チップ-エクソ
ChIP-exoはゲノムの興味(POI)の結合場所の蛋白質を非常にとりわけ地図を描くのに使用されるChIPの専門にされた版です。 ChIP-exoは、ChIP-seqに追加のDNA消化ステップを追加する。 抗体がＰＯＩ−クロマチン複合体に結合する場合、３’エキソヌクレアーゼを使用して、ＰＯＩ結合部位から突出したＤＮＡを消化する。 これにより、分解能が数百のヌクレオチドからわずかに減少する（Rhee and Pugh、2012）。 5’鎖は残り、マイクロアレイ、PCR、または最も一般的に配列決定によって領域を検出するために使用されます。
この技術の主な利点は明らかに分解能の向上ですが、汚染DNAを消化することによってノイズを低減するため、シークエンシングの深さが少なくな この感度のために、ChIP-exoは、新規転写開始部位および他の発見に基づく研究をマッピングするために使用されている（Venters and Pugh、2013）。 唯一の本当の欠点は、タンパク質の複雑な三次元相互作用が失われることである。 例えば、転写因子が2つのゲノム領域に同時に結合する場合、これは1つではなく2つの別個の結合事象として読み取られる。
最近、ChIP-exoは共通のIllumina sequencing platformを使用するように適応されています。 この適応は、すべての指標においてIllumina上のChIP-seqを著しく上回っており、効率的な人間研究のために特別に設計されている（Serandour et al., 2013).
ChIP-exo追加読書
Rhee,H.S.,And Pugh,B.F.(2011). 一塩基分解能で検出された包括的なゲノムワイドタンパク質-DNA相互作用。 セル147、1408-1419。
この論文は、ChIP-exoを開発したグループのものであり、プロセスのワークフローを詳細に説明しています。 また、著者らは、これまで知られていなかった転写因子結合性ｓｔｉｅを特徴付けるために、この技術を適用した。
リファレンスリスト
- Rhee,H.S.,And Pugh,B.F.(2012). 一塩基に近い精度でDNA結合タンパク質のゲノム位置を同定するためのChIP-exo法。 カー プロトコ モル バイオル 第21章、ユニット21.24。
- Serandour,A.A.,Brown,G.D.,Cohen,J.D.,Carroll,J.S.(2013). Illuminaベースのチップエクソヌクレアーゼ法の開発は、Foxa1-DNA結合特性への洞察を提供します。 ゲノムバイオール 14R147
- Venters,B.J.,Pugh,B.F.(2013). ヒト転写開始複合体のゲノム組織。 自然502、53-58。
