A Collinsella aerofaciens teljes Genomszekvenciája egy egészséges indiai alany béléből izolálva | Jiotower

GENOMBEJELENTÉS

a Collinsella aerofaciens baktérium jól ismert arról a képességéről, hogy számos növényi és állati eredetű szénhidrátot erjed, valamint H2, etanol, rövid láncú zsírsavak és Laktát előállítására képes az emberi vastagbélben (1). A C. aerofaciens a laktóz fő felhasználója az emberi vastagbélben. Számos tanulmány kimutatta, hogy a Collinsella és a Bifidobacterium képes módosítani a gazdaszervezet epesavait, hogy modulálja az enterális kórokozók virulenciáját és patogenitását (2). Nemrégiben arról számoltak be, hogy a Collinsella megváltozott bősége szintén befolyásolhatja a gazda plazma koleszterinszintjét (3). Ahhoz, hogy megértsük a C. aerofaciens fontosságát az egészségben és a betegségben, fontos feltárni a genomiális repertoárját, és azonosítani azokat a funkciókat, amelyek potenciálisan befolyásolhatják a gazdaszervezet fiziológiáját.

a jelen vizsgálatban C. az aerofaciens indica törzset egy egészséges felnőtt indiai alany székletmintájából izoláltuk. Körülbelül 500 mg székletmintát reszuszpendáltunk 1 ml foszfátpufferelt sóoldatban (PBS), ugyanabban a pufferben sorozatosan hígítva, és prereduced triptikáz szója-agar lemezre (pH 7,3), kiegészítve 5% (térfogat/térfogat) defibrinált juhvérrel. A baktériumsejteket négy vagy öt üveggyöngy (3,00 mm) segítségével elosztottuk a lemezek felületén. A lemezeket 48 órán át inkubáltuk 37 oc-n egy anaerob munkaállomáson (Whitley DG250), amely 80% N2-vel, 10% CO2-vel és 10% H2-vel volt feltöltve. Egyetlen kolónia C. az aerofaciens-t 5 ml triptikus szójalevesben (TSB) termesztettük 48 órán keresztül. A C. aerofaciens sejteket 2 ml tenyészetből extraháltuk centrifugálással (8000 g 6 percig), majd a genomi DNS-t thsti módszerrel extraháltuk (4).

a C. aerofaciens teljes genom szekvenálását 2 különböző DNS-szekvenálási platform felhasználásával hajtották végre, az Illumina (HiSeq 2500 rendszer) és az Oxford Nanopore Technologies (MinION) segítségével. A SPAdes eszközt a hibajavított hosszú Nanopórus olvasások és Illumina olvasások összeállítására használták, amelyek egyetlen contig-ot generáltak. A C. aerofaciens összeszerelt teljes genomszekvenciáját Sanger szekvenálással értékeltük. A C. aerofaciens indica törzs teljes genomja 2 306 349 bp hosszú, 60,1% GC tartalommal.

a C. aerofaciens 2,30 Mb-os genomszekvenciájának elemzése 1995 gént azonosított, köztük 75 RNS-kódoló gént. A genom 276 alrendszerből áll, és fehérje (231 nyitott leolvasási keret), szénhidrát (226 ORFs), aminosav (200 ORFs), kofaktor és vitamin (102 ORFs) metabolikus funkciókkal gazdagodik. A C. aerofaciens Genom zsírsav -, lipid-és izoprenoid metabolikus funkciókkal is gazdagodik (56 ORF). Azonban a C. aerofaciens Genom számos antibiotikum-rezisztencia génnel rendelkezik, mint például a ons-laktamáz, a tetraciklin rezisztencia és a riboszóma védelmi funkciók, valamint a multirezisztencia efflux szivattyúk, de a virulencia, a patogenitás és a betegség kialakulásának alkategóriájára nem találtak gént. A C. aerofaciens indica törzs teljes genomszekvenciája hozzájárul a kommensális biológiájának jobb megértéséhez és az indiai alanyok bélrendszerében való dominanciájának molekuláris alapjához.