단백질체학을 통한 비뇨기 계통의 염증 및 감염 진단

소변 진단 목적을위한 소변 단백질체 데이터를 평가하기위한 샘플 출처

이 연구에서 프로파일 링 된 120 개의 소변 샘플 수집은 특정 질병의 진단,진행 평가 또는 치료에 국한되지 않았습니다. 급성 손상,질 출혈,현기증/메스꺼움,고지혈증,제 2 형 당뇨병 및 관련 합병증,복통/메스꺼움,불특정 고혈압,방광 고혈압,특발성 다뇨증 및 요로 감염 의심. 요로 감염은 앞서 언급 한 임상 증상(예:복통/메스꺼움)및 위험 요인(예:당뇨병)과 관련된 매우 널리 퍼진 전염병이기 때문에 이러한 표본에서 세균 뇨증 또는 요로 감염의 빈번한 진단을 예상했습니다. 단백질 분석은 소변 검사 보고서가 세균으로 인한 요로 감염에 대한 잠정적 지원을 제공하는 표본으로 제한되었습니다(방법 참조). 우리는 무증상 세균 뇨의 특정 진단을 사용할 수 있는 경우에 소변 표본을 분석 하지 않았다. 모든 120 샘플에 대 한 광범위 한 데이터 얻은 했다. 여기에는 계량 봉 검사,다양한 세포 유형 및 점액에 대한 소변 퇴적물의 현미경 검사,그리고 46%의 경우 소변 배양 데이터가 포함되었습니다. 탁도,색상 및 소변 펠렛 색상 및 부피와 같은 소변 외관에 대한 데이터도 검토되었습니다. 소변 검사 결과를 통해 요로 질환을 진단하는 기존 방법을 메타 프로 테오 믹 설문 조사의 데이터와 종합적으로 비교할 수있었습니다(추가 파일 3:표 3).

호 중구,타고 난 면역 반응의 지배적인 효과 요로,많은 샘플에서 염증의 높은 수준에 대 한 계정

단백질 데이터 효과기와 요로에 염증의 메신저로 호 중구의 중요 한 역할에 대 한 강력한 증거를 굴복. 호중구는 분비 과립에서 항균 및 염증 분자를 방출하여 식균 작용 후 파골 리소 좀에서 침입하는 병원체를 생산하고 죽입니다. 호중구(111 건 중 23 건,그림 1 의 호중구 1 군집)와 세포 골격과 관련된 것과 유사한 호중구 특이 적 단백질 수량을 가진 두 군집(25 건,그림 1 의 호중구 2 군집)에 의해 지배되는 인간 단백질 풍부 프로파일을 가진 4 개의 표본 군집을 확인했다. 세포 골격 단백질은 비뇨 생식 기관을 일렬로 세우는 상피 세포에서 높게 표현되고 오줌 지역에 있는 이상 생리학적인 조건이 없을 경우에 오줌 앙금 프로테옴의 대부분을 구성합니다. 48 개의 나드 군집 프로파일 중 35 개는 지.베날리스를 포함한 요병원원인의 신원에 대해 양성이었는데,이는 각 환자의 염증에 대한 주된 이유가 세균 뇨증 및 침입하는 미생물에 대한 면역 반응이라는 사실을 나타낸다. 연결 트리에서 나 드 클러스터 간의 거리에 대 한 이유는 샘플 당 200 1500 신분증에 이르기까지 식별 된 인간 단백질의 수에 상당한 변화 했다.

110 개의 샘플에 대한 비뇨기 펠렛 단백질 프로파일의 계층 적 클러스터링 분석. 계층적 클러스터링은 양적 인간 단백질 데이터세트에서 맥스퀀트 소프트웨어의 정량 분석 방법을 사용하여 수행되었다. 데이터 집합 피어슨 상관 분석 샘플 잎 순서 최적화 및 전체 연결 클러스터링 소프트웨어 도구를 사용 하 여 복종 했다. 우리는 최대 샘플의 표시 계층 트리에서 단백질 풍부 열 지도 제거. 왼쪽 패널의 아래쪽은 트리 연결과 관련하여 오른쪽 패널의 맨 위에 연결됩니다. 두문자어와 함께 그래픽의 맨 오른쪽에 표시된 샘플 클러스터 이름은 텍스트에서 자세히 설명합니다. 컬러 막대는 트리에서 각 샘플 클러스터의 유형,크기 및 위치를 나타냅니다.

단백질체 데이터에서 파생 된 호 중구 단백질 풍부 르 활동 및 백혈구 수와 잘 상관

이 연구에 대 한 주요 동기 소변 샘플에서 염증의 수준을 정량화 하기 위해 기존의 분석 실험에 비해 소변 퇴적물에서 파생 된 단백질체 데이터를 확인 했다. 그림 2 에 표시 된 플롯의 파란색 막대 세그먼트에 표시 된 대로 각 최대 샘플에 대 한 총 단백질 풍부를 기준으로 활성화 된 호 중구(추가 파일 2:표 대답 2)에서 높게 표현 될 것으로 알려진 35 단백질의 양을 결정 했다. 예기치 않게,상기 클러스터에 속하는 경우의 85%%는 30%이상의 호중구 단백질 함량(왼쪽에)그래프의 섹션에 있었다. 35 개의 단백질에는 5 개의 작용기가 포함되어 있습니다:칼슘 결합 100 패밀리 단백질 100-8,100-9,및 100-12 호중구의 총 세포질 단백질 함량의 40-50%에 기여합니다; 호중구 과립에서 염증 동안 방출되는 단백질,포함 골수 페 록시 다제,카 텝신 지,디펜신 -1,엘라 스타 제(엘란),리소좀(리즈),락토 트랜스페린 및 카테 리시 딘(캠프);그란 칼신을 포함한 파골리소 좀과 과립의 형성,인신 매매 및 융합에 연루된 단백질,플라 스틴 -2(플라 스틴 -2),아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 아넥신 호중구 이동은 세포 외 기질을 재구성하는 환경에서 호중구 이동에 영향을 미치는 단백질(예:인테그린 암/젤리나아제)및 호중구 콜라게나아제(젤리나아제)와 같은 세포 외 기질을 재구성하는 환경에서 호중구 이동에 영향을 미치는 단백질(예:인테그린 암/젤리나아제)및 호중구 콜라게나아제(젤리나아제)및 호중구 콜라게나아제(젤리나아제)및 호중구 콜라게나아제(젤리나아제)및 호중구 콜라게나아제(젤리나아제).; 이 효소는 식세포의 파골 리소 좀의 막에 위치하고 병원균을 직접 죽이는 산화 버스트를 담당합니다. 이러한 단백질 중 많은 부분,특히 디펜신-1 은 요로 감염의 증거가있는 샘플에서 매우 풍부했습니다. 두 경우에서 세균성 병원 균(사)와 피 미 라 빌리 스(오후)그리고,예기치 않게,그림 2 의 플롯에서 왼쪽에 위치 하 고 서로 인접 한 나 1 클러스터(그림 1). 우리는 이 데이터가 디펜신-1 과 같은 단백질이 또한 요로 세포에 의해 요로로 풀어 놓이는 사실을 고려하는 호중구의 대략 양을 반영한ㄴ다는 것을 인정합니다. 그러나,단백질 잎 순서에 대 한 최적화 된 계층적 클러스터링 분석 보여 주었다 이러한 단백질 그들의 생산에서 호 중구의 지배적인 역할의 개념을 지 원하는 서로 클러스터. 호산구 퍼 옥시 다제(엑스엑스)및 호산구 양이온 단백질(엑스엑스)둘 다 또한 병원 균에 대 한 응답의 효과 했다 크기 순서 덜 풍부한 호중구 유래 단백질 보다,따라서 염증 반응에 호산구의 주요 역할을 지원 하지. 요로에서 병원 체 침공 다음 급성 면역 반응에 참가자로 서 대 식 세포의 거의 부재를 제안 하는 더 낮은 수량에 존재 했다.

소변 펠렛 샘플의 총 프로테옴에 대한 호중구,보체 시스템 및 적혈구의 정량적 기여를 보여주는 단백질 프로파일. 그래프는 세 가지 생물학적 단백질 범주에 대한 총 프로테옴에 비해 합산 된 단백질 풍부도를 표시합니다. 엑스-축은 110 명의 인간 피험자와 연관된 상향 샘플의 식별자를 열거한다. 세 가지 범주는 활성화 된 호중구(파란색)에 의해 생성 된 단백질,적혈구에서 매우 발현되고 혈관 손상(녹색)에 방출되는 단백질 및 보체 시스템 활동 및 응고(빨간색)와 관련된 단백질을 나타냅니다. 모든 단백질의 정량화에 사용되는 방법은 맥스퀀트 소프트웨어 도구의 이바크 방법이다. 샘플의 순서는 왼쪽에서 오른쪽으로 감소,호중구 단백질 풍부를 기반으로합니다. 염증의 평가에 대 한 직접 비교를 허용 하기 위해 르 분석 결과 대 한 점수 샘플을 나타내는 각 막대 위의 그래픽에 포함 되었습니다. 아래 엑스 축,추가 막대는 어떤 샘플이 요로 감염(주황색 세그먼트),공생 박테리아(녹색 세그먼트)또는 박테리아 식별자 부족(색상 없음)을 유발하는 병원체의 식별자와 관련이 있는지 보여줍니다.

최대 샘플에서 선택된 호중구 단백질이 풍부합니다. 맨 오른쪽에있는 전설에 나열된 열세 단백질은 호중구 과립 단백질이다. 다른 세 가지 단백질은 피브리노겐-피브리노겐(피브리노겐,응고에 연루됨),헤모글로빈-서브 유닛(당화 혈색소 1)입니다.; 혈관 손상을 나타냄)및 우로 모 둘린(우모 드,건강한 기증자의 소변이 풍부함). 그 결과,이 두 가지 유형의 임상 증상은 다음과 같습니다. 또한,소변 샘플의 경미한 질 오염을 나타낼 수 있다. 질 출혈이 임상 적으로 진단됨에 따라 질 감염을 나타내는 것으로 나타났습니다. 요도질환은 요도질환이 거의 없는 것으로 나타났으며,따라서 요도질환의 가능성이 가장 높았다. 단백질은 전체 업 프로테옴에 대한 합산 이바크 값으로 나눈 각각의 경우에,이바크 방법을 사용하여 정량화 하였다.

도 2 의 플롯에서 호중구 단백질 양의 표현은 또한(추가 파일 3:표 3)에 제공된 나드(호중구 활성화 및 탈과립)점수에서 파생된다. 그림 2 는 각 샘플에 대해 음수(엔)에서 추적(티),1,2 및 3 에 이르는 르 점수를 포함합니다. 전반적으로 호중구 단백질 풍부도와 르 점수의 강한 상관 관계가 관찰됩니다. 그림 3 에서 8 개의 샘플에 대해 정량화 된 2 개의 호중구 프로테아제. 그래프의 왼쪽(그림 2)과 호중구 단백질 함량이 30%이상인 60 개의 샘플 중 53 개의 모든 프로파일은 2 또는 3 의 점수를 받았습니다. 호중구 단백질 함량이 23%미만인 40 개의 샘플 중 29 개는 음수에서 1 에 이르는 점수였습니다. 그러나 호중구 단백질 함량은 상대적으로 낮았다,미세한 백혈구 수는 높은 전력 필드 당 11 세포보다 컸다,농뇨을 정의하는 데 사용되는 임계 값. 전반적으로,11 셀에서 임계값을 설정 하는 백혈구 수의 비교에 약간 적은 동의 했다/호 중구 단백질 함량 30%이상:60 의 경우 14 카운트 했다.: 테이블 대답 3). 요약하면,프로테오믹스를 통해 소변 퇴적물에서 호중구 함량을 평가하는 것은 적어도 요로의 염증을 진단하는 르 분석 결과만큼 정확한 것으로 보인다. 그것은 호중구에서 풍성하게 한 35 의 단백질의 풍부의 합계를 측정하고 르 분석실험과 비교된 틀린 긍정적 결과에 보다 적게 감염되기 쉬울지도 모릅니다.

적혈구 단백질 함량의 풍부 혈관 손상의 진단 지표 역할을

요로에서 혈관 손상,일반적으로 염증과 관련 된 헤모글로빈에 대 한 딥 스틱 테스트와 기존의 소변 검사에서 적혈구의 현미경 계산으로 평가 됩니다. 적혈구에 뚜렷한 단백질의 높은 농축을 고려 하 고,우리는 혈뇨에 대 한 기존의 테스트에 해당 하는 단백질 접근 방식을 개발할 수 있었다. 헤모글로빈 하위 단위,밴드 3 음이온 수송 단백질,밴드 7 일체 막 단백질 및 탄산 탈수 효소-1 을 포함 하 여 32 적혈구 단백질의 합산된 풍부도 최대 각 샘플에서 총 단백질 함량에 대 한 결정 했다,그림 2 에 표시 된 플롯의 녹색 막대 세그먼트에 의해 표시. 이러한 단백질 양은 각 샘플에 대해(추가 파일 3:표 대답 3)에 다음과 같이 나열되어 있습니다. 요로의 호중구 침윤은 항상 중요 한 혈뇨 및 조직 손상을 수반 하지 않습니다. 혈뇨에 대한 임계 값을 계량 봉 검사의 경우 2+,심혈 관계 점수의 경우 4.5%로 설정하면 모든 경우의 81%가 동의했습니다. 점수가 동의하지 않는 21 의 경우를 위해,현미경 적혈구 조사는 사정되었습니다. 혈뇨의 증거로 높은 전력 필드 당 10 셀 보다 큰 수를 사용 하 여,우리는 경우의 3 분의 2 에서 현미경 분석 단백질 데이터와 일치 했다 발견. 우리는 단백질 성 소변 점수가 소변에서 혈뇨의 좋은 정량적 추정치를 제공한다고 결론 내립니다.

소변 샘플 보체 활동 및 응고에 연루 된 단백질에 농축

우리는 관찰 했다: 그림 대답 1). 이러한 염증 경로 공동으로 관련 된 단백질 풍부도 측정 하기 위한 이론적 근거 또한 광범위 한 기능 상호 작용의 보고서를 기반으로 했다. 우리는 42 단백질 보완 시스템 활동 및 응고(캐스)와 관련 된 누구의 합산된 풍부도에서 각 샘플에 대 한 캐스 점수로 포함 됩니다 확인(추가 파일 3:표 대답 3). 보체 시스템은 급성기 반응 및 선천적 면역에 기여하며 고유 한 구성 요소는 프로 또는 항염증제입니다. 중앙 구성 요소는 보완 구성 요소 씨 3. 신장 관 세포에 있는 생산 다음 혈액 플라스마 그리고 요로로 은닉됩니다. C3 역할을에서 요로 감염 그리고 통풍관으로 정의 UPEC 에 uroepithelial 셀 가능성과 관련된 임상 문제의 재발성 요로감염. 보체 활동과 응고에 연결된 단백질의 양이 호중구 단백질이 높지는 않았지만,호중구 분석은 트리에서 인접한 두 개의 샘플 클러스터를 생성했으며 총 12 개의 샘플 수가 상대적으로 풍부하다는 특징이 있습니다(그림 1 의 캐스 클러스터). 병원체 클러스터(3 의 12)에 대 한 신분증과 사례의 낮은 수를 밝혔다. 그림 2 에서 각 샘플(열)의 빨간색 막대 세그먼트로 나타낸 점수를 플롯했습니다. 높은 전체 수량의 호중구 단백질 보완 시스템(예를 들어,피브리노겐)에 의해 중재 하는 염증 활동을 제안 하는 높은 수량과 잘 상관 하지 않았다 고 응고(예를 들어,피브리노겐)병원 체 침입 또는 요로 환자에 노출 된 다른 스트레스에 따라 별도로 규제 될 수 있습니다. 높은 칼슘 및 에고 단백질 양은 더 자주 동시에 발생하는 것으로 관찰되었습니다. 많은 응고 및 보체 단백질은 실제로 혈장에 풍부합니다. 이 체액은 혈관 손상시 요로 내강으로 누출됩니다. 임상 실험실에서 거의 사용 되지 않습니다.

요 산 염과 관련 된 소변 침전 단백질 프로 파일

12 최대 샘플의 육안 검사 9 소변 샘플 매우 탁 하 고 10 소변 펠 릿 핑크-밝은 갈색 착색과 상대적으로 큰 것으로 나타났다. 이러한 기능은 요산의 높은 포화 수준과 요산 염의 침전에 연결되었습니다,특히 아래 산도에서 6,소변. 요산의 침전은 요로 결석 형성의 선구자 상태가 될 수 있습니다. 샘플의 흐린 모습 현미경 검사 법 중 박테리아로 서 침전을 식별 실수로 기여 가정 하는 것이 합리적입니다. 신장 결석의 발생을보고 한 임상 기록 만 사용할 수있었습니다. 이 환자에 대 한 단백질 프로 파일 캐스 클러스터,샘플의 시각적 기능 또한 명시 된 탁도 핑크-밝은 갈색 소변 펠 릿 색상의 일부가 아니었지만. 우리는 소변의 수용 성 부분에 상대적으로 풍부한 단백질 소금 침전에 바인딩하고 따라서 각각 샘플에 뚜렷한 단백질 풍부 패턴에 기여 가정 합니다. 실제로,소변에 일반적으로 용 해 하 고 일반적으로 소변 펠 릿에 낮은 풍부의 단백질 요로 감염 및 소금 침전의 증거 없이 컨트롤을 기준으로 일부 캐스 클러스터 샘플에서 풍부 하 게 증가 했다. 의 예는 같은 단백질 IgG γ-chain,AMBP(bikunin),그리고 차례로 γ-체인,그림과 같이 4. 헤모글로빈의 단백질 디펜신-1 과 서브 유닛의 당화 혈색소 1 과 당화 혈색소 가장 강하게 증가 했다 풍부에 대 한 데이터에 비해 _21. 그림 4 에 표시 된 대부분의 단백질 로컬 손상의 결과로 소변과 혈장에서 증가 하 고 급성 단계 응답에 기여 하는 것으로 알려져 있지만,이 데이터는 높은 양적 변동성을 보였다. 병리학 적 중요성,특히 요로의 손상은이 데이터에서 추론 할 수 없습니다. 프로테오믹 프로파일은 최근 요로 돌 매트릭스에 대해보고되었습니다. 돌 매트릭스에서 가장 자주 관찰되는 단백질 중에는 중쇄,피브리노겐 소단위,리소자임 씨,및 리소 자임,또한 그림 4 의 플롯에 표시된 단백질. 신장 결석 형성의 위험을 평가하기 위해 소변 염 침전물이 포함 된 소변 샘플에서 바이오 마커를 식별하기위한 단백질 분석의 가치를 평가하기 위해서는 추가 조사가 필요합니다.

소변에 있는 소금 강수의 기록을 가진 견본에 있는 선정된 단백질의 풍부. 그러나 소변 퇴적물은 요산 염 침전물을 암시하는 시각적 외관을 가지며 두 개의 캐스 클러스터에 존재했다. 락토 바실러스(락토 바실러스)는 염증의 부재를 나타냅니다. 신장 결석으로 진단 된 환자는 신장 결석으로 진단되었습니다. 도 3 의 전설에서 설명 된 단백질 이외에,다른 것들은 보체 성분이다.,세룰로 플라스 민(세룰로 플라스 민),플라스 미노 겐 활성제 억제제 -3(파이 -3),비쿠닌(비쿠닌),헤모글로빈(서브 유닛)및 면역 글로불린(감마). 이러한 단백질의 모든 조직 손상 및 병원 체 침입에 의해 일반적으로 시작 되는 급성 단계 응답에 연루 됩니다. 샘플 프로 파일 단백질 양의 높은 가변성을 보여 비록 별개의 급성 단계 단백질 샘플의 일부에서 컨트롤 성소 _21 에 비해 증가 했다.

소변이 완전히 멸균되지 않은 것으로 밝혀졌으며,비뇨기 미생물 군집의 개념은 흥미로운 연구 주제로 발전했습니다. 요도의 외부 부분,특히 여성의 경우 회음부 및 질 공급원의 박테리아로 식민지화 될 가능성이 있습니다. 여성 환자에게서 청결하 캐치 소변의 차선책 수집이 질 구멍에서 단백질과 공생 박테리아를 가진 소변의 오염 귀착될 수 있다 또한 분명합니다. 여기에 제시된 데이터에 의해 설명 될 수 있지만,상기 두 시나리오를 구별하지 않는다. 이 연구에서 얻은 요로 프로테옴 프로파일의 약 25%는 생리 학적으로 정상적인 환경(예:우로 모들린 및 사이토 케라틴)에서 소변으로 분비되는 단백질에 대해 풍부 해 졌거나 점막 표면에 의해 흘린 상피 세포에 의해 풍부하게 생성되었습니다. 4 개의 클러스터(그림 1),하나의 큰 클러스터 15 최대 샘플,두 가지 예외를 가진 여성 환자에서 파생 된 분석 확인. 상기 프로파일은 세포 골격 단백질(예를 들어,액틴 및 아넥신),데스 모 좀 단백질(예를 들어,데스 모 플라 킨 및 페리 플라 킨)및 각질화 된 세포 외피 단백질(예를 들어,사이토 케라틴,코르 눌린 및 작은 프롤린이 풍부한 단백질 3)의 높은 풍부함을 나타냈다. 처음 두 범주에 속하는 단백질은 요도 세포를 포함한 대부분의 세포 유형에 존재하는 반면,요도 및 질관에 위치한 층화 편평 상피는 이러한 모든 범주에서 단백질을 풍부하게 생성합니다. 소변 퇴적물의 현미경 검사에서 4 개의 클러스터에 존재하는 대부분의 샘플에 대해 점수와 함께 증가 된 편평 상피 세포 내용이 확인되었습니다. 요로의 물/전해질 균형에 기여하는 단백질인 우로모둘린은 또한 유세브 군집의 샘플에서 풍부했다. 질 박테리아(락토 바실러스 및 지.질)는 30 개의 샘플 중 22 개에서 확인되었으며,이들 샘플 중 5 개에는 박테리아가 없었다. 프로 테오 믹 데이터는 그림 2 의 그래픽에서 샘플의 위치에서 분명 나 드 점수에 따라 사례의 74%에서 유스 브 클러스터에 대 한 염증의 매우 낮은 수준을 확인 했다. (그림 3)를 제외 하 고 염증 관련 단백질의 낮은 풍부도 20%의 나 드 점수. 염증에 기여 하는 모든 단백질 덜 풍부 했다. 질 분비물은 비뇨기 및 질 영역에서 기회 주의적 병원체가 될 수 있습니다. 이러한 박테리아 종으로 강한 면역 반응의 부족을 표시 합니다. 우리는 단백질 분석 여성의 비뇨 생식 관에 감염의 부재의 증거를 제공 하 여 진단 값이 결론.

기회주의 병원체에 의한 요도 식민지

유스세브 클러스터에는 일반적인 요로 병원체가 확인 된 세 가지 사례가 포함되었습니다. 호중구 유발 염증 및 혈관 손상의 부재와 일치 했다. 이러한 두 가지 경우에 대 한 그림 3 에 표시 되는 단백질의 상대적 풍부도 및 성소수자 23 에 대 한 관찰 된 패턴과 그들의 유사성 요로 감염에 대 한 특성 면역 반응 박테리아에 의해 식민지에 따라 이끌어 낸 되지 않은 개념을 지원. 임상시험에 대한 분자 수준의 면역 반응에 대한 지식이 부족하기 때문에 무증상 세균 뇨증을 나타내는 지 여부를 평가할 수 없습니다. 요약하면,이 데이터는 단백질체 프로파일이 타고난 면역 체계의 활성화없이 요로 병원체에 의한 요도 식민지의 사례를 식별 할 수 있다는 개념을 뒷받침합니다.

비뇨 생식기 감염의 증거와 질 오염

세포 골격,데스 모 좀 및 각질화 된 세포 외피 단백질의 높은 풍부도를 특징으로하지만,질 단백질 함량이 이러한 샘플에서 증가했음을 시사하는 낮거나 중간 정도의 우로 모 둘린 양. 5 개의 단백질의 양적 비율을 계산 하였다. 이들 단백질은 코르니펠린,코르눌린,세르 핀 비 3,갈렉 틴 -7 및 프로테오글리칸 뮤신-5 비였다. 호중구-특정 프로 염증 분자와 같은 단백질 S100-A12 및 lysozyme(LYZ)과 단백질의 지표에 응답하거나 관상(HBA1 및 차례로-β,각각)상에서 풍부한 VCO 클러스터에 비해 USEv 와 같이 클러스터에 대한 KP_10 에 비해 LG_23 그림 3. 심실세동맥 클러스터에는 14 개의 샘플이 포함되어 있는데,모두 여성 환자에서 추출한 샘플을 제외하고 그 중 절반은 요로 병원체에 대한 이드와 관련이 있었다. 5 개의 샘플에서 지.질리스 또는 락토 바실러스가 확인되었습니다. 임상 증거에 따르면 환자의 질 출혈 샘플에 관한 것으로,비뇨 생식기 또는 질 감염의 진단을 뒷받침합니다. 추가 파일 3:표 3 에 포함되어 있습니다. 이 검사는 소변 표본의 주요 질 오염에서 아니오 또는 미성년자를 식별하는 데 유용하다는 것을 시사합니다. 요로감염과 질 감염을 구별할 수 있는 심실세동성질환 점수의 유용성에 대한 명확한 평가는 할 수 없습니다.

소변 퇴적물의 단백질 분석은 소변 배양

에 필적하는 민감도 및 특이성 수준의 미생물을 식별합니다. 소변 배양은 55 건에서만 수행되었으며,그 중 44%는 적어도 하나의 병원체,24%공생 유기체 및 17%가 미생물 성장을 나타내지 않았습니다(추가 파일 3:표 3). 병원체 식별의 맥락에서,단백질체 데이터 및 유전체 결과는 항상 일치하지는 않았다(표 1). 여러 가지 이유가 불일치에 기여하는 것으로 보인다. 확인 된 미생물 단백질을 기반으로 메타 단백질 데이터를 해석하는 문제는 다음과 같습니다. 첫째,덜 일반적인 요 병원체에 대한 단백질 식별자는 검색된 데이터베이스에서 단백질 서열이 없기 때문에 누락 될 수 있습니다. 이 데이터는 계통 발생 학적으로 가까운 종 엔테로 박터 에어로제네스와 에페시 움의 존재를 시사했다. 둘째,소변에서 낮은 풍부에 존재 하는 미생물 유기 체는 매우 풍부한 미생물의 존재에서 식별 하기 어려운,특히 미생물 종 직교 단백질 중 광범위 한 시퀀스 정체성을 공유 하는 경우. 특히 모든 요로 감염의 대부분을 일으키는 장내 세균과 관련이 있습니다. 부정확 한 게놈 주석(예: 누락 된 유전자,한 종(업 샘플에 존재)에 대해 관련 종의 게놈에 올바르게 주석이 달린 직교 단백질을 식별 할 수 있습니다(그러나 업 샘플에는 없음). 작은 트립 펩티드는 높은 시퀀스 정체성의 경우에 더 많은 가능성이 검색 알고리즘에 의해 잘못된 단백질 할당을 만드는 샷건 단백질 학적 분석에서 확인됩니다. 세 번째,소변에서 낮은 수에서 존재 하는 박테리아의 식별,미만~10000 세포/밀리리터,숙주 단백질 배경 결합 될 수 있습니다. 대조적으로,미생물의 단백질 식별은 문화 독립적이며 독성,항생제 내성,발생한 스트레스 및 식별 된 병원체에 대한 성장 상태에 대한 정보를 제공한다는 장점이 있습니다. 이러한 포괄적 인 데이터를 나타내는 두 가지 예가 제공됩니다(추가 파일 5:데이터 세트 대답 1). 그 결과,유산균과 유산균에 대한 연구가 진행되었다. 이 질병의 원인은 다음과 같습니다. 표 1 은 질산염을 감소시키는 능력에 기초하여 소변 내 장내 세균을 확인하는 아질산염 시험의 비교 개요 및 단백질체 데이터를 이용한 유체공학적 결과를 제공한다. 양성 아질산염 검사의 90%는 실제로 박테리아 뇨증의 원인균 인 폐렴과 관련이 있으며 변함없이 프로테옴 및 유체공학적 방법으로도 확인되었습니다. 단백질 분석과는 달리,아질산염 검사는 10 가지 경우에 장내 세균을 식별 할만큼 민감하지 않은 것으로 나타났습니다. 아질산염 검사는 프로테오믹 분석에서 나온 이드가 지 질라리스 인 21 가지 경우에서 양성 반응을 보이지 않았다. 에 관한 차이가 병원균 Id 을 통해 proteomic 대 UC 방법,β-연쇄상 구균 용혈성에 의해 확인되었 UC 실험은 세 가지 경우에는 반면 proteomic 데이터 제안의 존재 G.vaginalis. 표 1 에 나타낸 바와 같이,폐동맥질환 및 폐동맥질환에 대한 매칭 신분 확인의 수가 더 적었다. 요약하면,프로테오믹스 방법은 아질산염 테스트보다 높은 감도와 민감도 및 특이성 수준을 보여주었습니다. 소변 샘플에서 높은 숙주 단백질체 배경은 미생물 식별에 대한 민감도를 감소시킵니다.