3.6. Gener med transkripsjoner og med identiske navn rapportert å ha 0 teller selv med kartlagt leser

hjem →CLC-programvare: Viktige varsler →Problemer som bare påvirker versjoner av produkter utgitt før juni 2017 →Gener med transkripsjoner og med identiske navn rapportert å ha 0 teller selv med kartlagt leser

problemet

når DU kjører rna-Seq-verktøyet ved hjelp av sporbaserte referanser og

• ved å bruke alternativet “Genomer annotert med gener og transkripsjoner”, og
• to eller flere gener hadde Samme navn, og
• Et Transkripsjon kan tilordnes hvert av disse genene fra mrna-sporet

deretter verdien I Kolonnen “transkripsjoner annotert” i GE-sporet og I TE-sporet var 0, og alle teller for slike gener ble rapportert som null, selv når det var leser kartlegging til dem.

hvilken programvare og versjoner er berørt?

dette problemet påvirker:

hvilke programvareversjoner er løst?

dette problemet er løst I CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 og CLC Genomics Server 8.0.1, utgitt 9. juni 2016.

DET har også blitt adressert i forrige utgivelseslinje: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 og CLC Genomics Server 7.5.3, utgitt 16.juni 2016.

produktmerknadene som beskriver reparasjonen for dette problemet, finner du På De Nyeste Forbedringssidene for hvert produkt. Denne spesielle reparasjonen er beskrevet som følger:

Løst et problem MED RNA-Seq-Analyseverktøyet som kunne oppstå når Alternativet “Genomer annotert med gener og transkripsjoner” ble valgt: hvis to eller flere gener hadde samme navn, og et transkripsjon kunne tilordnes hver fra mRNA-sporet, var verdien i kolonnen “Transkripsjoner annotert” i ge-sporet og I TE-sporet 0. Videre ble alle teller for slike gener rapportert som null, selv når det var leser kartlegging til dem.

hvordan kan JEG sjekke om RNA-Seq-Analysen min har blitt påvirket av problemet?

for å finne ut om analysen din er påvirket deg:

• Sorter te-sportabellen i kolonnen:” Transkripsjoner annotert”
• alle transkripsjoner som har 0 i denne kolonnen, påvirkes. Alle andre transkripsjoner påvirkes ikke av denne feilen.

feilen var tilstede på et svært sent stadium I RNA-Seq-algoritmen, da beregningsresultatene ble lagt inn i tabellen. De underliggende beregningene ble gjort riktig, men verdier for de dupliserte gennavnene ble ekskludert. De ikke-null verdier som gjorde det inn i tabellen er riktige og vil ikke endres med fix.

mens transkripsjoner med 0 i kolonnen” Transkripsjoner annotert ” (berørte transkripsjoner) ofte vil bli sett ved bruk av de berørte programvareversjonene under analysebetingelsene beskrevet ovenfor, forventer vi ikke at det i de fleste tilfeller vil være nødvendig å kjøre analyser på nytt. Bare et svært lite antall gener / transkripsjoner vil generelt bli påvirket,og disse kan ikke være gener av interesse for analysen. For eksempel, i mange tilfeller, gener gitt samme navn kode for rrna, snoRNA, og andre diverse Rna, snarere enn mrna.
hvis du ser berørte transkripsjoner knyttet til gener av potensiell interesse, anbefaler vi at du kjører analysen på nytt ved hjelp av en versjon av programvaren som inneholder en løsning for dette problemet.