펍켐의 물질과 화합물의 차이점은 무엇입니까?
펍켐 사용자는 때때로 물질과 화합물의 차이에 대해 질문한다. 이 질문은”물질”과”화합물”이라는 이름만으로는 본질적으로 그 차이를 전달하지 못하기 때문에 놀라운 일이 아닙니다. 에 펍켐 용어,물질은 단일 소스에서 제공하는 화학 샘플 설명이며 화합물은 하나 이상의 기여 물질에서 발견되는 정규화 된 화학 구조 표현입니다. 펍켐은 화합물,물질 및 바이오 분석이라는 세 가지 별도의 데이터베이스로 구성되어 있기 때문에 구별이 중요합니다. 아래 다이어그램은 차이점을 설명하지만 더 자세히 살펴 보겠습니다.
펍켐(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)은 화학 물질과 그 생물학적 활동에 대한 정보의 공개 아카이브입니다. 데이터는 출판사,연구원,화학 공급 업체,제약 회사 및 여러 중요한 화학 생물학 자원을 포함하여 수백 명의 기여자(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/출처/)가 제공합니다. 이러한 각 데이터 소스는 정보가 있는 화학 물질 샘플에 대한 설명을 제공합니다.
펍켐은 이러한 커뮤니티 제공 샘플 설명을”물질”이라고 부릅니다.”펍켐 물질 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance)에 있는 각 레코드에는 특정 화학 물질에 대한 개별 기여자가 제공한 정보가 포함되어 있습니다. 물질 기록은 서로 독립적입니다. 두 개의 서로 다른 물질 기록(동일하거나 다른 공급자로부터)은 동일한 화학 구조에 대한 다른 정보를 제공 할 수 있습니다. 예를 들어,하나의 물질 기록은 아스피린의 생물학적 역할에 대한 정보를 제공 할 수있는 반면,다른 하나는 아스피린의 연구 등급 샘플에 대한 정보를 제공 할 수 있습니다. 물질 데이터베이스는 펍 켐에서 화학 물질 정보의 출처를 유지합니다. 그것은 사용자가 무엇을 제공 누가 볼 수 있습니다. 결과적으로 주어진 분자에 대한 많은 물질 레코드가있을 수 있으며,분자에 대한 정보의 집계 된 뷰에 관심이있는 사용자에게 문제가 있습니다. 이것은 펍켐 복합 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound)가 작동하는 곳입니다.
화합물 데이터베이스는 물질 데이터베이스에 있는 화학 구조 내용물로부터 파생된다. 각 화학 물질은 일련의 검증 및 정규화 단계를 통해 계산적으로 검사됩니다. 이 프로세스는 물질 기록에 대한 화학 구조의 정규화 된 표현을 초래합니다. 물질 데이터베이스의 화학 물질이 완전히 설명되지 않았거나 정규화 실패 절차가 복합 데이터베이스에 포함되지 않습니다. 화학 구조 정규화 절차를 통과하는 물질 데이터베이스의 이러한 물질은 화합물 데이터베이스의”화합물”레코드에 연결됩니다. 두 물질이 동일한 화학 구조를 참조하는 경우 동일한 화합물을 가리 킵니다. 이를 통해 서로 다른 물질 데이터 공급자의 데이터를 공통 화합물 레코드를 통해 집계 할 수 있습니다. 그러나,또한 별도의 물질 기록을 갖는 것은,예를 들어,물질의 출처 또는 화학 물질의 특정 상태(예를 들어,다른 호변체 형태)에 관심을 가질 수 있는 사용자들에게 여전히 가치가 있다. 본질적으로,펍켐 화합물 데이터베이스의 주요 목적은 펍켐 물질 데이터베이스에 저장된 예금자 기여 화학 구조 내용의”비 중복”뷰를 제공하는 것이다.
그래서 처음에 제기 된 질문에 대답하기 위해 물질과 화합물의 차이점은 무엇입니까? 물질은 특정 펍켐 데이터 공급자의 기여 화학 물질 샘플 설명입니다. 화합물은 하나 이상의 기여 물질 설명에서 발견 정규화 된 화학 구조 표현이다.
이 주제에 대한 자세한 내용을 보려면 다음 링크를 살펴보십시오:
- 도움말(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/도움말.(1391)문서/하위 요약 페이지 도움말.html#SubstanceVsCompound)
- Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
- PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).
