Format de sortie
Sur la page de résultats, pour chaque séquence de requête, le nom, la longueur et le score de sortie réseau sur lequel l’affectation cTP / non-cTP est basée seront présentés. Plus le score est élevé, plus le réseau est certain que cette séquence contient un peptide de transit chloroplastique N-terminal (cTP).Une longueur potentielle de cTP sera également présentée, ainsi que le score de site de drainage correspondant. Veuillez noter que la prédiction de la longueur du transitpeptide est effectuée même si sa présence n’est pas prédite.Le but est de fournir une information maximale dans les cas limites.
Si “Sortie détaillée” est choisie, le score du réseau neuronal pour chaque résolution sera également présenté. Plus ce score est élevé, plus il est certainle réseau que ce résidu fait partie d’un cTP. Un dérivé du networkscore est également présenté. Ce score est utilisé pour trouver la zone dans laquelle le site de drainage est recherché – à savoir parmi les 40 résidus entourant le résidu avec le score dérivé le plus élevé. Enfin, le score de site de clivage (CS-score) est présenté pour chaque résidu. Ce score est calculé à partir d’une matrice de codage dérivée d’un algorithme de recherche automatique de motifs appelé MEME. Le score de clivage est défini de telle sorte que le site de clivage prédit soit directement terminal du résidu de score le plus élevé parmi les 40 résidus. Ainsi, il existe peut-être un ou plusieurs scores CS qui se trouvent être supérieurs au score de la longueur de cTP proposée, mais comme ils sont situés en dehors des 40residues autour du score dérivé le plus élevé, la longueur de cTP présentée est toujours ce que ChloroP considère comme la longueur de préséquence la plus probable (ie. correspondant au site de clivage le plus probable).
