Identification, prévalence et pathogénicité des espèces de Colletotrichum responsables de l’anthracnose de Capsicum annuum en Asie

Les observations morphologiques et les données phylogénétiques des espèces de conidies droites ont clairement identifié trois nouvelles espèces, deux d’Indonésie et une de Taiwan. Des descriptions morphologiques détaillées sont fournies ci-dessous pour toutes les espèces de Colletotrichum associées à l’anthracnose du piment (tableau 4).

Colletotrichum javanense D.D. De Silva, P.W. Crous & P.W.J. Taylor, sp. nov. Mycobanque MB826936.

Figure 6 Étymologie: Nommé d’après Java, l’île d’Indonésie où l’espèce a été collectée.

Diagnostic: Colletotrichum javanense diffère de C. brisbanense en formant des chlamydospores distinctes et des conidiomes acervulaires sur tous les milieux testés. En revanche, C. brisbanense n’a produit que des Conidiomata sur la tige d’Anthriscus, mais aucune cellule basale n’a été observée. De plus, C. javanense croît plus rapidement que C. brisbanense (C. javanense sur OA, MEA et SNA 60, 55 et 66 mm de diamètre en 7 d, respectivement, C. brisbanense sur OA et SNA 18,5, 20 mm de diamètre en 7 d, respectivement). Colletotrichum javanense est phylogénétiquement distinct de C. brisbanense avec les deux espèces étant différentes dans les séquences de chs-1, et plus efficacement avec gapdh (différence de 7 pb) et his3 (différence de 4 pb).

Type: Indonésie: Java occidental, régence de Purwakata, sur le fruit de Capsicum annuum, Déc. 2014, F. Fitriyah (CBS H-144963 – holotype; CBS 144963 = UOM 1115 = cultures de type EWINDO 3-ex).

Description: Morphologie sexuelle non observée. Morph asexué sur PDA. Mycélium végétatif 1-5 µm diam, hyalin, à paroi lisse, cloisonné, hyphes ramifiés. Chlamydospores globuleuses ou allongées, brun pâle, à paroi lisse, 5-25 × 3-8 µm. Conidiomata acervulaire, soies non observées. Conidiophores hyalins, cloisonnés, ramifiés. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques ou ampulliformes, 7-17,5 µm, apex 1-3 µm diam. Conidies hyalines, aseptées, à parois lisses, pour la plupart fusiformes, une extrémité arrondie, l’autre extrémité aiguë ou les deux extrémités aiguës (11.5–)13.5–14(− 16) × (2.5–) 4(− 4.5) µm. Conidies de couleur jaune à orange. Appressoria unique ou en groupes lâches, brun moyen, à parois lisses, subglobeuses ou elliptiques, à marge entière ou ondulée, (6–)8(− 11.5) × (4–)6(− 7.5) µm.

Morphologie asexuée sur le SCN. Mycélium végétatif de 1 à 7 µm de diamètre, hyalin, à paroi lisse, cloisonné, hyphes ramifiés. Chlamydospores globuleuses ou allongées, brun pâle, à paroi lisse, 4,5-28 × 4-8 µm. Conidiomata acervulaire, soies non observées. Conidiophores hyalins, cloisonnés, ramifiés, de 20 à 35 µm de long. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques ou ampulliformes, 5-20 µm, apex, 1-3 µm diam. Conidies hyalines, aseptées, à paroi lisse, cylindriques avec les deux extrémités aiguës ou une extrémité ronde et une extrémité aiguë, (13.5–)16.5(− 24) × (2.5–) 3(− 4.5) µm. Conidies en masse de couleur jaune à orange.

Caractéristiques de la culture: Colonies sur PDA de 48 à 54 mm diam en 7 jours (6,5 à 7,5 mm / j), plates avec une marge entière; surface couverte de mycélium aérien court gris à vert olive, marge blanche à gris clair, revers principalement blanchâtre crème, gris olivacé à noir au centre. Conidiomes acervulaires jaunes à orangés. Les colonies de SNA étaient de 60-66 mm de diamètre en 7 jours (8-9,5 mm/j), plates avec une marge entière, hyalines à brun pâle, la surface couverte d’un court mycélium aérien gris, les mêmes couleurs inversées. Conidiomes acervulaires orange au centre de la culture. Les colonies sur OA étaient de 55 à 60 mm de diamètre en 7 jours (7,8 à 8,5 mm / j), plates avec une marge entière; surface couverte de mycélium aérien court crème à gris, marge blanche, revers principalement orange clair, avec des pigments bruns. Conidiomes acervulaires orange. Colonies sur la surface du mycélium aérien court gris pâle, orange clair inversé.

Notes: La correspondance la plus proche dans une recherche blastn avec la séquence gapdh était GenBank JQ948617, souche de C. sloanei IMI 364297 avec 98% d’identité (différences de 4 pb), tandis que les correspondances les plus proches avec la séquence his3 avec 99% d’identité (différences de 2 pb) étaient GenBank JQ949279 C. souche indonésienne CBS 127551 et isolat de GenBank KJ947248 C. guajavae OBP19.

Colletotrichum makassarense D.D. De Silva, P.W. Crous & P.W.J. Taylor, sp. nov. Mycobanque MB827691.

Figure 7 Étymologie: Nommé d’après Makassar, la ville de Sulawesi du Sud, en Indonésie, où l’espèce a été collectée.

Diagnostic: Colletotrichum makassarense est phylogénétiquement étroitement apparenté à C. tropicale. Les données de séquence de ITS n’ont pas pu séparer les deux espèces, mais elles peuvent être distinguées par tous les autres gènes testés et en utilisant le plus efficacement possible les données de séquence ApMat (différences de 22 pb) et gs (différences de 18 pb).

Type: Indonésie: Makassar, de la lésion des fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (CBS H-143664 – holotype; CBS 143664 = cultures de type CPC 28612-ex).

Description: Morphologie sexuelle non observée. Morphologie asexuée sur OA. Mycélium végétatif constitué d’hyphes branchés hyalins, à paroi lisse, cloisonnés, de 2 à 3 µm de diamètre. Chlamydospores non observées. Soies présentes, brun moyen, 40-55 × 3-5 µm, 2-3-cloisonnées, à apex effilé à aigu. Conidiomata acervulaire, 100-200 µm de diamètre, avec des masses conidiales orange. Conidiophores subcylindriques, flexueux, 1-4 cloisonnés, hyalins, lisses, ramifiés, 15-45 × 3-4 µm. Cellules conidiogènes subcylindriques, hyalines, lisses, phialidiques avec épaississement périclinal, 7-25 × 3-4 µm. Conidies hyalines, lisses, aseptées, subcylindriques, droites, apex obtus, s’effilant à la base à un hile tronqué saillant, diam de 1 µm, guttulées bien en évidence, (11–)13-15(− 17) × (4–)4.5–5 µm. Appressoria solitaire, brun moyen, à parois lisses, subglobeuses, ellipsoïdales à obovales, à marge entière, (6–)8.0(− 10.5) × (4–)3.5(− 8.5) µm.

Caractéristiques de la culture: Colonies sur PDA 45 mm diam après 7 jours (6,5 mm/j), colonies plates, avec un mycélium aérien modéré, à la surface OA gris fumé. Sur la surface du PDA gris fumé, gris olivacé inversé. Sur une surface blanche sale, ocre inverse.

Notes: La correspondance la plus proche dans une recherche blastn avec la séquence ApMat était GenBank KU923732, souche AUS22 de C. queenslandicum avec une identité de 98% (différences de 16 pb), tandis que la correspondance la plus proche avec la séquence gs avec une identité de 99% (différences de 7 pb) était GenBank KJ947286 isolat de C. siamense OBP24. Les meilleures correspondances avec la séquence gapdh étaient GenBank KX578784 C. siamense (identité à 99%, différences de 3 pb) et GenBank KU221347 C. queenslandicum (identité à 99%, différences de 3 pb).

Colletotrichum tainanense D.D. De Silva, P.W. Crous & P.W.J. Taylor, sp. nov. Mycobanque MB827692.

Figure 8 Étymologie: Nommé d’après Tainan, la ville de Taiwan où l’espèce a été collectée.

Diagnostic: Colletotrichum tainanense diffère de son voisin phylogénétique le plus proche C. salsolae dans les caractéristiques de culture sur PDA, mycélium aérien clairsemé et mycélium de surface gris souris pâle, tandis que C. salsolae produit une couche de structures ressemblant à des acervules avec des masses conidiales brun orangé foncé et de nombreuses soies. Les deux espèces sont séparables en utilisant tous les gènes testés à l’exception de ITS et le plus efficacement avec les séquences gapdh (différence de 7 pb), tub2 (différence de 6 pb) et act (différence de 5 pb). Il n’y a qu’une seule différence de bp dans la séquence chs-1 entre les deux espèces.

Type: Taiwan: Tainan: sur le fruit de Capsicum annuum, Août. 2014, Z.M. Sheu (CBS H-143666 – holotype; CBS 143666 = CPC 30245 = UOM 1120 = Cultures de type Coll 1298-ex).

Description: Morphologie sexuelle non observée. Morph asexué sur PDA. Mycélium végétatif ramifié, hyalin, à paroi lisse, cloisonné, hyphes 2-3 µm diam, mélanisé avec le temps. Un seul conidiome trouvé sur une plaque de PDA, stérile sur SNA, MEA et OA. Chlamydospores et soies non observées. Conidiophores subcylindriques, flexueux, 1-2 cloisonnés, hyalins, lisses à brun pâle, ramifiés. Cellules conidiogènes subcylindriques, hyalines, lisses, phialidiques avec épaississement périclinal. Conidies hyalines, lisses, aseptées, subcylindriques à sous-clavées, droites ou légèrement incurvées, apex obtus, s’effilant à la base à un hile tronqué saillant, diam de 1,5 à 2 µm, guttulées bien en évidence, (16–)17-18(− 22) × (4.5–)5 µm. Appressoria simples ou en groupes lâches, souvent cylindriques étroits, brun moyen à foncé, souvent effilés vers l’apex, le bord entier ou ondulé parfois irrégulièrement lobé (6.5–)10.5(− 14.5) × (6–)5(− 9.5) µm.

Caractéristiques de la culture: Colonies sur PDA 45 mm diam après 7 jours (6,5 mm/j), colonies plates, avec un mycélium aérien modéré. Sur la surface OA gris souris pâle. Sur la surface du PDA gris souris pâle, gris souris inversé. Sur la surface MEA gris souris pâle, gris olivacé inversé.

Notes: La correspondance la plus proche dans une recherche blastn avec la séquence gapdh avec une identité à 99% (différence de 2 pb) était GenBank KC790761 Colletotrichum sp. souche MTCC 9664 alors que la plus proche correspondance avec la séquence act avec une identité à 99% (différence de 2 pb) était la souche GenBank KY995522 C. siamense LJDY1–2. La correspondance la plus étroite avec la séquence tub2 avec une identité de 99 % (différence de 7 pb) était la souche 31-B-1 de GenBank MF143931 C. siamense.

Colletotrichum endophyticum Manamgoda et al., Fung. Diversité 61:112 (2013); comme ‘endophytica’.

Description: Colonies sur PDA de 42 mm de diamètre après 7 jours (5,5 mm / j), mycélium aérien orange pâle à blanc; revers blanc pâle à orange et noir au centre et de nombreuses conidiomates orange dispersées sur la surface. Chlamydospores non observées. Conidiomata présents, conidiophores formés directement sur les hyphes. Soies présentes, modérément brunes, 47-95 × 3-6 µm, apex aigus 3-4 cloisonnés, effilés. Conidiophores hyalins, à parois lisses et non ramifiées. Cellules conidiogènes hyalines, à paroi lisse, aseptées, subcylindriques, 12-21 × 3-4 µm. Conidies hyalines, à paroi lisse, aseptées, droites, cylindriques à deux extrémités obtuses, (10.5–)12.5–13(− 14.5) × (3–)4.5–5(− 6.5) µm. Appressoria unique ou en groupes lâches, marron, légèrement lobé, (10.5–)12(− 15) × (3–)4.5(− 10) µm.

Notes : Colletotrichum endophyticum a d’abord été décrit comme un endophyte herbacé de Pennisetum purpureum du nord de la Thaïlande (Manamgoda et al. 2013). Plus tard, il a été signalé chez plusieurs autres espèces hôtes, dont Capsicum en Chine (Diao et al. 2017). La longueur des conidies de l’isolat de Thaïlande (UOM 1137) était légèrement plus courte que celle du type ex (LC0324) de C. endophyticum (conidies 13-19(− 21) × (3.5–)4.5–5.5 µm).

Matériel examiné: Thaïlande: Kanchanaburi: lésion de fruits de Capsicum annuum, 2010, P.W.J. Taylor & O. Mongkolporn (culture UOM 1137 = F5-2D).

Colletotrichum fructicola Prihast. et coll., Fung. Diversité 39:158 (2009).

Description: Colonies sur PDA de 65 mm de diamètre après 7 jours (8,5 à 11 mm/j), planes à bord entier, mycélium aérien dense, cotonneux, mycélium aérien gris pâle à blanc et nombreux stroma noirs dispersés sur la surface, gris au centre, blanc à la marge; vert grisâtre inversé. Chlamydospores non observées. Des soies acervulaires de Conidiomata ont été observées, brunes, à paroi lisse, 1-2 cloisonnées, longues de 60 µm, à apex aigu effilé. Conidiophores hyalins, cloisonnés, ramifiés. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques ou ampulliformes, 7-17,5 µm. Conidies hyalines, aseptées, à paroi lisse, cylindriques, aux deux extrémités obtuses, (10.5–)12.5–13(− 18.5) × (3–) 4–5.5(− 6.5). Appressoria non observé.

Notes: La morphologie sexuelle de ces isolats n’a pas été observée en culture. La longueur conidienne de l’isolat CPC 28644 était légèrement plus longue que celle du type ex (ICMP 18581 = BPD-I16) de C. fructicola (conidies 9,7–14 × 3-4,3 µm, x = 11,53 ± 1,03 × 3,55 ± 0,32 µm; Prihastuti et al. 2009).

Matériel examiné: Thaïlande: Chiang Mai: de la lésion des fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & O. Mongkolporn (cultures CPC 28644 et CPC 28645). Taiwan: Cyonglin, Hsinchu, de la lésion des fruits des fruits rouges matures de Capsicum sp. (poivron), 22 Avr. 2015, Z.M. Sheu (culture UOM 1139 = coll 1318); Nantou, Renai, à partir de lésion fruitière de fruits verts de Capsicum sp. (poivron), 4 sept. 2008, Z.M. Sheu & C. Wang (culture UOM 1138 = coll-853).

Colletotrichum karsti Vous L. Yang et al. Cryptogamie, Mycologie 32:241 (2011) ; sous le nom de ‘karstii’.

Description: Colonies sur PDA 65 mm diam après 7 jours (6,5–10.5 mm / j), plat à bord entier, mycélium aérien orange à blanc et nombreuses masses conidiennes orange dispersées sur la surface, blanc à la marge; revers jaune à orange. Chlamydospores non observées. Conidiomata acervulaires, des soies ont été observées, brunes, à paroi lisse, 2-4 cloisonnées, longues de 60 µm, base immergée, effilée vers l’apex, pointe principalement aiguë. Conidiophores hyalins, cloisonnés, ramifiés, (10.5–)12-38(− 47.5) × (3–)4-5.5(− 6.5) µm. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques ou ampulliformes, 7-15,5 µm. Conidies hyalines, aseptées, à paroi lisse, courtes, cylindriques, aux deux extrémités obtuses ou à une extrémité légèrement aiguë ou tronquée à la base, (11.5–)12.5–13(− 15.5) × (3–)4-5(− 6.5) µm. Appressoria unique ou en groupes lâches, brun, subglobeux, contour circulaire, 6-12,5 × 3,5–8 µm.

Notes : Les quatre isolats identifiés d’Indonésie dans le complexe de boninense ont produit des conidies courtes distinctes par rapport à la culture ex-épitype de C. karsti (14,5-17 × 5-6,5 µm; Yang et al. 2011). Cependant, une grande variabilité de la taille des conidies entre les différentes souches de C. les karsti ont été signalés par Damm et al. (2012a, 2012b) où les mesures de conidies de CBS 129833 étaient (11.5–)12.5–14(− 14.5) × (5–)5.5–6(− 6.5) µm, moyenne ± SD = 13,1 ± 0,7 × 5,8 ± 0,4 µm; et CBS 111998 avait une longueur de conidium allant jusqu’à 18,5 µm, rapport L / W = 2,8. Ces isolats n’ont pas formé de morphologie sexuelle en culture. Bien que ces quatre isolats forment un sous-clade entièrement supporté (100 % BS/1 PP) au sein de C. karsti, tous les arbres génétiques individuels (données non présentées) n’ont pas fourni de soutien significatif pour justifier l’introduction d’une espèce cryptique pour ces isolats.

Matériel examiné: Indonésie: Jeneponto, à partir de lésions de fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (cultures CPC 28553, CPC 28554); à partir de lésions fruitières de fruits rouges matures et de lésions pédonculaires de Capsicum sp. Jun. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (cultures CPC 28601, CPC 28602).

Colletotrichum plurivorum Damm et al., Goujon. Mycol. 92: 31 (2019).

Description : Colonies sur PDA 63 mm diam après 7 jours (8 mm/j), mycélium aérien gris à brun foncé; revers gris à brun clair avec au centre jaune-orangé avec d’abondantes conidiomates acervulaires qui suintent des masses conidiales orange pâle au centre, Chlamydospores non observées. Conidiomata présents (près du point d’inoculation), des conidiophores se sont formés directement sur les hyphes. Sclérotes présents. Les soies présentes, brun moyen, 94-125 × 4-6 µm, 1-4-cloisonnées, se rétrécissant vers les apex aigus, souvent avec une constriction à l’apex. Conidiophores hyalins à brun pâle, à paroi lisse, cloisonnés et ramifiés. Cellules conidiogènes hyalines, à paroi lisse, aseptées, subcylindriques, droites à légèrement incurvées, 26-48 × 3-4 µm, phialidiques, épaississement périclinal bien visible. Conidies hyalines, à paroi lisse, aseptées, droites, cylindriques à deux extrémités obtuses ou à une extrémité légèrement aiguë, (13.5–)14-16(− 18.5) × (4–)5(− 6.5) µm. Appressoria unique ou en groupes lâches, brun moyen, de forme irrégulière, contour crénelé ou lobé, (10.5–)12(− 23) × (3.5–)5.5(− 11.5) µm. Morphing sexuel sur PDA. Ascomata perithecia, formé après 2 semaines., solitaires, semi-immergés ou immergés dans le milieu gélosé, non stromatiques, subsphériques à ovoïdes, ostiolés, glabres, brun moyen, 96-130 × 160-200 µm. Péridium de 10 à 12,5 µm d’épaisseur, composé de cellules angulaires aplaties brun pâle à brun moyen de 3,5 à 10 µm de diamètre. Hyphes hyènes ascogènes, à paroi lisse, délicats, rarement visibles. Tissu interascal non observé. Asci unitunicate, 8 spores, cylindrique, effilé à l’apex et à la base, à paroi lisse, 51-65 × 9,5-13 µm, la base tronquée. Ascospores disposées en bisériade, aseptées, hyalines, à parois lisses, fusiformes, légèrement incurvées, base arrondie, apex aigu ou arrondi, (13.5–)15-18(− 22) × 5-6(− 6.5) µm,

Notes : La longueur conidienne des isolats examinés (CPC 28638, CPC 28639) était variable et se situait dans la plage de l’isolat de type ex (CBS 125474) de C. plurivorum (15-17 × 5,5 µm; Damm et al. 2019).

Matériel examiné: Thaïlande: Chiang Rai, à partir de lésions foliaires de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor (cultures CPC 28638 et CPC 28639); Bangkok, restaurant dans la région de Phaya Thai, tissu infecté de Capsicum sp. Jun. 2015, P.W.J. Taylor (culture UOM 1004).

Colletotrichum scovillei Damm et al., Goujon. Mycol. 73: 100 (2012).

Description: Colonies sur PDA de 20-38 mm de diamètre après 7 jours (5-6,2 mm/j), plates avec une marge entière; surface couverte d’un court mycélium aérien rose clair à orange, devenant gris avec le temps, marge blanchâtre à rose pâle, chamois rosé inversé, gris olivacé à gris brun au centre; orange inversé à saumon, foncé au centre. Chlamydospores non observées. Conidiomata acervulaire, soies non observées, Conidiophores hyalins, cloisonnés, ramifiés. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques ou ampulliformes, 7-17,5 µm, apex 1-3 µm diam. Conidies hyalines, aseptées, à parois lisses, principalement fusiformes, à une extrémité arrondie, à une extrémité aiguë, (5.5–)9.5–10(− 12) × (2.5–)3(− 4). Conidies en masse de couleur saumon à orange. Appressoria unique ou en groupes lâches, brun moyen, ovoïde, marge entière à crénelée, (4–)5.5(− 12.5) × (3.5–)4.5–5(− 6.5) µm.

Notes : La majorité des isolats identifiés comme C. scovillei avait une forme et une taille de spores similaires, par rapport au spécimen type (10.5–)12.5–15(− 16.5) × (3–)3.5–4(− 4.5) µm, décrit par Damm et al. (2012a, 2012b). Cependant, certains isolats présentaient des couleurs de colonies variables, des taux de croissance de colonies différents et de petites différences dans les mesures des spores.

Matériel examiné: Indonésie: Gowa, à partir de lésions de fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (cultures CPC 28577 et CPC 28579); Java occidental: lésion de fruits de Capsicum annuum, Déc. 2014, F. Fitriyah, UOM 1146 / EWINDO 10. Thaïlande: Chiang Mai: des lésions des fruits de Capsicum sp. 2008, O. Mongkolporn (cultures UOM 1101/313, UOM 1111).

Colletotrichum siamense Prihast. et coll., Fung. Diversité 39: 98 (2009)

La description: Colonies sur PDA 79 mm diam en 7 jours (5,5-6 mm / j). Mycélium aérien dense cotonneux jaune-blanc pâle, gris avec des conidiomes acervulaires orange au centre; revers jaunâtre pâle. Chlamydospores non observées. Conidiomata acervulaire, conidiophores formés sur un coussin de cellules arrondies et brun moyen. Soies non observées. Conidiophores hyalins, ramifiés. Cellules conidiogènes hyalines, cylindriques à ampulliformes, 6,5-16 µm. Conidies hyalines, aseptées, à paroi lisse, fusiformes à cylindriques, aux deux extrémités nettement arrondies, (13–)14(− 15.5) × (3–)4(− 5.5) µm. Appressoria brun foncé, solitaire, circulaire, marge entière à crénelée, (4.5–)7.5(− 10) × (3.5–)3(− 5.5) µm.

Notes: Les isolats de Colletotrichum siamense de différents pays ont montré des variations de caractères morphologiques, de taux de croissance et de morphologie de culture sur PDA. Mesures conidiennes représentatives pour des isolats représentant différents sous-clades dans les arbres phylogénétiques (Fig. 2, 3) sont: CPC 30233 (Gowa, Indonésie), 12,5–17 × 2,5–5,5 µm; UOM 1132 (Ratchaburi, Thaïlande) 9,5–14,5 × 3,5–5 µm; UOM 1126 / F4-1C (Kanchana Buri, Thaïlande) 12-15 × 5-7 µm; UOM 1116 (Kandy, Sri Lanka) 10,5–16,5 × 3,5– 5.5. Ces caractères morphologiques au sein d’un sous-clade étaient très cohérents dans chaque pays. L’espèce a été décrite par Prihastuti et al. (2009); les conidies de l’ex-spécimen holotype (ICMP 18578/BDP-I2) ont été signalées comme étant de 7 à 18.3 × 3-4,3 µm (x = 10.18 ± 1.74 × 3.46 ± 0.36), ce qui englobe la gamme observée dans nos isolats. Cette espèce a été signalée comme étant biologiquement et géographiquement diversifiée et se trouve sur de nombreux hôtes dans plusieurs régions tropicales et subtropicales (Weir et al. 2012).

Matériel examiné: Indonésie: Gowa, de la lésion des fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (culture CPC 30233); Jeneponto, à partir d’une lésion fruitière de Capsicum sp. 7 Juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (culture CPC 30209). Thaïlande: Ratchaburi, de la lésion des fruits de Capsicum sp., Jan. 2010, P.W.J. Taylor & O. Mongkolporn (culture UOM 1132); Kanchanaburi, à partir d’une lésion fruitière de Capsicum sp. Jan. 2010, P.W.J. Taylor & O. Mongkolporn (culture UOM 1126 = F4-1C). Sri Lanka: Kandy, de la lésion des fruits de Capsicum sp. Sep. 2013, D.D. De Silva & N. Ranathunge (culture UOM 1116).

Colletotrichum tropicale E.I. Rojas et al., Mycologie 102: 1331 (2010)

La description: Colonies sur PDA 45 mm diam en 7 jours (6,5 mm / j). Colonies plates, étalées, avec un mycélium aérien modéré, Sur la surface OA gris fumé. Sur la surface du PDA gris olivacé à gris fumé, gris olivacé inversé, de nombreuses conidiomates orangées disséminées sur la surface. Sur une surface blanche sale, ocre inverse. Morphologie asexuée sur OA. Mycélium végétatif constitué d’hyphes hyalins à brun pâle, à paroi lisse, cloisonnés, ramifiés, de 2 à 2,5 µm de diamètre. Chlamydospores non observées. Soies rares (seulement deux visibles), droites, brun moyen, finement verruqueuses, 2-3 cloisonnées, à 120 µm de long, apex subobtus arrondi. Conidiomata acervulaire, 150-250 µm de diamètre, avec une masse conidiale orange. Conidiophores subcylindriques, flexueux, 1-3 cloisonnés, hyalins, lisses, ramifiés, 15-25 × 3,5–4,5 µm. Cellules conidiogènes subcylindriques, hyalines, lisses, phialidiques avec épaississement périclinal, 7-15 × 3,5-4,5 µm. Conidies hyalines, lisses, aseptées, subcylindriques, droites, apex obtus, effilées à la base à un hile tronqué saillant, de 1,5 à 2 µm de diamètre, guttulées bien en évidence, (13–)14-16(− 17) × (3.5–)4-5(− 6) µm. Appressoria non observé. Morphologie sexuelle non observée.

Matériel examiné: Indonésie, Makassar, à partir d’une lésion de fruits de Capsicum annuum, 7 juin. 2015, P.W.J. Taylor & A. Nasruddin (culture CPC 28607).

Prévalence des espèces de Colletotrichum échantillonnées

Dans l’ensemble, C. truncatum était l’espèce la plus répandue (44 %) isolée des piments infectés (Fig. 9) et a été facilement identifié par ses spores falcifères et ses soies abondantes dans les lésions nécrotiques. Parmi les espèces à conidies droites, C. scovillei (complexe acutatum) était l’espèce la plus commune dans tous les pays étudiés (35%), à l’exception du Sri Lanka où cette espèce n’était pas isolée. Colletotrichum siamense (complexe de gloeosporioides) était la deuxième espèce la plus répandue en Thaïlande, au Sri Lanka et en Indonésie (11%). Les espèces restantes étaient représentées par moins de 10% du nombre total d’isolats.

En Indonésie, C. scovillei a été isolé à partir de piments infectés dans toutes les régences étudiées de Sulawesi du Sud, à l’exception de Makassar et du site d’essais sur le terrain à Java occidental. Colletotrichum siamense a également été isolé de toute la région, de Gowa, Jeneponto et Makassar. Les deux nouvelles espèces, C. makassarense et C. javanense, ont été isolées de Makassar et de Java occidental, respectivement.

En Thaïlande, C. scovillei a été isolé principalement dans les provinces septentrionales de Chiang Mai et de Chiang Rai, mais a également été obtenu à partir de fruits de piment infectés dans un site d’essai de l’Université Kasetsart à Nakhon Pathom. Les provinces de l’Ouest ont une incidence élevée de C. siamense et un isolat de C. endophyticum a été recueilli à Kanchana Buri. Colletotrichum plurivorum a été isolé à partir de feuilles de piment présentant des lésions nécrotiques à Chiang Rai et de lésions nécrotiques de fruits de piment trouvées dans un restaurant du quartier de Phaya Thai à Bangkok. De plus, C. fructicola a été identifié à partir de fruits récoltés à Chiang Mai.

À Taiwan, un isolat a été identifié comme une nouvelle espèce, C. tainanense, prélevée sur des piments infectés dans la province de Tainan, et C. fructicola a été identifié à partir de fruits à Hsinchu et à Nantou, à Taiwan. Colletotrichum plurivorum a également été identifié à partir d’un fruit récolté à Johor, en Malaisie.

Pathogénicité

Toutes les espèces de Colletotrichum ont provoqué des symptômes d’anthracnose sur les fruits blessés, mais il y avait des différences significatives dans la gravité des symptômes. Sur les fruits blessés, les isolats de C. scovillei et de C. javanense ont montré la gravité la plus élevée de la maladie, produisant de grandes lésions nécrotiques avec des tailles moyennes de lésions de 15,6 à 20,3 mm (tableau 5). Sur les fruits non blessés, toutes les espèces étaient moins pathogènes, avec une taille moyenne des lésions inférieure à 10 mm. Colletotrichum makassarense, C. tropicale et C. plurivorum, n’ont produit que de très petites lésions ou aucun symptôme visible (taille moyenne des lésions < 1 mm) 10 jours après l’inoculation des fruits non blessés. Les isolats de Colletotrichum javanense et de C. scovillei étaient les plus pathogènes chez les fruits non blessés et produisaient des lésions avec des tailles moyennes de 9,4 et 9,1 mm respectivement. Les lésions causées par C. scovillei étaient significativement plus importantes que celles causées par toutes les autres espèces à l’exception de C. javanense dans les fruits blessés et C. endophyticum dans les fruits non moulés. L’importance des tests t par paires dépend fortement du nombre d’isolats de chaque espèce échantillonnée, de sorte que les regroupements indiqués dans le tableau 5 ne changent pas simplement avec l’ampleur de la différence des moyennes; une grande différence peut ne pas être significative s’il y a de petites tailles d’échantillon pour les deux espèces alors qu’une plus petite différence peut être significative. En particulier, les comparaisons impliquant C. javanense et C. endophyticum sont très imprécises car un seul isolat de chaque espèce a été testé.