CRISPRゲノム編集のためのgRNAを設計するには？

gRNAは、二本鎖切断を行うためにCRIPR Cas9システムを右のゲノム位置に誘導する。ＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓ９系の標的化特異性は、ｇＲＮＡの５’末端の２ ０ヌクレオチドによって決定される。 標的配列とCas9ヌクレアーゼの相補鎖に対するgRNA塩基対は二重鎖切断を行う。

gRNAを設計する際には、以下のことを考慮する必要があります。

1)GC含有量: 典型的な範囲は40%-80%の間にあります。 GC含量が高いほどRNA-DNA二重鎖が安定化し、オフターゲットハイブリダイゼーションが不安定化する

2)長さ:長さは17-24塩基対の範囲で調整できます。 シーケンスを短くすると、オフターゲットエフェクトが最小化されます。 (17bpは、ガイド配列の長さの下限であり、ガイド配列の長さが17より短い任意の長さは、複数のゲノム遺伝子座を標的とする統計的チャンスを有する。)

3)潜在的なオフターゲット効果:ミスマッチ耐性とターゲットサイトは、オフターゲット効果につながるものです。 これは、ゲノムワイドオフターゲット効果検索によって減少させることができます。

gRNAsの設計に役立つ多くのウェブサイトがあります。 そのうちのいくつかはChop Chop（Harvard）、Broad Institute sgRNA designer、Biotoolsです。

ここでチョップチョップウェブサイトの使い方を説明しています、

1)に行くhttps://chopchop.cbu.uib.no/

2) 種を選択

3)種固有の遺伝子idを選択するか、目的のヌクレオチドをカット＆ペーストし、分析を開始します。

分析が完了すると、サイト固有のgRNAのグラフィック表現が表示されます。 各潜在的なgRNAはまた、可能なオフターゲット効果を示します。 オフターゲットエフェクトの少ないものを選択します。