Sequenza completa del Genoma di Collinsella aerofaciens Isolato dall'Intestino di un Sano Soggetto Indiano | Jiotower

GENOMA ANNUNCIO

Il batterio Collinsella aerofaciens è ben noto per la sua capacità di fermentare una gamma di origine vegetale e animale, carboidrati e per la produzione di H2, etanolo, acidi grassi a catena corta, e lattato nel colon umano (1). C. aerofaciens è il principale utilizzatore del lattosio nel colon umano. Diversi studi hanno dimostrato che Collinsella e Bifidobacterium possono modificare gli acidi biliari ospiti per modulare la virulenza e la patogenicità dei patogeni enterici (2). Recentemente, è stato riferito che un’abbondanza alterata di Collinsella può anche influenzare i livelli di colesterolo plasmatico ospite (3). Per comprendere l’importanza di C. aerofaciens nella salute e nella malattia, è importante esplorare il suo repertorio genomico e identificare le funzioni che potenzialmente influenzano la fisiologia dell’ospite.

Nel presente studio, C. il ceppo indica di aerofaciens è stato isolato da un campione fecale di un soggetto indiano adulto sano. Un campione fecale di circa 500 mg è stato risospeso in 1 ml di soluzione salina tampone fosfato (PBS), diluito in serie nello stesso tampone e placcato su una piastra di agar di soia tripticasi preridotta (pH 7,3) integrata con sangue di pecora defibrinato al 5% (vol/vol). Le cellule batteriche sono state distribuite sulla superficie delle piastre usando quattro o cinque perle di vetro (3,00 mm). Le piastre sono state incubate per 48 h a 37°C in una workstation anaerobica (Whitley DG250) riempita con 80% N2, 10% CO2 e 10% H2. Una singola colonia di C. aerofaciens è stato coltivato in 5 ml di brodo di soia triptica (TSB) per 48 h. La crescita delle cellule in TSB è stata monitorata dallo spettrofotometro. Le cellule di C. aerofaciens sono state raccolte da 2 ml di coltura mediante centrifugazione (8.000 × g per 3 min) e il DNA genomico è stato estratto con il metodo THSTI (4).

Il sequenziamento dell’intero genoma di C. aerofaciens è stato effettuato utilizzando 2 diverse piattaforme di sequenziamento del DNA, quelle di Illumina (sistema HiSeq 2500) e Oxford Nanopore Technologies (MinION). Lo strumento Picche è stato utilizzato per assemblare errori corretti lunghe letture Nanopore e Illumina legge, che ha generato un singolo contig. La sequenza completa assemblata del genoma di C. aerofaciens è stata valutata dal sequenziamento di Sanger. Il genoma completo del ceppo C. aerofaciens indica ha una lunghezza di 2.306.349 bp, con un contenuto di GC del 60,1%.

L’analisi della sequenza genomica di 2,30 Mb di C. aerofaciens ha identificato 1.995 geni, inclusi 75 geni codificanti RNA. Il genoma ha 276 sottosistemi ed è arricchito con proteine (231 open reading frames ), carboidrati (226 ORFs), aminoacidi (200 ORFs), cofattore e vitamina (102 ORFs) funzioni metaboliche. Il genoma di C. aerofaciens inoltre è arricchito con le funzioni metaboliche dell’acido grasso, del lipido e dell’isoprenoide (56 ORFs). Tuttavia, il genoma di C. aerofaciens ha parecchi geni di resistenza antibiotica, quali la β-lattamasi, la resistenza della tetraciclina e le funzioni di protezione del ribosoma e le pompe di efflusso di resistenza di multidrug, ma nessun gene è stato individuato per la sottocategoria di virulenza, patogenicità e sviluppo di malattia. La sequenza completa del genoma del ceppo C. aerofaciens indica contribuirà a una migliore comprensione della biologia del commensale e delle basi molecolari della sua dominanza nell’intestino dei soggetti indiani.