Séquence génomique complète de Collinsella aerofaciens Isolée de l'intestin d'un Sujet indien en bonne santé | Jiotower

ANNONCE du GÉNOME

La bactérie Collinsella aerofaciens est bien connue pour sa capacité à fermenter une gamme de glucides d’origine végétale et animale et pour produire de l’H2, de l’éthanol, des acides gras à chaîne courte et du lactate dans le côlon humain (1). C. aerofaciens est le principal utilisateur du lactose dans le côlon humain. Plusieurs études ont démontré que Collinsella et Bifidobacterium peuvent modifier les acides biliaires de l’hôte pour moduler la virulence et la pathogénicité des agents pathogènes entériques (2). Récemment, il a été rapporté qu’une abondance altérée de Collinsella pouvait également influencer le taux de cholestérol plasmatique de l’hôte (3). Pour comprendre l’importance de C. aerofaciens dans la santé et la maladie, il est important d’explorer son répertoire génomique et d’identifier les fonctions qui influencent potentiellement la physiologie de l’hôte.

Dans la présente étude, C. la souche indica d’aerofaciens a été isolée à partir d’un échantillon fécal d’un sujet indien adulte en bonne santé. Un échantillon fécal d’environ 500 mg a été remis en suspension dans 1 ml de solution saline tamponnée au phosphate (PBS), dilué en série dans le même tampon et plaqué sur une plaque de gélose de soja Trypticase pré-réduite (pH 7,3) additionnée de sang de mouton défibriné à 5% (vol/vol). Des cellules bactériennes ont été réparties sur la surface des plaques à l’aide de quatre ou cinq billes de verre (3,00 mm). Les plaques ont été incubées pendant 48 h à 37°C dans un poste de travail anaérobie (Whitley DG250) rempli de 80% de N2, 10% de CO2 et 10% de H2. Une seule colonie de C. aerofaciens a été cultivé dans 5 ml de bouillon de soja tryptique (BST) pendant 48 h. La croissance des cellules dans le BST a été surveillée par spectrophotomètre. Des cellules de C. aerofaciens ont été récoltées à partir de 2 ml de culture par centrifugation (8000 × g pendant 3 min), et l’ADN génomique a été extrait par la méthode THSTI (4).

Le séquençage du génome entier de C. aerofaciens a été réalisé en utilisant 2 plateformes de séquençage de l’ADN différentes, celles d’Illumina (système HiSeq 2500) et d’Oxford Nanopore Technologies (MinION). L’outil Pique a été utilisé pour assembler des lectures longues de nanopores corrigées des erreurs et des lectures Illumina, qui ont généré un seul contig. La séquence génomique complète assemblée de C. aerofaciens a été évaluée par séquençage de Sanger. Le génome complet de la souche indica de C. aerofaciens a une longueur de 2 306 349 pb, avec une teneur en GC de 60,1%.

L’analyse de la séquence génomique de 2,30 Mo de C. aerofaciens a permis d’identifier 1 995 gènes, dont 75 gènes codant pour l’ARN. Le génome comporte 276 sous-systèmes et est enrichi en protéines (231 cadres de lecture ouverts), en glucides (226 ORFs), en acides aminés (200 ORFs), en cofacteurs et en vitamines (102 ORFs) fonctions métaboliques. Le génome de C. aerofaciens est également enrichi en fonctions métaboliques des acides gras, des lipides et des isoprénoïdes (56 ORF). Cependant, le génome de C. aerofaciens possède plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques, tels que la β-lactamase, les fonctions de résistance aux tétracyclines et de protection des ribosomes, ainsi que des pompes d’efflux multirésistantes, mais aucun gène n’a été détecté pour la sous-catégorie de virulence, de pathogénicité et de développement de la maladie. La séquence génomique complète de la souche indica de C. aerofaciens contribuera à une meilleure compréhension de la biologie du commensal et de la base moléculaire de sa dominance dans l’intestin des sujets indiens.