健康なインド人被験者の腸から単離されたCollinsella aerofaciensの完全なゲノム配列 | Jiotower

ゲノム発表

細菌Collinsella aerofaciensは、植物および動物起源の炭水化物の範囲を発酵させ、ヒト結腸でH2、エタノール、短鎖脂肪酸、および乳酸を産生する能力でよく知られている(1)。 C.aerofaciensは人間のコロンの乳糖の主要なutilizerです。 いくつかの研究では、CollinsellaとBifidobacteriumが宿主の胆汁酸を改変して腸内病原体の病原性と病原性を調節できることが示されました(2)。 最近では、コリンセラの変化した豊富さはまた、ホスト血漿コレステロールレベル（に影響を与える可能性があることが報告された3）。 健康と病気におけるc.aerofaciensの重要性を理解するためには、そのゲノムレパートリーを探索し、潜在的に宿主の生理学に影響を与える機能を特定することが重

本研究では、C. ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ株ｉｎｄｉｃａを健常成人インド人の糞便試料から単離した。 約500mgの糞便サンプルは、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）の1mlに再懸濁し、同じ緩衝液中で連続的に希釈し、5％（vol/vol）除細動羊の血液を補充したprereducedトリプチカーゼ大豆寒天プレート（pH7.3）にメッキした。 細菌細胞は、四つまたは五つのガラスビーズ（3.00mm）を使用してプレートの表面に広がった。 プレートを、８ ０％Ｎ２、１ ０％ＣＯ２、および１ ０％Ｈ２で満たされた嫌気性ワークステーション（Ｗｈｉｔｌｅｙ ＤＧ２ ５ ０）中で３ ７℃で４ ８時間インキュベートした。 Cの単一コロニー。 ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓを５ｍｌのトリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で４ ８時間増殖させた。 Ｃ．ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ細胞を、２ｍｌの培養物から遠心分離（８，０ ０ ０×ｇ、３分間）により回収し、ゲノムＤＮＡをＴＨＳＴＩ法（４）により抽出した。

C.aerofaciensの全ゲノム配列決定は、Illumina(HiSeq2500system)とOxford Nanopore Technologies(MinION)の2つの異なるDNA配列決定プラットフォームを利用して行われました。 SPAdesツールは、エラー修正された長いナノポア読み取りとIllumina読み取りを組み立てるために使用され、単一のコンティグを生成しました。 Ｃ．ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓの組み立てられた完全ゲノム配列をＳａｎｇｅｒ配列決定により評価した。 C.aerofaciens株インディカの完全なゲノムは2,306,349bpの長さであり、60.1％のGC含量である。

C.aerofaciensの2.30Mbのゲノム配列の解析により、1,995個の遺伝子が同定され、そのうち75個のRNAコード遺伝子が同定された。 ゲノムに276のサブシステムがあり、蛋白質（231の開いた読書フレーム）、炭水化物（226ORFs）、アミノ酸（200ORFs）、補因子およびビタミン（102ORFs）の新陳代謝機能と富む。 C.aerofaciensゲノムはまた、脂肪酸、脂質、およびイソプレノイド代謝機能（56Orf）で富化されています。 しかし，ｃ．ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓゲノムにはβ-ラクタマーゼ，テトラサイクリン耐性，リボソーム保護機能，多剤耐性流出ポンプなどの抗生物質耐性遺伝子があるが，病原性，病原性，疾患発症のサブカテゴリについては遺伝子は検出されなかった。 C.aerofaciens株インディカの完全なゲノム配列は、相応の生物学とインドの被験者の腸内での優位性の分子基盤のより良い理解に貢献します。