칩-엑소

칩 엑소는 매우 구체적으로 관심의 단백질을 매핑하는 데 사용되는 칩의 전문 버전입니다(포이)게놈에 결합 사이트. 칩-엑소는 칩 서열에 추가적인 유전자 소화 단계를 추가한다. 항체가 포이-염색질 복합체에 결합될 때,3’엑소 뉴클레아제는 포이 결합 부위로부터 돌출된 유전자를 소화하는데 사용된다. 이로 인해 수백 개의 뉴클레오티드에서 1 개로 줄어듭니다(이승만과 퓨,2012). 5’가닥은 남아 있고,마이크로 어레이,회로 기판,또는 가장 일반적으로 시퀀싱에 의해 영역을 검출하는 데 사용된다.

이 기술의 가장 큰 장점은 분명히 해상도의 증가이지만 오염물질을 소화시켜 소음을 줄여주므로 시퀀싱 깊이가 덜 필요하다(이승만과 퓨,2012). 이 감도 때문에 칩 엑소는 새로운 전사 시작 사이트 및 기타 발견 기반 연구를 매핑하는 데 사용되었습니다(벤처와 퓨,2013). 유일한 단점은 단백질의 복잡한 3 차원 상호 작용이 손실된다는 것입니다. 예를 들어,전사 인자가 동시에 두 개의 게놈 영역을 결합하는 경우,이것은 하나가 아닌 두 개의 별개의 바인딩 이벤트로 읽힐 것입니다.

최근 칩-엑소는 일반적인 일루미나 시퀀싱 플랫폼을 사용하도록 적응되었다. 이 적응은 모든 메트릭에서 일루미나에 대한 칩 서열을 급격히 상회했으며 효율적인 인간 연구를 위해 특별히 설계되었습니다., 2013).

칩-엑소 추가 독서

이승만,및 퓨,비에프(2011). 단일 뉴클레오티드 해상도에서 검출 된 포괄적인 게놈 전체 단백질-유전자 상호 작용. 세포 147,1408-1419.

이 논문은 칩-엑소를 개발한 그룹의 것으로,프로세스의 워크플로를 상세히 설명한다. 저자는 또한 이전에 알 수 없는 전사 인자 바인딩 다래끼 특성을 기술을 적용 합니다.

참조 리스트

• 이승만,에이치에스,및 퓨에프(2012). 거의 단일 뉴클레오티드 정확도로 유전자 결합 단백질의 게놈 위치를 식별 하기 위한 칩 엑소 방법. 커 프로토토 몰 바이올 장 21,단위 21.24.2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일,2013 년 10 월 15 일. 일루미나 기반 칩-엑소 뉴 클레아 제 방법의 개발은 폭스에 대한 통찰력을 제공합니다. 유전체 생물. 14,000 원
• 벤처스,비제이 및 퓨,비에프(2013). 인간 전사 개시 복합체의 게놈 조직. 자연 502,53-58.