보수적인 돌연변이에 중요 한 보기

추상

상동 단백질에 대 한 예측된 표면 구성 정보를 보완 하는 단백질 3 차원 구조 집합의 표면 구성을 분석 하 여 우리는 단백질 구조의 레이어 구성에 대 한 중요 한 증거를 발견 했다. 단백질의 가장 안쪽과 가장 바깥 쪽 부분에는 순 음전하가 있고 중간에는 순 양전하가 있습니다. 또한,우리의 연구 결과 보수적인 돌연변이의 개념 상당한 개정,예를 들어 매우 다른 공간 환경 설정 글루탐산 및 아스파르트 산에 대 한 발견 되었다 필요를 나타냅니다. 단백질 공학 프로젝트에서 자주 사용되는 알라닌 스크리닝은 알라닌이`중성’잔류 물이라는 가정에 따라 잔류 물을 알라닌으로 대체하는 것을 포함합니다. 그러나 알라닌은 비극성 잔기를 제외한 모든 것과 높은 음의 상관 관계를 가지고 있습니다. 따라서 우리는 예를 들어 알라닌과 부정적인 상관 관계가있는 잔류 물을 대체 할 수있는 세린의 사용을 제안합니다.

소개

펩타이드 사슬을 3 차원 단백질 구조로 접히면,일부 잔기는 극성 환경에서 접힌 단백질의 내부에서보다 비극성 환경으로 옮겨진다. 이 전달은 아미노산과 용매의 열역학적 특성에 의해 구동됩니다. 분자 진화 전반에 걸쳐 자연은 생성 된 단백질의 적절한 기능과 안정성을 선택했습니다. 중간 크기의 단백질에 작은—접힌 구조에서-단지 몇 잔류 물이 완전히 묻혀 있습니다(초티아,1976;밀러 등.,1987;피터슨 등. 1998),대부분의 잔류 물은 부분적으로 만 묻혀있다. 용매 접근성의 변화는 문제의 잔류 물의 특성에 따라 달라지며 단백질 구조 전반에 걸쳐 아미노산 조성에 반영됩니다. 용 매 접근성 프로필에서 이러한 차이 다양 한 구조 예측 방법(홀 브 룩 등.)에서 다양 한 응용 프로그램을 발견 했다. 1990;로스트와 샌더,1994;톰슨과 골드 스타 인,1996). 또한,환경 특정 치환 행렬의 사용(도넬리 외. 1994 년;Wako 및 Blundell,1994)을 입증했 가치가있다. 아미노산의 순차적인 이웃 이전에 조사 되었습니다. 1986)및 그 사용은 예를 들어,루프 예측(보이치크 외)에서 발견되었다. 1999 년)및 보조 구조 예측(추 및 Fasman,1978;Chandonia 와 카플러스,1999;Jones,1999). 잔류물 순차 이웃 환경 설정 간의 중요 한 상관 관계가 발견 되었다.

개별 잔류물 주변의 공간적 주변도 이전에 조사되었다(벌리 및 페츠코,1985;브라이언트 및 암젤,1987;미야자와 및 제르니건,1993;피터슨 외., 1999 ). 또한,공간적 접촉은 상이한 아미노산 상호 작용에 대한 접촉 전위를 유도하기 위해 연구되었다(브로 키 에리 및 칼린,1995;미야자와 및 제르 니간,1996,1999). 일반적인 전략은 주어진 거리 컷오프 내의 연락처 수를 연구하는 것입니다. 그러나,문학 거리 의존 연락처와 관련 된 잔류물의 용 매 접근성의 포함 된 정보를 활용 하 여 보고서의 조사 없는 것 같다.

소수성,매장 접촉 성향 및 예측 창에서의 위치 사이의 용매 접근성 상관 관계에 대한 2-상태 예측이보고되었다(무키엘리-조르기 외., 1999 ). 그러나 개별 잔류 물 분포 간의 상관 관계는 설명하지 않습니다.

올바르게 접힌 모델과 잘못 접힌 모델 구조를 구별할 수 있어야 합니다. 잠재적 인 에너지 기반 방법은 접힌 구조와 잘못 접힌 구조를 잘 구별하지 않는다는 것이 지적되었습니다. 그러나,매립 된 극지면과 같은 구조적 특징(오버 링턴 등. 1992 년)및 번호의 극 연락처(브라이언트와 Amzel,1987;Golovanov et al. 1999)는 가치있는 것으로 입증되었습니다.

단백질 공학에서 보수적 돌연변이의 개념이 자주 사용됩니다. 일반적인 아이디어는 유사한 물리 화학적 특성을 가진 다른 아미노산으로 아미노산을 대체하는 것이 단백질의 안정성과 기능에 영향을 미치지 않는다는 것입니다. 본 논문 유사한 잔류물에 대 한 공간 환경 설정(이 컨텍스트에서 용 매 접근성)비슷한 상황에서 단백질 구조에 극적으로 다를 수 있습니다 보여줍니다.

이웃 분석의 결과 모델 검증,구조 예측 위한 도구 및 특히 안정성 향상 돌연변이에 대 한 검색에 가이드로 유용할 것 이다.

방법

사용된 서열은 비-상동 구조의 25%서열 정체성 세트의 서브세트이다(호봄 외., 1992 ; 본 발명에 따른 단백질 구조 데이터뱅크(번스타인 외)의 유도체로서,본 발명에 따른 단백질 구조 데이터뱅크(번스타인 외)의 유도체로서,, 1977 ). 단일 사슬 단백질 서열 만 사용되었습니다. 결과 데이터 집합 25%의 최대 쌍으로 시퀀스 정체성 336 단일 체인 시퀀스로 구성 되었습니다. 하위 집합은 해당 파일의 사용을 통해 확장되었습니다(닷지 외., 1998 ). 총 데이터 세트에는 8379 개의 정렬 된 시퀀스 및 1 415 986 개의 잔기가 포함되었습니다. 이는 스위스 프로트 버전 34 의 모든 잔류 물의 6.7%에 해당합니다(바이 로크 및 에이프 와일러,1997). 서열의 길이는 64 와 1017 잔기 사이였다. 사용 된 엑스레이 구조의 해상도는 1.0 에서 3.0 사이로 다양했으며 평균 2.0 의 해상도였습니다. 또한,하위 집합에 의해 해결 된 31 개의 구조가 포함되어 있습니다. 그러나 모든 수소 원자 좌표는 폐기되었습니다. 동종 시퀀스를 사용 하 여 도입 가능한 바이어스에 대 한 확인 하려면 완전 한 분석 정렬된 시퀀스 없이 수행 되었다. 예상대로 두 데이터 세트 중 작은 크기가 줄어들어 더 많은 노이즈가 발생했지만 유의 한 차이는 관찰되지 않았습니다.

각 잔기의 공간 이웃 용 매 접근성 및 공간 거리에 따라 결정 했다. 용매 접근성은 각각의 용매 접근성으로부터 취해졌다., 1998 ). 각 표면 잔류물에 대해 이웃 표면 잔류물은 문제의 잔류물까지의 거리에 따라 그룹화되었다. 두 잔기 사이의 거리는 두 잔기에서 가능한 모든 원자 쌍 집합 중 가장 짧은 거리로 계산되었습니다. 우리는 가정 정렬 주요 시퀀스에서 이웃 또한 정렬된 시퀀스에서 이웃 하 고 솔벤트 접근성 보존(안 드 라 데 외. 1998;골드만 외., 1998 ). 유형 1 의 잔류 물 및 제이 사이의 예상 이웃 상호 작용 수는 다음과 같이 계산됩니다

여기서 사이 과 엑스 제이 아르 분율 아미노산 나는 과 제이 에 대한 데이터 세트 거리 범위 디 과에서 용매 접근성 보다 큰 컷오프 아크 과 엔 0 관찰 된 총 수입니다 이웃 연락처. 이 경우 점수는 다음과 같이 계산됩니다.

이것은 선호되지 않은 이웃 쌍에 대한 부정적인 점수와 선호 된 상호 작용에 대한 긍정적 인 점수를 제공합니다. 열역학적 매개 변수로 변환 할 수 있습니다.

단백질의 각 층에서 순 전하를 계산 하였다. 아스파르트 산과 글루탐산은 음전하를 띤 것으로 간주되고 아르기닌과 라이신은 양전하를 띤 것으로 간주됩니다. 히스티딘은 충전되지 않은 또는 긍정적으로 충전 된 것으로 간주됩니다. 상대 순 요금,2018 년 11 월 15 일,우리는 다음과 같이 정의합니다.

여기서 엔 포지티브 양성 잔기의 수,엔 네거티브 음성 잔기의 수 및 엔 총 그 특정 층의 잔류 물 수.

The PDB identification codes for the structures used are 1ptx, 2bbi, 1hcp, 1iml, 1cdq, 1vcc, 1nkl, 1tiv, 2abd, 2hts, 1tpg, 1fbr, 1pco, 1who, 1beo, 2ncm, 1fim, 1tlk, 1xer, 1onc, 1rga, 1erw, 1fd2, 1put, 1fkj, 1jpc, 1thx, 1jer, 1ccr, 1wad, 2tgi, 1pls, 1neu, 4rhn, 1rmd, 1hce, 1hfh, 1tam, 2pf1, 1bip, 1whi, 1yua, 1bp2, 1zia, 4fgf, 7rsa, 1bw4, 2vil, 1eal, 1rie, 1doi, 3chy, 1cpq, 1msc, 1mut, 1rcb, 1lzr, 1htp, 1lid, 1lis, 1lit, 1kuh, 1nfn, 1irl, 1poc, 2tbd, 1cof, 1pms, 1rsy, 1snc, 1eca, 1jvr, 2end, 1anu, 5nul, 1fil, 1jon, 1lcl, 1itg, 1tfe, 1maz, 1pkp, 1lba, 1vsd, 2fal, 1ash, 1def, 2hbg, 1div, 1gds, 1grj, 1i1b, 1ilk, 1rcy, 1sra, 1ulp, 1mbd, 1aep, 1jcv, 2gdm, 1phr, 1rbu, 1esl, 1hlb, 1mup, 1vhh, 1gpr, 1btv, 1cyw, 1klo, 1l68, 3dfr, 2cpl, 1sfe, 1huw, 5p21, 1ha1, 1wba, 1lki, 2fha, 1prr, 2fcr, 1amm, 1cid, 1hbq, 1cdy, 2stv, 153l, 1rec, 1xnb, 2sas, 1gky, 1knb, 1ryt, 1zxq, 1har, 1cex, 1chd, 2tct, 2ull, 1gen, 1iae, 1nox, 1rnl, 2gsq, 1cfb, 1dyr, 1nsj, 2hft, 1fua, 2eng, 1thv, 1hxn, 2abk, 9pap, 1lbu, 3cla, 1vid, 2ayh, 2dtr, 1gpc, 1dts, 1jud, 1emk, 1ois, 1akz, 1sgt, 1ad2, 1nfp, 1din, 1lrv, 1dhr, 1bec, 1lbd, 1dpb, 1jul, 1mrj, 1fib, 1hcz, 1mml, 1vin, 1dja, 2cba, 3dni, 1lxa, 1arb, 1rgs, 1tys, 3tgl, 1ako, 1eny, 1ndh, 2dri, 1xjo, 1drw, 1kxu, 2prk, 1cnv, 1tfr, 1ytw, 1iol, 2ebn, 1tml, 1han, 1xsm, 1pbn, 1amp, 1ryc, 1bia, 1vpt, 1csn, 2ora, 1ctt, 1bco, 1fnc, 1gym, 1pda, 1cpo, 1esc, 2reb, 1mla, 1sig, 8abp, 1ghr, 1iow, 2ctc, 1gca, 1sbp, 1ede, 1pgs, 2cmd, 1anv, 1gsa, 1tag, 1dsn, 2acq, 1cvl, 1tca, 2abh, 2pia, 1pot, 1vdc, 1axn, 1msk, 1hmy, 2bgu, 1ldm, 1dxy, 1ceo, 1nif, 1arv, 1xel, 1uxy, 1rpa, 2lbp, 3pte, 1uby, 1fkx, 1pax, 3bcl, 1air, 1mpp, 2mnr, 1eur, 1cem, 1fnf, 1pea, 1omp, 2chr, 1pud, 1kaz, 1mxa, 1edg, 2sil, 1ivd, 1pbe, 1svb, 1ars, 1oyc, 1inp, 1oxa, 1eft, 1phg, 1cpt, 1iso, 1qpg, 2amg, 1uae, 1gnd,2dkb,1gpl,1csh,4enl,1pmi,1lgr,1nhp,1gcb,1bp1,1geo,2bnh,3grs,1gln,1gai,2pgd,2cae,2aaa,1byb,1smd,2myr,3cox,1dpe,1pkm,1ayl,1crl,1ctn,1clc,1tyv,2cas,1ecl,1oxy,1vnc,1gal,1dlc,1sly,1dar,1gof,1bgw,1aa6,1vom,8acn,1kit,1taq,1gpb,1qba,1alo 및 1kcw.

결과 및 토론

단백질 3 차원 구조의 서로 다른 층에서 하전 된 잔기의 분포와 총 순 전하가 그림 1 에 나와 있습니다. 단백질의 가장 안쪽과 가장 바깥 쪽 부분에는 순 음전하가 있고 중간에는 순 양전하가 있습니다. 용매에 음으로 하전 된 가장 바깥 쪽 층을 노출하는 교류 전하를 가진이 명백한 3 층 구조는 흥미 롭습니다. 그런 조직은 광선 책임 중화의 어떤 수준을 장악하고,단백질의 단단한 패킹에 가능하게 공헌할지도 모른다. 마찬가지로 지상 층의 이 책임 조직은 접히는 사건 도중 중요한 정전기 지도를 제공할 수 있었습니다. 반대로,산도를 적정 잔류물의 부분 집합이 충전되지 않은 산성 또는 알칼리성 조건으로 변경하면 단백질 표면의 잔류물의 패킹이 불안정해질 것입니다. 매장 된 산성 아미노산은 여러 가지 단백질 구조에서 발견 될 수 있으며 이러한 잔류 물은 예를 들어 트립신(맥그래스 등)에서 중요한 기능적 역할을합니다.,1992),리보핵산 분해효소 T1(Giletto 고 속도,1999)및 thioredoxin(다이슨 et al. 1997;바브 나니 외., 2000 ). 보고 된 3 레이어 구조 정렬된 시퀀스 없이 관찰 되 고 따라서 단백질 가족 내에서 매장,충전 그룹의 보존에 의해 도입 된 바이어스에 의해 발생 하지 않습니다.

각 유형의 잔류 물 주위의 공간적 이웃은 용매 접근성에 대한 차별없이 계산되었습니다. 트립토판과 시스테인의 주목할만한 예외와 함께,아미노산은 동일한 잔류 물 유형에 대한 공간적 이웃으로 자주 관찰되지 않았습니다. 이 추세는 거리 차단(결과 표시 되지 않음)의 선택에 의존 하지 않았다. 분포의 차이는 8,000,000,000 거리 컷오프에 대한 다른 아미노산 사이에 현저하게 작았 8,000,000,000 은 분포가 중앙 잔류 물의 성질과 독립적이되기에 충분한 거리임을 시사한다. 이 관찰은 상세히 조사 된 이웃들 사이의 가장 큰 거리로 8,000,000 의 사용으로 이어졌다.

도 2 는 적어도 20%의 용매 접근성을 갖는 이웃 쌍에 대한 트립토판,글리신,알라닌,프롤린,세린,히스티딘,라이신 및 아스파르트 산을 포함하는 모든 아미노산 이웃 쌍에 대한 점수 값을 나타낸다. 다른 아미노산에 대한 결과는 홈페이지(http://www.bio.auc.dk/)에서 확인할 수 있습니다. 점수 값은 다른 용매 접근성 컷오프에 대해 유사하게 계산되었습니다. 방향족 잔류 물 트립토판은 동일한 잔류 물 유형(다른 하나는 시스테인)과의 접촉에 대한 명확한 선호를 보여주는 단지 두 개의 잔류 물 중 하나입니다. 또한 다른 방향족 잔기와의 상호 작용이 바람직하다. 흥미롭게도 트립토판과 두 개의 산성 잔류 물(아스파르트 산과 글루탐산)사이의 상호 작용은 다르게 보입니다. 트립토판 및 글루탐산은 예상보다 덜 빈번하게 관찰되는 반면,트립토판 및 아스파르트 산에 대해서는 반대가 관찰된다. 글리신은 동일한 잔류물 유형을 가진 상호 작용을 위한 전형적인 부정적인 점수를 보여줍니다. 또한,글리신하지 않는 것이 이웃에서 가까운 공간 동네(≤3.5Å). 가까운 이웃에 대한이 과소 표현은 프롤린에 대해 더욱 명확합니다. 우리는 프롤린 잔류물이 루프에 대한 선호의 표시로이 아래 표현을 해석. 그것의 주변에 있는 다른 아미노산과의 상호 작용의 부족은 용해력이 있는 분자로 인 대부분의 접촉을 가르킵니다. 그러나 프롤린은 더 큰 거리(4-5,000,000,000)에서 접촉이 풍부합니다. 히스티딘가에서 재미있는 그것의 흔적을 보여줍니다 그 향기로운 특성을 통해,기본 설정를 위해 연락처와 향기로운 잔류물(~3.5Å),그 polarisable 자연을 통해 원하는 연락처로 부정적인 잔류물(~3Å). 기본 아미노산 라이신은 예상대로 다른 라이신과의 접촉에 대한 명확한 부정적인 점수를 가지고 있습니다. 산성 아미노산과 유리한 정전기 상호 작용은 분명하다.

가장 흥미로운 쌍 상호 작용 중 일부는 그림 3 에 나와 있습니다. 그림 3 은 소금 다리 쌍 라이신-아스파르트 산을 나타낸다. 3,000,000 의 분리에서 볼 수있는 강력한 오버 표현은 고전적인 소금 다리 개념과 일치한다. 5.5~6 에서 관찰 된 대부분의 용매 노출 층에서 라이신–아스파르트 산 쌍의 과다 표현은 예상치 못한 것입니다. 우리는 단백질 표면에 충전 네트워크가이 관찰을 일으킬 수 있습니다 제안 합니다. 도 3 에서는 글루탐산–아스파르트 산 쌍에 대한 결과를 나타내었다. 가장 명백한 특징은이 쌍의 예상되는 과소 표현입니다. 그러나,단백질 표면에 가까운 동일한 제한이 존재하지 않는 것으로 보인다. 다시 우리는 표면 위치 충전 네트워크가이 관찰에 기여 하는 제안. 트립토판-글루탐산 및 트립토판-아스파르트 산이 도시되어있다. 아스파르트 산 돌연변이에 글루탐산이 보수적이다 일반적인 믿음은 관찰에 반하는 표시. 트립토판 글루탐산 쌍은 단백질의 높게 용매 드러낸 층에서 높게 밑에 대표됩니다. 놀랍게도,트립토판-아스파르트 산 쌍에 대해 동일한 것은 말할 수 없으며,여기서 3.5 내지 6 의 거리 간격에 대해 과다 표현이 관찰된다. 유사하지만 덜 뚜렷한 티로신–글루탐산 및 티로신–아스파르트 산 쌍에 대한 관찰이 이루어졌습니다. 페닐알라닌-글루탐산과 페닐알라닌-아스파르트 산 쌍 사이에는 유의 한 차이가 관찰되지 않았다. 글루탐산과 아스파르트 산의 유일한 차이점은 측쇄의 길이입니다. 트립토판과 티로신 모두에 공통적 인 것은 페닐알라닌과 달리 편광성입니다. 우리는 단백질 기능 정의에 관여하는 표면에 위치한 트립토판이 지역 정전기 환경에 의해 편광된다고 믿습니다. 비록 우리가 양적 설명을 제공할 수 없습니다,그것은 그럴듯 하 게 글루탐 산 및 아스파르트 산의 다른 사슬 길이 차이 트립토판에 근접에 선호를 넣을 수 있습니다. 아스파르트 산 측쇄 카르 보닐기 및 백본 카르 보닐기 사이에 유리한 상호 작용을 갖는 경향이 있음을 보여 주었다(딘 등.,1999),링과 같은 구조의 결과. 유사한 모양은 글루탐산을 위해 관찰되지 않았습니다. 히스티딘-아스파르트 산 및 세린–히스티딘 쌍이 도시되어있다. 이 세 잔기는 가수 분해 효소의 넓은 범위의 활성 사이트 잔기를 구성하기 때문에 그들은 특별한 관심을 가지고있다. 높은 용매 접근 영역에서 히스티딘-아스파르트 산 쌍의 오버 표현이있다. 이 거리는 활성 부위 크레바스에서 관찰되는 일반적인 거리보다 큽니다. 그러나,작은,하지만 중요 한,이상 표현 3 제 0 의 범위에서 가수 분해 효소에 고전 히스티딘–아스파르트 산 거리를 따릅니다. 그림 3 은 묻힌 히스티딘과 아스파르트 산 사이의 접촉에 대한 명확한 선호도를 보여줍니다. 우리는이 기능이 드 노보 촉매 사이트의 분자 진화의 중요한 부분이라고 생각합니다. 비 기능적 환경에서 가능한 촉매’트라이어드’를 저장하면 사이트를 활성화하는 데 필요한 아미노산 치환 수가 줄어 듭니다.

그림 3 층에서 가장 뚜렷한 특징은 높은 용매 노출 환경에서 세린-히스티딘 쌍의 명확한 과소 표현이다. 세린-히스티딘 쌍의 약한 과다 표현은 3 에서 볼 수 있습니다. 따라서 촉매 트라이어드의 존재는 분명히 대부분 히스티딘-아스파르트 산 쌍의 선호에 의해 결정되지만 세린-히스티딘 쌍은 비슷하지만 훨씬 약한 경향을 나타냅니다.

각 용매 접근성 층의 아미노산 조성을 결정하였다. 예상대로 단백질의 매장 된 부분은 더 많은 용매 노출 층보다 비극성 잔류 물의 높은 양으로 구성된다. 아미노산 조성 간의 상관 관계는 개별 구조 층의 조성 데이터로부터 계산되었다. 용 매 접촉 및 로컬 환경에 대 한 유사한 환경 설정을가지고 있는 아미노산은 그들의 분포에 비슷한 추세 때문에 높은 긍정적인 상관 관계를 보여줄 것으로 예상 된다. 따라서,음의 상관 관계를 나타내는 아미노산은 지역 환경에 대해 상이한 선호도를 가질 것이고,따라서 양립할 수 있는 것으로 여겨지지 않는다,즉,이 위치에서 이러한 유형의 단일 부위 돌연변이는 권장되지 않는다. 비 극성 잔기는 코어에 풍부 하 고 솔벤트 접근성 증가 일반적으로 비 극성 잔기 사이의 상관 관계가 긍정적인 점진적 감소를 보여(그림 4). 대조적으로,극성 잔류물은 높게 드러낸 부속에서 더 풍부하 그러므로 비극성 잔류물과 부정적으로 상관됩니다. 히스티딘과 트레오닌은 현저하게 다르게 행동합니다. 그들은 서로 긍정적 인 상관 관계를 보여 주지만 아르기닌과 글리신을 제외한 다른 열과의 상관 관계는 거의 없습니다. 이것은 매립 및 고도로 노출 된 영역 모두에서 히스티딘 및 트레오닌의 낮은 발생 및 중간 노출 층에서의 상대적으로 높은 발생에 의해 야기된다. 히스티딘은 두 가지 방향족 잔기,트립토판 및 티로신과 약한 극성 트레오닌 및 극성 아르기닌과 양의 상관 관계가 있습니다. 다시 우리는 방향족 속성 및 히스티딘의 전하 속성 모두의 표시로이 해석. 약하게 극성 잔기는 극성 및 비극성 잔기와 분포에서 동일한 명확한 유사성을 갖지 않습니다. 프롤린과 세린은 극성 잔기와 더 밀접한 관련이있는 것 같습니다. 약하게 극성 잔기 알라닌은 비극성 잔기에만 양의 상관 관계가 있습니다. 우리는 높은 긍정적인 상관관계를 가진 잔류물 사이 돌연변이 3 차원 구조의 열역학적 안정성을 유지의 높은 기회를 제안 한다. 이 충전 잔류 물에 특히 그렇다. 대조적으로,음의 상관 관계가 높은 잔류 물은 일반적으로 다른 물리적-화학적 특성을 가진 잔류 물이며,이는 단백질의 물리적 화학을 변경하지 않고 교환 할 수 없습니다. 비 상관 잔류 물은 구조에 특별한 역할을 가진 잔류 물,예를 들어 촉매 작용에 종종 관여하는 일부 잔류 물을 포함합니다. 우리는 우리의 연구에서 프롤린 극 지 잔류물 유사하게 동작 하는 관찰 프롤린 잔류물의 구조적 역할과 루프 및 회전에 대 한 선호와 관련 된 믿습니다. 단백질 공학 프로젝트에서 자주 사용되는 알라닌 스크리닝은 알라닌이`중성’잔류 물이라는 가정에 따라 잔류 물을 알라닌으로 대체하는 것을 포함합니다. 그러나 우리의 데이터는 알라닌이 비극성 잔류 물을 제외한 모든 것과 높은 음의 상관 관계를 가지고 있음을 보여줍니다. 따라서 우리는 예를 들어 알라닌과 부정적인 상관 관계가있는 잔류 물을 대체 할 수있는 세린의 사용을 제안합니다.

저자의 의견에 본 논문 단백질 구조 조직에 대 한 중요 한 새로운 정보를 제공 합니다. 단백질 표면은 각 층에는 그것의 특정한 구성 및 유래 특성이 있는 단백질의 다층 구조상 특징으로 전망되어야 합니다. 우리가 믿는이 간단한 키 관찰 용 매 노출 잔류물의 수정을 대상으로 하는 많은 단백질 공학 전략에 대 한 중요성의 있을 것입니다.

노르웨이의 재정 지원에 대한 연구위원회에 감사드립니다(116316/410). 비피 2012 년 12 월 15 일,오벨스크 가문 및 오벨스크 가문의 재정 지원에 대한 감사를 표합니다.