Colony PCR

Colony PCRは、プラスミド構築物中の挿入DNAの有無を決定するための便利なハイスループット方法です。 個々の形質転換体は、短い加熱ステップで水中で溶解するか、またはＰＣＲ反応に直接添加して、最初の加熱ステップの間に溶解することができる。 この最初の加熱ステップは、細胞からのプラスミドＤＮＡの放出を引き起こし、従って、それは増幅反応のための鋳型として役立つことができる。 挿入ＤＮＡを特異的に標的とするように設計されたプライマーを使用して、構築物が目的のＤＮＡ断片を含むかどうかを決定することができる。 あるいは、挿入物に隣接するベクター ＤＮＡを標的とするプライマーを使用して、挿入物が正しい分子サイズであるか否かを決定することができる。 挿入特異的プライマーは、挿入DNAの特異性とサイズの両方に関する情報を提供することができ、ベクター特異的プライマーの使用は、同時に複数の構築物 コロニー PCRは挿入配向を決定するためにも使用することができる。 ベクター特異的プライマーと対になった挿入特異的プライマーを用いたプラスミドのPCR増幅は、挿入が正しい向きにある場合にのみ、特定のサイズのアンプリコンを生成するように設計することができる。 すべての実験設計において、PCRアンプリコンの有無および生成物のサイズは、アガロースゲル上のDNAサイズマーカーと一緒に電気泳動によって決定される。