Puce – exo

ChIP-exo est une version spécialisée de ChIP utilisée pour cartographier très spécifiquement les sites de liaison aux protéines d’intérêt (POI) dans le génome. ChIP-exo ajoute une étape supplémentaire de digestion de l’ADN à ChIP-seq. Lorsque l’anticorps est lié au complexe POI-chromatine, une exonucléase 3′ est utilisée pour digérer l’ADN dépassant du site de liaison au POI. Cela réduit la résolution de centaines de nucléotides à aussi peu qu’un (Rhee et Pugh, 2012). Les brins de 5′ restent et sont utilisés pour détecter la région par microréseau, PCR ou le plus souvent séquençage.

L’avantage majeur de cette technologie est clairement son augmentation de la résolution, mais elle réduit également le bruit en digérant l’ADN contaminant, donc moins de profondeur de séquençage est nécessaire (Rhee et Pugh, 2012). En raison de cette sensibilité, ChIP-exo a été utilisé pour cartographier de nouveaux sites d’initiation transcriptionnelle et d’autres études fondées sur la découverte (Venters et Pugh, 2013). Le seul inconvénient réel est que toutes les interactions tridimensionnelles complexes de la protéine sont perdues. Par exemple, si un facteur de transcription lie simultanément deux régions génomiques, cela sera lu comme deux événements de liaison distincts, et non comme un seul.

Récemment, ChIP-exo a été adapté pour utiliser la plate-forme de séquençage Illumina commune. Cette adaptation a nettement surpassé ChIP-seq sur Illumina dans toutes les métriques, et est spécialement conçue pour des études humaines efficaces (Serandour et al., 2013).

Lecture supplémentaire de ChIP-exo

Rhee, H.S. et Pugh, B.F. (2011). Interactions Protéine-ADN complètes à l’échelle du Génome Détectées à une Résolution Nucléotidique Unique. Cellule 147, 1408-1419.

Cet article provient du groupe qui a développé ChIP-exo et décrit en détail le flux de travail du processus. Les auteurs appliquent également la technologie pour caractériser des IST de liaison aux facteurs de transcription jusqu’alors inconnus.

Liste de références

• Rhee, H.S. et Pugh, B.F. (2012). Méthode ChIP-exo pour identifier la localisation génomique de protéines de liaison à l’ADN avec une précision proche d’un nucléotide unique. Curr. Protoc. Mol. Biol. Chapitre 21, Unité 21.24.
• Serandour, A.A., Brown, G.D., Cohen, J.D. et Carroll, J.S. (2013). Le développement d’une méthode d’exonucléase à puce à base d’Illumina fournit un aperçu des propriétés de liaison de l’ADN FoxA1. Biol génomique. 14, R147.
• Venters, B.J., et Pugh, B.F. (2013). Organisation génomique des complexes d’initiation de la transcription humaine. Nature 502, 53-58.