PubChemの物質と化合物の違いは何ですか？

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PubChemユーザーは、物質と化合物の違いについて尋ねることがあります。 「物質」と「化合物」という名前だけでは本質的に違いを伝えていないので、疑問は驚くべきことではありません。 PubChemの用語では、物質は単一の供給源によって提供される化学サンプルの説明であり、化合物は、一つ以上の貢献した物質に見られる正規化された化学 化合物、物質、およびバイオアッセイ：pubchemは三つの別々のデータベースに編成されているように区別が重要です。 下の図は違いを説明していますが、これをさらに調べてみましょう。

PubChem3DBs

pubchemのさまざまなデータベースを理解するには、情報がどこから来たのかを知ることが役立ちます。 PubChem(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)は、化学物質とその生物学的活動に関する情報のオープンアーカイブです。 データは、出版社、研究者、化学ベンダー、製薬会社、および重要なケミカルバイオロジー資源の数を含む、何百もの貢献者（http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ソース/）によって提供されています。 これらのデータソースのそれぞれは、それらが情報を持っている化学物質サンプルの説明を貢献しています。

PubChemは、これらのコミュニティ提供のサンプル記述を”物質”と呼んでいます。”PubChem Substance database(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance)にある各レコードには、特定の化学物質に関する個々の貢献者によって提供された情報が含まれています。 物質の記録は互いに独立しています。 （同じまたは異なるプロバイダからの）二つの異なる物質記録は、同じ化学構造に関する異なる情報を提供することができます。 例えば、ある物質レコードはアスピリンの生物学的役割についての情報を与え、別の物質レコードはアスピリンの研究グレードのサンプルについての情報を与えるかもしれない。 物質データベースは、PubChemの化学物質情報の出所を維持しています。 これは、ユーザーが何を提供した人を見るのに役立ちます。 その結果、特定の分子に関する多くの物質記録が存在する可能性があり、分子に関する情報の集約されたビューに興味があるユーザーにとって問題を提 ここで、PubChem複合データベース（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound）が登場します。
PubChem substance vs compound
化合物データベースは、Substanceデータベースに記載されている化学構造内容に由来しています。 各化学物質は、一連の検証および正規化ステップを使用して計算的に検査されます。 このプロセスは、物質レコードの化学構造の正規化された表現になります。 完全に記載されていない、または正規化手順に失敗した物質データベース内の化学物質は、化合物データベースには含まれていません。 化学構造正規化手順に合格した物質データベース内の物質は、化合物データベース内の”化合物”レコードにリンクされています。 二つの物質が同じ化学構造を参照する場合、それらは同じ化合物を指す。 これにより、異なる物質データプロバイダーからのデータを共通の複合レコードを介して集約することができます。 しかしながら、別々の物質記録を有することは、例えば、物質の起源または化学物質の特定の状態（例えば、異なる互変異性形態）に興味があるかもしれないユー 本質的には、PubChem化合物データベースの主な目的は、PubChem物質データベースに格納されている寄託者が貢献した化学構造の内容の”非冗長”ビューを提供することです。

では、冒頭で提起された質問に答えるために、物質と化合物の違いは何ですか？ 物質とは、特定のPubChemデータ提供者から提供された化学物質サンプルの説明です。 化合物は、1つまたは複数の貢献した物質の説明に見られる正規化された化学構造表現です。

このトピックの詳細を読むには、次のリンクを検討してください:

  • PubChemヘルプ(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ヘルプ.html#Pubchem_Overview)
  • PubChem Substance/Compound Summary Page Help(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
  • Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
  • PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).

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