計算ゲノミクス

計算ゲノミクスのルーツはバイオインフォマティクスのルーツと共有されている。 1960年代、国立生物医学研究財団のマーガレット-デイホフらは、進化研究のための相同タンパク質配列のデータベースを組み立てた。 彼らの研究は、特定のタンパク質が基礎となるアミノ酸配列に基づいて別のタンパク質に変化するために必要とされる進化的変化を決定する系統樹を開発した。 これにより、あるタンパク質が別のタンパク質に関連する可能性を評価するスコアマトリックスが作成されました。

1980年代からゲノム配列のデータベースが記録されるようになったが、これは遺伝子情報のデータベースの検索と比較という形で新たな課題を提示した。 GoogleやWikipediaなどのwebサイトで使用されているテキスト検索アルゴリズムとは異なり、遺伝的類似性のセクションを検索するには、単に同一ではなく類似した文字列を見つける必要があります。 これは、Dayhoffによる以前の研究から導出されたスコアリング行列を使用して、アミノ酸配列のセットを互いに比較するための動的計画法であるNeedleman-Wunschアルゴ その後、遺伝子配列データベースの高速で最適化された検索を実行するためのBLASTアルゴリズムが開発されました。 BLASTとその派生物は、おそらくこの目的のために最も広く使用されているアルゴリズムです。

“computational genomics”というフレーズの出現は、1990年代半ばから後半にかけての完全な配列決定されたゲノムの利用可能性と一致している。 計算ゲノミクスに関する年次会議の最初の会議は、1998年にゲノム研究研究所（TIGR）の科学者によって組織され、この専門分野のフォーラムを提供し、ゲノミクスや計算生物学のより一般的な分野からこの科学分野を効果的に区別した。 MEDLINE abstractsによると、この用語が科学文献で最初に使用されたのは、核酸研究のわずか1年前でした。 最終的な計算ゲノミクス会議は2006年に開催され、ノーベル賞受賞者のバリー-マーシャル、ヘリコバクター-ピロリと胃潰瘍の間のリンクの共同発見者による基調講演を特色にした。 2014年現在、この分野の主要な会議には、分子生物学のためのインテリジェントシステム（ISMB）と計算分子生物学の研究（RECOMB）が含まれています。

MathematicaやMatlabなどの製品を使用したコンピュータ支援数学の開発は、エンジニア、数学者、コンピュータ科学者がこの分野での運用を開始するのに役立ち、全ゲノム比較から遺伝子発現解析に至るまで、ケーススタディやデモンストレーションの公開コレクションが増えています。 これにより、システムと制御、情報理論、文字列分析、データマイニングなどの概念を含むさまざまなアイデアの導入が増加しました。 計算アプローチは、研究と教育のための標準的なトピックになり、残ることが予想されます,両方のトピックに堪能な学生は、過去数年間に作成された複