Performances cliniques du test HPV Roche Cobas 4800 | Jiotower

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Le virus du papillome humain (VPH) est l’un des virus sexuellement transmissibles les plus courants dans le monde et un contributeur majeur au cancer, causant près de 60 000 nouveaux cas de cancer par an en Europe (1) et conduisant au développement du cancer du col de l’utérus chez les femmes. Le VHP16 et le VHP18 sont les plus cancérigènes (2, 3), car environ 70 % de tous les cancers du col de l’utérus présentent des infections au VHP16 ou au VHP18 (4). Près de 30% des cancers du col utérin ne sont pas dépistés par cytologie cervicale initiale (5), de sorte que des tests précis et objectifs pour le cancer du col utérin associé au VPH qui utilisent des techniques moléculaires plus sensibles sont nécessaires pour fournir une prévention et un traitement efficaces afin de réduire les risques futurs et l’incidence du cancer du col utérin.

Le test HPV Roche Cobas 4800 (Cobas) est une nouvelle méthode moléculaire basée sur la PCR en temps réel (RT-PCR) (6, 7), avec un système entièrement automatisé permettant un traitement rapide et efficace des échantillons. Les Cobas peuvent détecter le VHP16, le VHP18 et 12 autres VHP à haut risque (VHPV) (VHP31, -33, -35, -39, -45, -51, -52, -56, -58, -59, -66, et -68, comme résultat groupé), et le contrôle de la β-globine indépendamment dans la même PCR. Le but principal de notre étude était d’évaluer les caractéristiques de performance technique et clinique des Cobas. Des échantillons cervicaux de 6 056 femmes référées au Département de pathologie de l’École de médecine Icahn du Mont Sinaï pour un examen de routine des lésions cervicales entre novembre 2011 et février 2012 ont été collectés dans un milieu de cytologie à base liquide (PreservCyt; Hologic, Marlborough, MA) et conservé à 4°C jusqu’à utilisation.

Cent quatre-vingts échantillons ont été testés pour les génotypes hrHPV par le test HPV Roche Cobas 4800 et le test ADN hrHPV Digene Hybrid Capture 2 (HC2) (tableau 1), toute divergence ayant été résolue à l’aide du test de génotypage HPV à réseau linéaire (LA) (Roche Molecular Systems, Pleasanton, CA) (8). Selon le test du chi carré de Pearson, il y avait une différence significative dans le nombre d’échantillons positifs et négatifs identifiés par les deux tests de VPH (P < 0,001). Cependant, la concordance entre les deux tests était statistiquement forte, avec un niveau d’accord de 88,33% (P = 0,0218) et le coefficient kappa de Cohen de 0,767 (intervalle de confiance à 95%, 0,674 à 0,860; P < 0,001), où des intervalles de confiance à 95% des valeurs kappa ont été déduits d’une distribution binomiale.

Dans les échantillons discordants, le test HPV LA a détecté des génotypes de VPH à faible risque (lrHPV) dans 50 % (2/4) des échantillons qui étaient HC2 positifs et Cobas négatifs et dans 13,33% (2/15) des échantillons HC2 négatifs et Cobas positifs. Le VHP53 a été trouvé dans deux échantillons HC2 positifs et Cobas négatifs, ce qui suggère que les sondes du kit Digene ont réagi de manière croisée avec ce génotype du VPH. Cette observation n’est pas surprenante, puisque la réactivité croisée du test HC2 avec les génotypes lrHPV, en particulier HPV53, a été observée précédemment (9). La conséquence de la réactivité croisée du génotype lrHPV dans un test HPV est un nombre accru de résultats faussement positifs. Cela pourrait entraîner une surinvestissement et un surtraitement par le biais de tests de suivi chez les femmes qui ne possèdent que des génotypes de lrHPV et qui présentent en fait un faible risque de développer un cancer du col de l’utérus. Dans deux échantillons HC2-négatifs / Cobas-positifs, HPV62 et HPV89 (CP6108) ont été détectés dans les deux échantillons et HPV42, HPV54, HPV55, HPV61, HPV70 et HPV84 ont été détectés dans l’un des échantillons, suggérant que l’infection mixte au VPH entraîne des résultats faussement positifs par le test Cobas HPV.

Le test HPV LA a détecté des génotypes hrHPV dans aucun des échantillons HC2 positifs et Cobas négatifs (0/4) et dans 80% (12/15) des échantillons HC2 négatifs et Cobas positifs. Le test HC2 n’a pas permis de détecter le hrHPV dans ces échantillons, ce qui indique que le test HC2 a manqué plus de génotypes de hrHPV que le test Cobas, ce qui implique que le Cobas est un test de dépistage potentiellement plus efficace en raison d’une meilleure sensibilité et précision. En revanche, le VPH n’a pas été détecté par le test HPV LA dans 6,67 % (1/15) des échantillons HC2-négatifs/Cobas-positifs. Dans l’ensemble, cependant, la différence de détection du hrHPV entre les tests HC2 et Cobas était encore statistiquement insignifiante (χ2 = 2,901, P = 0,0885).

Soixante-huit échantillons ont ensuite été utilisés pour déterminer la reproductibilité du test Cobas HPV. La reproductibilité entre les essais initiaux et répétés, calculée avec un tableau de contingence standard 2 par 2, était de 93,55%; le coefficient kappa entre les résultats des premier et deuxième cycles d’essais Cobas était de 0,869 (IC à 95%, 0,744 à 0,993; P < 0,001). La force de cet accord est considérée comme très bonne, ce qui suggère que le test est très fiable.

Cent quatre-vingt-sept échantillons ont été testés par le test Cobas pour déterminer la différence de détection du VPH entre les échantillons préaliquotés et postaliquotés. Seuls 7 échantillons étaient incompatibles, pour un taux de 3,74% (IC à 95%, de 1,02% à 6,46%). L’analyse statistique a révélé que la différence entre les échantillons préaliquotés et postaliquotés n’était pas significative (χ2 = 0,233, P = 0,36290). Comme aucune augmentation du taux positif au VPH n’a été observée avant et après le processus cytologique (préaliquot versus postaliquot), la contamination croisée des échantillons pendant le traitement cytologique est extrêmement rare. Le test du VPH après cytologie peut améliorer considérablement le flux de travail et réduire l’aliquotage inutile lorsqu’un test réflexe du VPH pour une cytologie anormale est prévu.

Enfin, 5 621 échantillons ont été testés à l’aide du test Cobas HPV pour déterminer les effets du vortex et du tourbillonnement (avant le test Cobas) sur les taux d’échec. Parmi les 1 380 échantillons traités par vortexage, le taux de défaillance était de 4.57% (IC à 95%, de 3,65% à 5,91%). En revanche, parmi 4 241 échantillons traités par tourbillonnement, le taux d’échec était de 1,16% (IC à 95%, de 0,84% à 1,48%). Le test du chi carré de Pearson a révélé que les différences de taux d’échec entre les échantillons tourbillonnés et légèrement tourbillonnés étaient extrêmement significatives (χ2 = 59,983, P < 0,0001), un tourbillonnement doux étant recommandé pour diminuer le taux d’échec des Cobas.

En conclusion, le test HPV Cobas 4800 a démontré un plus grand degré de sensibilité et de spécificité dans la détection des génotypes hrHPV que le test hrHPV Digene HC2. Le test Cobas présentait également un niveau de réactivité croisée avec les génotypes de lrHPV inférieur à celui du test HC2, comme en témoigne le moins de cas de faux positifs. Cependant, la différence de performance globale entre ces deux tests n’est statistiquement pas significative.