ConSurf

はじめに

ConSurfは、相同配列間の系統発生関係に基づいて、タンパク質/DNA/RNA分子内のアミノ/核酸位置の進化的保存を推定するためのバイオインフォマ アミノ（または核酸）の位置が進化的に保存される程度は、その構造的および機能的重要性に強く依存しており、急速に進化する位置は可変であり、徐々に進化する位置は保存されている。 従って、同じ家族からのメンバー間の位置の保存の分析は頻繁に蛋白質（か核酸）の構造のための各位置の重要性をまたは明らかにすることができますfunction.In コンサーフ、進化速度は、タンパク質（DNA/RNA）とその同族体との間の進化的関連性に基づいて推定され、置換マトリックスに反映されるようにアミノ（核酸）酸 他の方法と比較してConSurfの利点の一つは、経験的ベイズ法または最尤（ML）法のいずれかを使用して進化速度の正確な計算です。

方法論

アミノ酸または核酸配列（3D構造から抽出することができる）を与えられ、ConSurfはBLAST（またはPSI-BLAST）を用いて近い相同配列の検索を行う。 ユーザーは、いくつかのデータベースのいずれかを選択し、ホモログを定義するための基準を指定することができます。 ユーザはまた、ＢＬＡＳＴ結果から所望の配列を選択することができる。 配列はクラスター化され、非常に類似した配列はCD-HITを使用して除去される。 相同配列の多重配列アライメント（ＭＳ Ａ）は、ＭＡＦＦＴ、ＰＲＡＸＫ、Ｔ−ＣＯＦＦＥ、ＭＵＳＣＬＥ（デフォルト）またはＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して構築される。 その後、MSAはrate4Siteプログラムで実装されている近隣結合アルゴリズムを使用して系統樹を構築するために使用されます。 位置固有の保存スコアは、経験的ベイズまたはMLアルゴリズムを使用して計算されます。 連続保存スコアは、最も可変位置（グレード1）色のターコイズから、中間保存位置（グレード5）色の白、最も保存された位置（グレード9）色の栗色まで、可視化のため 保存スコアは、タンパク質/ヌクレオチド配列とMSAに投影されます