et, en effet, un niveau accru d’activité bêta-lactamase a été rapporté dans cet organisme. La ciprofloxacine est l’antibiotique in vitro le plus efficace. Il est également sensible à la gentamicine et à l’amikacine. Dans les trois cas décrits ci-dessus, les patients étaient principalement sous antimicrobiens bêta-lactamines, ce qui explique les cas mortels dans les deux premiers. Dans le cas de l’infection des voies urinaires, l’antibiotique n’a été changé de céphalosporine de 3e génération en Ciprofloxacine qu’après le deuxième rapport de culture positif. Le patient est devenu asymptomatique suite au changement d’antibiotique.

Par conséquent, dans les régions tropicales et subtropicales, l’infection par Chromobacterium violaceum devrait être l’un des diagnostics différentiels de septicémie, surtout si elle est précédée d’une infection cutanée ou d’une cellulite. En outre, il peut présenter des infections plus légères comme les infections urinaires, comme décrit dans le troisième cas. Le schéma de résistance inhérent à cet organisme doit être pris en compte lors de l’instauration d’une antibiothérapie empirique.

6. Conclusion

Chromobacterium violaceum est facilement isolée des milieux aquatiques naturels des régions tropicales et subtropicales. Le schéma de répartition géographique traditionnel de cet organisme est appelé à changer en raison de l’évolution des conditions climatiques mondiales. Les infections humaines par cet agent pathogène, bien que rares, entraînent souvent un taux de mortalité élevé. Un diagnostic rapide et l’utilisation d’antimicrobiens optimaux pour le traitement pourraient sauver des vies. L’introduction commerciale d’une méthode de diagnostic rapide et économique est le besoin de l’heure. Le manque de sensibilisation des cliniciens à la pathogenèse et au profil de résistance aux antimicrobiens de cette bactérie est un défi à relever.

Intérêts concurrents

Les auteurs déclarent qu’il n’y a pas de conflit d’intérêts concernant la publication de cet article.