L’une des pires épidémies de l’histoire peut avoir été causée par un microbe commun

Les symptômes étaient différents de tout ce que les médecins de l’époque avaient vu. Les victimes jaunissaient à cause de la jaunisse et du sang coulait de leurs oreilles et de leur nez. Ils avaient des hallucinations et des convulsions angoissantes. Ils sont morts en quelques jours. Les Aztèques l’appelaient le cocoliztli, signifiant peste en langue Nahuatl locale. “Le cocoliztli est apparu de presque nulle part. Personne ne savait ce que c’était “, explique Rodolfo Acuña-Soto, épidémiologiste historique à l’Université nationale autonome du Mexique à Mexico.

Aujourd’hui encore, personne ne sait exactement ce qui était responsable de l’épidémie, qui est apparue au Mexique, alors appelé Nouvelle-Espagne, au 16ème siècle et a tué environ 45% de la population indigène. Les documents historiques suggèrent qu’il s’agissait d’un type de fièvre hémorragique — comme Ebola — mais des preuves ADN publiées cette semaine suggèrent que le coupable pourrait avoir été la salmonelle — une maladie d’origine alimentaire courante – apportée par les colonisateurs européens.

La preuve a été cachée dans les dents de 29 squelettes déterrés dans les ruines d’une ancienne ville que les archéologues appellent Teposcolula Yucundaa dans la région de Oaxaca au Mexique. Les principaux habitants étaient les Mixtèques, un groupe distinct des Aztèques du centre du Mexique. Vingt-quatre squelettes provenaient d’un cimetière datant de la première épidémie de cocoliztli en 1545, et cinq provenaient d’un cimetière d’environ 100 ans de plus. Les agents pathogènes qui ont ravagé le corps à sa mort peuvent être ensevelis dans la chambre interne de la dent et détectés des années plus tard, explique Kirsten Bos, paléobiologiste moléculaire à l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine à Iéna, en Allemagne, et auteur de l’étude.

Bos et ses collègues ont foré dans les dents des squelettes et extrait de l’ADN de cette chambre interne. Une fois qu’ils ont séquencé tout l’ADN, l’équipe a commencé à comparer des brins à une grande base de données d’agents pathogènes bactériens modernes. Leur analyse a fait correspondre les fragments d’ADN à Salmonella enterica, rapportent-ils dans Nature Ecology & Evolution. Ce type de salmonelle, paratyphi C, peut provoquer une fièvre entérique, une infection bactérienne grave également connue sous le nom de fièvre typhoïde ou paratyphoïde. Aujourd’hui, les Centers for Disease Control and Prevention estiment que la salmonelle causant la fièvre entérique entraîne plus de 21 millions de cas dans le monde et moins de 6 000 maladies aux États-Unis chaque année.

L’équipe a trouvé des salmonelles dans 10 des restes datant de l’épidémie, mais pas dans aucun des cinq squelettes antérieurs au contact européen. De plus, des travaux archéologiques de 2017 ont trouvé le même type de salmonelle dans un squelette norvégien vieux de 800 ans. Cela aide l’argument selon lequel les Européens ont transporté l’insecte au Mexique, potentiellement par l’intermédiaire de bétail ou de porteurs humains. Une fois dans les Amériques, l’insecte se serait lessivé dans les sources d’eau et de nourriture locales à partir de matières fécales ou de vomissures d’individus malades, explique Hendrik Poinar, chercheur en ADN ancien à l’Université McMaster de Hamilton, au Canada, qui n’a pas participé à l’étude. “Le travail est très bon. Nous espérions depuis un certain temps avoir un aperçu moléculaire ” du célèbre échange culturel, économique et biologique entre le Nouveau Monde et l’Ancien Monde, dit-il.

Il est plus difficile de dire si la salmonelle seule a tué ces personnes, dit Poinar. “J’achète que cela a probablement contribué à cette épidémie. C’est de ça qu’ils sont morts ? Je ferais bien de dire ça.”Peut-être que la salmonelle était simplement l’une des multiples infections qui, ensemble, sont devenues plus mortelles et ont causé cocoliztli, dit-il.

Les descriptions historiques des cocoliztli ne ressemblent certainement pas à des salmonelles, dit Acuña-Soto. “Le papier est génial. Nous savons qu’il y a une épidémie de salmonelle “, dit-il. “Mais jamais dans l’histoire je n’ai entendu parler de salmonella faisant quelque chose comme cocoliztli avec le saignement, la jaunisse, la propagation.”

Mais Bos pense que la salmonelle pourrait toujours être derrière le cocoliztli, disant que pour que son équipe détecte l’agent pathogène, ces personnes doivent avoir eu des quantités “massives” de bactéries dans leur sang. “Lorsque vous contractez une infection bactérienne très avancée, vous pouvez avoir des saignements par des orifices et des symptômes très similaires à ceux d’une fièvre hémorragique”, dit-elle. “Les enregistrements historiques correspondent à une fièvre hémorragique, mais nous ne devrions pas trop dédaigner de quel agent biologique il s’agissait vraiment.”

Il est difficile de dire pourquoi le cocoliztli a été si meurtrier pour les peuples autochtones, mais la population autochtone a peut-être également souffert de malnutrition à la suite d’une grande sécheresse qui a frappé la région à l’époque, dit Acuña-Soto.

Si la punaise n’était pas présente dans les Amériques avant l’arrivée des Européens, les habitants n’avaient peut-être pas une forte réponse immunitaire naturelle à la maladie et les rendaient plus sensibles. Quel que soit l’agent pathogène, il a balayé la région comme une tempête. À l’époque, l’historien Fray Juan de Torquemada écrivait : “En 1576, une grande mortalité et une peste qui durèrent plus d’un an ont vaincu les Indiens the l’endroit que nous connaissons sous le nom de Nouvelle-Espagne a été laissé presque vide.”

* Correction, 19 janvier, 10h35 : Une version précédente de cet article indiquait que cette bactérie, un type de salmonelle causant la fièvre entérique, entraînait 1 million de cas par an aux États-Unis. Il y a plus de 21 millions de cas de fièvre entérique dans le monde et moins de 6000 aux États-Unis chaque année. Ce bug est différent de l’intoxication alimentaire commune salmonella, comme le titre précédent l’a suggéré.