Clostridium innocuum株ATCC14501の全ゲノム配列

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我々は、1962年に虫垂膿瘍から分離した後に同定されたClostridium innocuum株ATCC14501の全ゲノム配列を報告します(1)。 これは末端胞子を有するグラム陽性桿体として特徴づけられた。 コロニーは直径1.5-2.5mmで、光沢があり、白く、隆起し、非溶血性であった。 マウスへの培養上清の腹腔内接種は非病原性であった。 それ以来、C.innocuumは良性の胃腸微生物と考えられてきました（1）。

今、C.innocuumの病原性の可能性が再考されています。 最近、Chiaらは、C.innocuumが腸外感染を引き起こす2番目に一般的なクロストリジウム種であり(2)、クロストリジオイデス-ディフィシル様腸内感染の原因であることを報告した(3)。 これらの分離株は、バンコマイシン耐性、VeroおよびHT-29細胞に細胞傷害性、およびマウスにおける腸病原性であった（3）。 C.innocuum病原性のこの再考では、株ATCC14501の完全なゲノム配列が必要です。＜8667＞＜2606＞イルミナおよびナノポアライブラリの両方のゲノムDNA（gDNA）は、37℃でトリプシン大豆ブロス中で嫌気的に成長した一晩培養からBiOstic bacteremia DNA isolation kit（Qiagen、Germantown、MD）を用いて抽出した。ligation sequencing kit SQK-LSK109（Oxford Nanopore、UK）を用いて非sheared gDNAから長読み取りシーケンシングライブラリを調製し、Flo-MIN106フローセルを用いてMinIONプラットフォーム上で配列決定した。 特に指定のない限り、すべてのソフトウェアにデフォルトパラメータが使用されました。 Guppy v3.4.5は、R9.4.1高精度モデルで呼び出し読み取りをベースにし、Qスコア、デマルチプレクシング、バーコードトリミングに基づいて読み取り品質フィル おおよその読み取りカバレッジは98×19,646読み取りの合計460.0Mbpでした。 読み取られたN50値は22,933ヌクレオチドであり、L50値は7,784読み取りであった。 ナノポアの読み取り品質は、pycoQC v2を使用して評価しました.5.0.21 (4).＜８ ６ ６ ７＞＜２ ６ ０ ６＞短読配列決定ライブラリを、Ｎｅｘｔｅｒａ Βキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃ Ａ）を用いてｇＤＮＡから調製し、ｖ３フローセルを用いてＩｌｌｕｍｉｎａ Ｍｉｓｅｑプラットフォーム上で配列決定し、４ ８ ２，３ ２ ７対の３ ０ １−ｂｐ シーケンシング-アダプターは、196.3Mbpのシーケンスを生成するために、機器上の読み取りからトリミングされ、おおよそのゲノムカバレッジは42倍 Ｉｌｌｕｍｉｎａの読み取り品質は、ＦＡＳＴＱＣ ｖ０． 整列における偽陽性変異体呼び出しを最小限に抑えるために、Illumina読み取りの品質トリミングは行わなかった（6）。

ゲノムをFlye v2.6を使用してナノポアリードパッシングQスコアフィルタリングで組み立て、単一の4.30Mb contig(7)を生成しました。 アダプターでトリミングされたIllumina読み取りは、BWA v0.7.17を使用してアセンブリに整列され、アセンブリエラーは、0.1(8,9)の–mindepth設定でPilon v1.23を使用して修正されました。 シリアルリードアライメントとピロン補正は、それ以上のアセンブリ補正が生成されないまで三回行われました。 カスタムソフトウェア(Pilon Tools v0.1)(https://github.com/egonozer/pilon_tools)を使用して、残留ホモポリマーアセンブリエラーを識別し、手動で評価し、修正しました。 サーキュレーター v1.5重複する末端をトリミングし、ＤＮＡＡ遺伝子の開始部まで回転させることによって染色体の循環を確実にするために使用された（１ ０）。 最終アセンブリは4,718,906bpの長さおよび43.6%のGCの内容が付いている単一の染色体配列です。 注釈は、ＮＣＢＩ原核生物ゲノム注釈パイプライン（ＰＧＡＰ）ｖ４.１ １（１ １、１ ２）を使用して行った。