Identification et caractérisation du virus de la clairière des veines jaunes des agrumes, un nouveau membre putatif du genre Mandarivirus
Les caractéristiques moléculaires et l’organisation génomique ont été déterminées pour le virus de la clairière des veines jaunes des agrumes (CYVCV), l’agent causal viral présumé de la maladie de la clairière des veines jaunes des citronniers, signalé au Pakistan, en Inde et plus récemment en Turquie et en Chine. L’isolat CYVCV Y1 d’Adana, en Turquie, a été utilisé pour l’analyse par séquençage en profondeur des petites fractions d’ARN induites par le virus et pour l’inoculation mécanique et greffée de plantes indicatrices herbacées et d’agrumes. Un antisérum polyclonal a été développé à partir de CYVCV-Y1 purifié à partir de Phaseolus vulgaris et utilisé dans des tests de western blot pour caractériser la protéine de pelage de CYVCV-Y1 et déterminer sa relation sérologique avec des virus apparentés. Des contigs assemblés à partir des lectures courtes séquencées Illumina ont été utilisés pour construire le génome entier du virus de la clairière des veines jaunes d’agrumes (CYVCV), constitué d’un ARN de sens positif de 7 529 nucléotides et contenant six cadres de lecture ouverts prédits. L’organisation et la taille du génome du CYVCV ressemblaient à celles des flexivirus, et la recherche d’homologies de séquence a révélé que le virus des taches annulaires des agrumes indiens (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) est le virus le plus étroitement apparenté. Cependant, CYVCV avait une identité de séquence nucléotidique globale de ≈74% avec ICRSV. Bien que les deux virus étaient similaires en ce qui concerne l’organisation du génome, les particules virales et la gamme d’hôtes herbacés, le CYVCV causait des symptômes différents chez les agrumes et était sérologiquement distinct de l’ICRSV. Des paires d’amorces ont été conçues et utilisées pour détecter le virus par transcription inverse conventionnelle et quantitative – réaction en chaîne de la polymérase sur des arbres symptomatiques de clairière de veines jaunes ainsi que sur des plantes hôtes greffées et inoculées mécaniquement. Collectivement, ces données suggèrent que le CYVCV est l’agent causal de la maladie du nettoyage des veines jaunes et représente une nouvelle espèce du genre Mandarivirus.
