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ホーム→CLCソフトウェア: 重要なお知らせ→2017年以前にリリースされた製品のバージョンのみに影響する問題→マッピングされた読み取りでも0カウントを持つと報告された転写物を持つ遺伝子

トラックベースの参照を使用してRNA-Seqツールを実行し、

• オプション”Genomes annotated with genes and transcripts”を使用してRNA-Seqツールを実行した場合の問題
• 二つ以上の遺伝子が同じであったことが報告された。そして、
• 転写産物をmrnaトラック

からこれらの遺伝子のそれぞれに割り当てることができ、次に、

の「Transcripts Annotated」列の値を入力します。 GEトラックとTEトラックでは0であり、そのような遺伝子のすべてのカウントは、それらにマッピングされた読み取りがあった場合であっても、ゼロと報告された。

どのソフトウェアとバージョンが影響を受けますか？

この問題は

どのソフトウェアバージョンが修正されていますか？

この問題は、2016年6月9日にリリースされたCLC Genomics Workbench9.0.1、Biomedical Genomics Workbench3.0.1、およびCLC Genomics Server8.0.1で修正されています。

また、以前のリリースラインであるCLC Genomics Workbench8.5.3、Biomedical Genomics Workbench2.5.3、およびCLC Genomics Server7.5でも対処されています。2016年6月16日発売。

この問題の修正を説明したリリースノートは、各製品の最新の改善ページにあります。 この特定の修正は、次のように説明されています:

“Genomes annotated with genes and transcripts”オプションを選択したときに発生する可能性のあるRNA-Seq解析ツールの問題を修正しました。 さらに、そのような遺伝子のすべてのカウントは、それらにマッピングされた読み取りがあった場合であっても、ゼロと報告された。RNA-Seq解析が問題の影響を受けているかどうかを確認するにはどうすればよいですか？

あなたの分析があなたに影響を与えているかどうかを調べるには:

• 列のTEトラックテーブルを並べ替える：”注釈付き転写物””
• この列に0が含まれているすべての成績証明書が影響を受けます。 他のすべての成績証明書はこのバグの影響を受けません。

このバグは、計算結果がテーブルに入力されたRNA-Seqアルゴリズムの実行の非常に遅い段階に存在していました。 基礎となる計算は正しく行われましたが、重複した遺伝子名の値は除外されました。 テーブルに入れたゼロ以外の値は正しいものであり、修正では変更されません。

上記の分析条件下で影響を受けるソフトウェアバージョンを使用すると、”注釈付き転写物”欄に0の転写物（影響を受ける転写物）が表示されることが 非常に少数の遺伝子／転写物のみが一般的に影響を受け、これらは分析に関心のある遺伝子ではない可能性がある。 例えば、多くの場合、同じ名前を与えられた遺伝子は、ｍＲＮＡではなく、ｒＲＮＡ、ｓｎＯＲＮＡ、および他の雑多なＲｎａをコードする。
潜在的な関心のある遺伝子に関連する影響を受けた転写物が見られる場合は、この問題の修正を含むバージョンのソフトウェアを使用して分析を再