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計算・システム生物学

計算・システム生物学の分野は、生命科学、物理科学、計算機科学、工学からのアイデアとアプローチの合成を表しています。 ヒトゲノムプロジェクトや生物学的サンプルのプロービングへの超並列アプローチを含む生物学の最近の進歩は、システムの観点から生物学的問題を理 システムのモデリングと設計は工学分野では確立されていますが、生物学では新しいものです。 計算およびシステム生物学の進歩には、生物学と医学の問題を解決するために、工学とコンピュータサイエンスの原則とツールを適用するスキルを持つ学際的なチームが必要です。 この新たな分野での教育を提供するために、計算システム生物学（CSB）プログラムは、生物学、工学、数学、およびコンピュータサイエンスにおけるMITの世界的に有名な分野を統合しています。 プログラムの卒業生は、新しい発見をし、新しい方法を開発し、新しいパラダイムを確立するために独自に準備されています。 彼らはまた、この分野がますます重要になっている学界と産業界の両方で重要なリーダーシップの役割を担うために十分な立場にあります。

MITのCSB

計算およびシステム生物学は、MITで実践されているように、記述、蒸留、および設計の”3Ds”を中心に編成されています。 多くの研究プログラムでは、体系的なデータ収集を使用して、1つ以上の定義された状態のシステムの詳細な分子レベルまたは細胞レベルの記述を作 生物学的システムの複雑さと相互作用するコンポーネントとパラメータの数を考えると、システムモデリングは、必須または最も重要なサブシステム、コンポーネ システムの蒸留は、ロバスト性、モジュール性、進化可能性などの進化的および工学的原理に関連してモデルの解釈可能性を高めることができる。 得られたモデルはまた、システムの理解をテストしたり、（例えば、治療介入のために）システムの動作を変更するために摂動の合理的な設計を容易に

CSB Faculty and Research

MITのComputational and Systems Biology Initiative（CSBi）には、研究所の70人以上の教員が参加しています。 これらの研究者は、理学部と工学部のほぼすべての部門に及んでおり、CSBの学生には、さまざまな研究室で論文研究を追求する機会を提供しています。 また、専門分野の異なる教員による共同監督を受けて、共同論文プロジェクトを手配することも可能です。 活発な研究分野は、計算生物学とバイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質ネットワーク、調節ゲノミクス、分子生物学、計装工学、細胞と組織工学、予測毒性学と代謝工学、イメージングと画像情報学、ナノ生物学とマイクロシステム、生物学的デザインと合成生物学、ニューロシステム生物学、癌生物学が含まれています。

CSB PhDプログラム

CSB PhDプログラムは、生物学、生物工学、電気工学、コンピュータサイエンスの部門が共同で開発した研究所全体のプログラムです。 このプログラムは、生物学、工学、および計算を統合して、生物学的システムの複雑な問題に対処し、CSB PhDの学生は、研究所全体のCSBi教員と協力する機会を得 カリキュラムは、単に現在のアプローチの実践者ではなく、将来のツールや技術のクリエイターになるために学生を奨励するための基礎的な材料に強 申請者は、生物学（または関連分野）、バイオインフォマティクス、化学、コンピュータサイエンス、数学、統計、物理学、または工学分野の学士号を取得している必

CSB大学院教育

すべての学生は、生物学と計算生物学のクラスと、科学文献に基づく計算とシステム生物学のクラスを含むコアカリキュラムを追求 理工学の高度な選択科目は、各学生の教育の幅と深さの両方を強化します。 初年度は、コースワークに加えて、複数の研究グループでローテーションを行い、この分野のフロンティアでの仕事に幅広い露出を得たり、論文研究を行うのに適した研究室を特定したりします。 また、CSBの学生は、さらに彼らの教育とコミュニケーションスキルを開発し、分野間の相互作用を容易にするために、二年目の一学期の間にティーチングア 学生はまた、現代の科学研究の複雑さと要求のためにそれらを準備するために、研究の責任ある行動の訓練に参加します。 授業、資格試験、論文研究、論文の準備を含むプログラムの総期間は、約五年です。

カリキュラム

CSBカリキュラムには二つのコンポーネントがあります。 第一は、生物学と計算生物学の両方の基礎的な知識を提供するコアです。 第二は、CSB大学院委員会のメンバーと協議して、各学生によって選択された選択科目のカスタマイズされたプログラムです。 目標は、学生が関心のある個々の領域を定義する際に広い緯度を可能にすると同時に、訓練が厳格かつ徹底していることを確認するための監督と指

コアカリキュラム

コアカリキュラムは、異なる研究グループの三つの研究回転のセットに加えて、三つの教室科目で構成されています。 授業科目は、以下の3つの分野に分類されます。

現代生物学（一つの主題）：MITの現代生物学の用語は、プログラム内のすべての学生の生物学の基盤を強化します。 生化学、遺伝学、細胞生物学、分子生物学、または神経生物学の科目は、この要件を満たしています。 各学生が取る特定のコースは、その背景に依存し、大学院委員会のメンバーと協議して決定されます。

計算生物学（一つの主題）：計算生物学の用語は、配列、構造、およびシステムデータの分析とモデリングを含む生物学への計算の適用における背景を学生 この要件は、計算およびシステム生物学の7.91/20.490基盤によって満たすことができます。

計算-システム生物学のトピック（一科目）: プログラムのすべての初年度の学生は、/7.89計算およびシステム生物学のトピックに参加します,詳細な議論と選択された主要な研究論文の批判的 この科目は、クラスの中で強力なコミュニティを構築するために、CSBまたは関連分野の博士課程の一年生に限定されています。 このような制限を持つプログラムの唯一の主題です。

研究グループの回転（三回転）: 研究室の選択を支援し、計算とシステム生物学の研究活動の範囲を提供するために、学生は彼らの最初の年の間に一から二ヶ月の期間の三つの研究 学生は、MITで異なる分野にわたって取られた実験的および計算的アプローチの経験を得ることが奨励されています。

高度な選択科目

四つの高度な選択科目の要件は、幅と深さの両方を開発するように設計されています。 選択科目は、多様なコアの基盤に追加し、学生の関心と研究の方向性に関連する分野で強さを貢献します。 深さを開発するためには、四つの高度な選択科目の二つは、同じ研究分野または部門になければなりません。 幅を開発するには、選択科目の少なくとも一つは、工学と科学の少なくとも一つでなければなりません。 各学生は、大学院委員会のメンバーと緊密に協議して、分布と地域の要件を満たす高度な選択科目のプログラムを設計します。

追加科目: MITの他の博士課程の学生にとって典型的なように、CSB PhDの学生は、上記の必要な多様なコアおよび高度な選択科目を超えたクラスを取ることができ これらの追加科目は、提案されたカリキュラムに幅や深さを追加するために使用することができ、後年の学生の論文研究に関連する高度なトピック CSB大学院委員会は、各大学院生と協力して、彼または彼女の背景や研究の興味に適したカリキュラムを通じてパスを開発します。

研究の責任ある行動の訓練: プログラムを通して、学生は研究の倫理的行為の訓練を提供するワークショップやその他の活動に出席することが期待されます。 これは、異なる分野がしばしば非常に異なる哲学と慣習を持つ計算生物学やシステム生物学のような学際的な分野で特に重要です。 四年目の終わりまでに、学生は研究の責任ある行動に訓練の約16時間を持っていたでしょう。

: コースワークと研究論文に加えて、各学生は、二年目の終わりまたは三年目の初めに書面および口頭の予選試験に合格しなければなりません。 筆記試験は、学生の論文研究に基づいて研究提案書を作成し、審査委員会に提出することを含みます。 このプロセスは、新しい研究アイデアと研究プロジェクトの範囲の洗練を取り入れ、論文研究のための強力な基盤を提供します。 口頭試験は、取られたコースワークと関連する出版された文献に基づいています。 予選試験は、選択された領域（論文研究の領域）の深さだけでなく、計算およびシステム生物学の分野全体の知識の幅を開発し、実証するように設計され

論文研究：研究は、CSBi教員の監督の下で行われ、コミュニティと論文防衛委員会の前に書かれた論文とその口頭防衛の提出に最高潮に達します。 二年目までに、学生は、彼らが毎年会う論文諮問委員会を形成しているでしょう。